明孝宗朱祐樘在執政期間勤勤勉勉，為明朝的經濟發展做出了很大的貢獻，使明朝曾一度中興，他也因此贏得後人的讚賞，被後人稱為明朝中興之主。
不過在後人看來，既然是中興大明，那大明肯定是個國泰民安的景象，其實不然。古代是個等級森嚴的時代，且生產力極為低下。不管百姓怎麼努力去開荒生產，他們的收穫除了被統治階段剝奪之外，幾乎所剩無比，難以養活自己。所以，古代的盛世一般是針對統治階級而言的，與普通百姓關係不大，明朝弘治時期的中興也大抵如此。
在弘治時期的南方邊陲之地，叛亂更是不斷。不過，南方邊陲之地是個漢族與少數民族雜居的地方，當地的叛亂與明朝對少數民族的政策有很大的關係。朱元璋建立明朝時，為保障南方的穩定，對南方少數民族居住的地區普通沿用了元朝時的土司制度，包括雲南、貴州、兩廣等地區都是如此。這些地區名義上都是屬於大明的領土，實際上統治權卻歸當地的土司所有。大大小小的土司都有自己的地盤和百姓，土司只需要定期向朝廷朝貢，並聽從朝廷的安排，朝廷卻不能干涉土司的統治權。另外，這種土司制度還是世襲的，這使得土司對這些地區的統治進一步加強。
明朝實施這樣的政策是有難言之隱的，原因主要有兩個：1。少數民族對明朝朝廷並不信任，相較之下，他們更信任當地土司；2。當少數民族發生叛亂時，朝廷派大軍征討，不管勝負，大軍都是勞師以遠，耗費無數，且無法長期駐軍，不形成威懾力，反而給朝廷帶來了沉重的負擔。如果當地的少數民族經常叛亂時，朝廷就無可奈何了。朝廷透過土司來控制這些地區，可以保持地區的穩定性，不會給朝廷帶來負擔。
不過，朝廷並不甘心這些地區掌握在土司手中，這些地區畢竟也是明朝正式的行政區域。朝廷會在當地設定一些官職，並派遣官員去任職，以加強對這些地區的統治，並採取各種手段，逐漸奪取土司的權力。這些官員被稱為流官，這種制度也叫改土歸流。明朝還採取了一些與改土歸流同步的措施，以抑制土司的權力。
明朝在這些地區實行衛所與土司相結合的軍制，即在當地設立衛所，並派軍隊駐守，加強對當地土司及百姓的震懾。朝廷還會以各種高官厚祿和爵位來拉攏一些土司，使其傾向於朝廷，並使各土司之間產生矛盾。
不過，明朝的改土歸流政策實施的步伐並不大，實際效果有限，一些地區甚至產生了反效果，以至於南方邊陲地區叛亂不斷。明朝雖派流官去任職，但山高皇帝遠，流官並不能感受到朝廷的支援，且流官的權力也沒得到拘束。於是，流官會因個人利益等多種原因與當地土司沆瀣一氣，加大對當地百姓的剝削。弘治朝有兩場大規模的叛亂就能說明這一點，那就是貴州米魯之亂和瓊州符南蛇起義。
弘治十一年，當地苗族土司隆暢和妻子米魯產生矛盾，米魯與另外一名土司阿保好上了。隆暢知道後，率兵攻打阿保的地盤。米魯大怒，與阿保合夥去攻打隆暢，殺死了隆暢。之後米魯看事情鬧大，扯旗造反，對抗朝廷，進而演變成一場震懾西南的大叛亂。米魯攻佔了貴州的普安州和安南衛，明朝戰死的將領包括貴州右布政使閭鉦、按察使劉福、都指揮李宗武、郭仁、史韜、李雄、吳達等數十人。
明孝宗看到局勢不妙，臨陣換帥，由左副都御史王軾督貴州軍務，出征米魯。王軾調集廣西、湖廣、雲南、四川等附近的兵力共八萬人，花了半年時間，最終平定米魯叛亂。米魯之亂前後歷經三年時間，米魯的兵力達數萬人，可見這次叛亂的規模之大。
瓊州符南蛇起義發生於弘治十四年夏季，儋州七方峒（今白沙縣）黎民，不滿官府徵求額糧的壓榨，在符南蛇領導下爆發起義。明朝在海南島實施的是“以峒管黎”政策，即海南島任命流官，黎峒則由“峒首”治理，所謂的峒首就是當地的“土司”。
弘治十三年（1500年）春，瓊州大旱，到了八月又遭大水災，糧食欠收。瓊州知府張桓貪婪成性，與七坊峒首符那月勾結，對黎民橫徵暴斂，要求黎民年納八百餘擔。在符南蛇的領導下，瓊州三州十縣黎民起兵造反，先後圍困儋州、昌化、臨高等地。朝廷一開始派兩萬大軍征討，被符南蛇擊敗，使得符南蛇的聲勢更大浩大，其兵力甚至達十萬之眾。
弘治十五年（1502年）九月，明孝宗朱祐樘調遣毛銳領十五萬大軍去平叛。毛銳歷經四個月，才最終平定符南蛇起義。
這兩場叛亂在當時來講，可謂是聲勢浩大，震動朝野。事實上，在整個明朝270年時間裡，明朝南方邊陲叛亂不斷，而且都是聲勢很浩大，例如成化年間的廣西大藤峽之亂、萬曆年間的楊應龍播州之役等。這些都表明明朝對南方大片地區雖有名義上的統治權，但實際上朝廷無法對這些地方實行有效的管理，也表明明朝對南方少數民族的政策效用並不大。