為了穩固政權，光武帝劉秀坐鎮首都洛陽，在政治領域內採取了大量的措施，來加強中央集權。
第一，防範功臣。
劉秀在爭奪天下的過程中，用爵位、賞賜來籠絡部下。但隨著皇權的建立和統治的日益鞏固，如何處置功臣成為他面臨的一個問題。西漢時劉邦對功臣大開殺戒，就連謹慎的蕭何也曾被劉邦投進監獄。東漢建國之初，為了鞏固中央集權，劉秀採取了一系列措施來防止功臣專權。對功臣採取以優禮厚祿相待，卻剝奪其實權的做法，嚴防出現西漢初年功臣把持朝政的情況。這樣既保全了功臣，還防止出現功臣專權的局面。
第二，控制外戚。
鑑於西漢後期外戚專權最終導致亡國的情況，劉秀對外戚也嚴加控制，外戚授官也以九卿為限。伏波將軍馬援戰功很大，但由於身為外戚，未能列入雲臺二十八將功臣影象之內，也沒有因功增封城邑。皇后陰麗華為首的外戚也非常自律，以免因外戚專權而惹禍上身。漢明帝沿襲光武帝舊制，明確規定後宮之家不得封侯參政。他還令外戚陰、鄧等家互相糾察，不使有越軌行為。
第三，抑制藩王。
光武帝劉秀不僅防範外戚，對於宗室藩王也加以嚴厲的限制。首先，對於血緣關係遠的皇室諸侯採取降爵的政策。建武十三年（37年）統一天下後，光武帝劉秀就下詔指出真定王劉得、河間王劉邵、中山王劉茂等諸王血緣關係很遠，不應當再襲爵為王，於是就把他們全都降為侯爵。其次，用法律手段對藩王加強控制。光武帝建武二十四年（48年），詔有司申明漢武帝時的阿附藩王法，進一步限制宗室諸王的勢力。建武二十八年（52），更始帝之子劉鯉勾結沛王劉輔殺劉盆子的兄長劉恭，劉秀下令郡縣搜捕諸王賓客，因此而死的有數千人。
第四，削弱三公許可權，加強尚書檯。
光武帝吸取西漢後期王莽篡權的教訓，削弱三公的權力，倚重尚書檯，以強化皇權。當時中央名義上最高的官職是三公，即司徒、司空、太尉。司徒由丞相改稱而來，權力縮小，只管民政。司空由御史大夫改稱而來，不管監察，只管大型土木工程。太尉本應該改稱司馬，因光武帝曾在更始政權任行大司馬事，避諱不改，主管軍事。三公職位雖高，但徒有虛名，實權集中於尚書檯。“雖置三公，事歸臺閣。自此以來，三公之職，備員而已。”（《後漢書》第1657頁）這裡說的“臺閣”，就是尚書檯。與三公的削弱相應，尚書檯的權力卻越來越重。尚書檯的正長官是尚書令，副長官是尚書僕射（yè）。尚書檯下分六曹：吏曹主管選舉、祭祀，二千石曹主管郡國二千石事（一說主管訴訟），民曹主管修繕工程、鹽池園囿等事（一說主管官吏上書），三公曹主管年終考核州郡官吏政績事（一說主管斷獄），客曹主管民族及外交事務，中都官曹主管自然災害、盜賊等事。六曹的正長官是尚書，和尚書檯正副長官合稱八座。尚書檯是決策和發號施令的中樞機構，一切政務不再經過三公研究，三公九卿只受成事，處於核心權力之外。三公或大將軍只有經過皇帝恩准，加“錄尚書事”頭銜，方可參與中樞決策。
第五，加強監察制度。
為了對政府官員實行有效監督，劉秀在繼承秦朝、西漢監察制的基礎上，組建了從中央到地方的監察機構，包括御史中丞、司隸校尉和州刺史。這樣，形成了完整的監察系統，發揮了強幹弱枝、穩固皇權的重要作用。御史大夫最初是在秦朝開始設定的，其地位僅次於丞相。西漢成帝綏和元年（公元前8年），御史大夫更名為大司空，其後雖列入三公，但實際作用下降。東漢建立之後的建武二十七年（51年），光武帝改大司空為司空，其職責是“掌水土事”，不負監察之責。同御史大夫的地位削弱相應，御史大夫屬下的御史中丞卻一直掌管監察。御史中丞負責監察百官，權位與司隸校尉、尚書令並重。從光武帝開始，朝會時御史中丞與司隸校尉、尚書令都有專席而坐，京師號曰“三獨座”。東漢王朝在中央政府中取消地位較高的御史大夫，而改任地位較低的御史中丞，更便於皇帝控制。司隸校尉設置於西漢武帝時，秩二千石。東漢復置司隸校尉，並領一州。司隸校尉權力很大，不僅地位比刺史高，而且糾察京師百官及所輔附近各郡，為百僚貴戚所忌憚。光武帝重用司隸校尉有別於御史中丞，重在抑制貴戚、權臣，以提高皇權。東漢把全國共分十三州（部），每州設刺史一人，是中央派出的巡視官，秋冬出巡，年終回京奏事。刺史秩雖六百石，但出使時代表中央，可以監察二千石官員，也可以監察王國相乃至諸王。刺史開始無行政權，但隨著刺史權力的擴大，中期以後，刺史又有領兵之制。東漢後期，刺史成了凌駕於郡國之上的地方行政長官。漢靈帝時候，改刺史為州牧。刺史職權的擴大是皇權加強的表現，但但皇權衰落時，州牧趁機坐大，最後發展成為擁兵自重的地方軍閥，這是光武帝所始料不及的。
第六，集中軍權。
