13世紀初，一股蒙古族的軍事力量崛起於北方，它的傑出領袖叫鐵木真。他統一了蒙古高原的各部落，被尊稱為成吉思汗，即“天賜蒙古人的堅強大汗”。1271年，鐵木真的孫子忽必烈建立大元帝國，定都於大都（今北京）。
1276年，元兵攻陷臨安（今杭州），宋恭帝投降，大臣陸秀夫率殘部奪海路南逃，另立年僅7歲的趙昰為皇帝。在元兵的追殺下，陸秀夫竄逃入閩（福建），其目的地就是南方重鎮泉州。
南宋時，泉州港和明州港（今浙江寧波）、廣州港並列為中國南部三大海港。當時控制泉州城的是南宋的閩廣招撫使蒲壽庚，等陸秀夫一行逃到泉州城下，蒲壽庚卻做出了一個重大的選擇，他下令關閉城門，不讓小皇帝進城。眾君臣只好繞道泉州城郊，繼續向東南流竄。
1279年，宋軍在廣東新會與追兵展開最後的決戰，宋兵全軍覆滅，陸秀夫揹負幼主趙昺（趙昰的弟弟，趙昰於前一年離世）在崖山投海殉國。享國300多年的宋王朝自此終結。
蒲壽庚叛宋投元，被漢人和史家唾為不齒，不過，他的這一決定不但保全了泉州城上百萬生靈，更把泉州帶上了一段無比輝煌的歷史。由於廣東的漢人拼死抵抗，元兵血腥屠殺，“三入廣，廣州始平”，廣州港自此一蹶不振，泉州取而代之，成為中國當時最大的港口。
據國內外學者考證，蒙古大軍在全世界屠殺的人數達到1億人左右，其中約7000萬為中國人，這一項記錄被儲存在《吉尼斯世界紀錄》中。
元朝是中國歷史上第一個由少數民族建立起來的帝國，它的統治前後達98年。
13世紀末期，一個叫馬可·波羅的威尼斯商人口述了一本叫《馬可·波羅遊記》的書，講述了他眼中元帝國的繁榮和讓人嚮往的生活。馬可·波羅被認為是第一個深入中國的西方人，他自稱跑遍了中國的大江南北，還是忽必烈身邊的寵臣，他在書中詳盡描述了中國各地的風貌。
不過，《馬可·波羅遊記》中記載的不少資料讓後世學者一直不敢相信，比如，他說臨安城“方圓約有100英里”，相當於方圓170公里，這一面積比現在的杭州城區面積還要大很多。再如，馬可·波羅說臨安城有160萬戶人家，按當時每戶4人計算，就有640萬人，這也是一個十分誇張的數字。
但《馬可·波羅遊記》中對泉州海船有細緻的描寫，他看到的船體底部有二至六層板，而這些細節不見於其他史料，一直到20世紀80年代中期，泉州灣出土宋代沉船，其構造與馬可·波羅的描述完全一致。
個人以為，馬可·波羅或確實來過中國泉州等地，但不像他書中所說的遊歷那麼多地方和獲得的成就。
元朝因軍力強大，統治者心態十分開放，根本不在意任何形式的“入侵”，所以，推行了重商主義的政策，經濟開發度超過秦漢唐宋，為歷代最高。與宋王朝有海外貿易關係的國家和地區共56個，而元代則達到了140多個。據《島夷志略》記載，與泉州港有貿易往來的國家更多達220個。
1287年，元朝宣佈發行不兌換紙幣——至元通行寶鈔，這不僅是中國，也是世界貨幣史上最早實行的純紙幣流通制度。紙幣發行，最容易引發通貨膨脹，元初主持人對此非常小心，紙幣發行10多年，幣值一直沒有下降。因為紙幣流通的便利以及政府的有效維持，促進了元朝前期的經濟復甦和繁榮。（元朝統治後期，不注重紙幣的幣值維護，紙幣變成廢紙，導致百姓破產，統治者喪失公信力。）
蒙古統治者對漢人的勢力一直非常警惕，佔領了中原疆土的他們似乎從來沒有試圖“融入”漢文化，一個最突出的事實是，元朝皇帝大多不習漢語，這與之後的清朝皇帝形成鮮明反差。
滿清入關後的皇帝無論英明還是昏聵，幾乎都深通漢文化的經典子集，治國策略上也比蒙元靈活變通。
元朝末期，綱常敗壞，財政負擔越來越重，治國者卻沒有理財之能，蒙古貴族、色目商人與漢族民眾的對立情緒無法化解，這個迷信戰刀的政權花了將近100年時間，卻始終沒有讓國家成為血肉不分的整體。
1351年前後，天下終於大亂，歷經10餘年的戰事，元朝覆滅，乞丐出身的安徽鳳陽人朱元璋奪得政權，於1368年建立了明朝。