手術治療是治療感染性腎結石的重要措施，應勸病人儘早手術，但手術治療是有其適應症的，它包括：
1、反覆發作腎絞痛，估計不能排出或不能溶解的腎結石；小結石短期內未排出或直徑0。8cm以下者，腎功能良好和無明顯感染者，可採用中西醫結合內科治療，但對於腎結石直徑超過1cm者，非手術治療則較難排出。
2、合併嚴重梗阻，嚴重感染危及腎實質；尿路感染與梗阻互為因果，結石在梗阻和感染的情況下增大迅速，幾周內便可形成一鹿角形大結石。上述情況均應儘早手術取出結石，糾正梗阻，控制感染，有手術指徵而延緩手術，術後結石複發率高，甚至失去腎功能。手術適應症還包括急性梗阻性無尿或少尿、無功能的膿腎、結石引起的癌變等情況。
近10年來，由於手術術式改良，操作熟練，對大的腎結石和雙側鹿角形結石，更應該儘早手術，儲存和改善腎功能。目前，絕大多數複雜性腎結石手術，均能夠透過廣泛剝離腎竇切開取石，手術損傷小。縱使個別需要做腎切開取石，術時阻斷腎蒂血管，採用靜脈注射肌苷（阻斷腎蒂前10分鐘、4～7分鐘內靜脈滴注肌苷2g，加入5%葡萄糖液40mL）或低溫，可保護腎功能。加上改良了的無萎縮性腎切開取石術式的開展，效果良好。當然，個別雙側複雜性腎石，全身情況差，估計術後難以改善腎功能和維持生命，便不能貿然施行手術。
近年來，有人提倡體外腎切開取石術，我們認為：本術式的病例極罕見，在一個有感染的腎臟切開取石作腎自體移植術，血管吻合處容易發生感染，造成術後血管意外，腎臟功能喪失，故採用本術式應慎重。