朱元璋建立的明朝軍事制度是衛所制，“要害的一郡者設所，連郡者設衛”。一衛轄有5個千戶所，每所1120人，每衛約5600人。洪武二十六年（1393年），天下都司共有17個，行都司3個，留守司21個，內外一共有329個衛，約有軍隊184。24萬人。
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在中央層面，設有五軍都督府和兵部相互制衡。五軍都督府由大都督府細分出，按地域統管上述各地都司，各都督府管理地域之間，相互掣肘。
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朱元璋想法非常好，想讓天下的人安安心心各幹各的，在軍隊當兵那就子子孫孫一輩子當兵，戰爭時為軍，和平時為民。衛所制實行軍墾屯田，在初期起到了節省軍費，使軍隊財政能在很大程度上自給自足，在建國初期起到了巨大的正面作用。過多地從事和軍事訓練無關的農業生產，戰鬥力低下。軍官世襲、軍人戶口被世代繫結在一個固定單位，自然就加強了人身依附關係和軍官對底層士兵的盤剝。
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但是這種衛所制度到了明朝中後期，這個衛所制度已經名存實亡了，遍地衛所武官都是吃空餉，很多地區的衛所實際人數只有原本十之一二並且都是老弱病殘，沒有人敢觸碰這個禁區，生怕動了軍戶們的利益，明朝中葉時期的倭寇和後來與後金的戰鬥都說明了衛所制的糜爛與腐朽。
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到了明朝後期，中央逐漸失去對軍隊的控制，每個將軍都在為自己留後路。有的人將盔甲、兵器、馬匹等軍用物資賣給努爾哈赤，有的將軍割據一方做起了海洋貿易，有的將軍則將糧食賣給李自成，並故意“養賊自用”，好藉著掃蕩叛亂之名來壯大自己的實力。
實際上，最後用於作戰的部隊廖廖無幾。