益生菌對高血壓的效果：乳酸菌產生的某些物質如γ-氨基丁酸（GABA）具有降低血壓的功效。還有一部分的益生菌能特異分解乳蛋白（酪蛋白），產生具有抑制引起血壓上升的酶（血管緊張素轉化酶，ACE）活性的多肽（如VPP和LPP）。常期飲用含有這種活性多肽的酸奶有防止高血壓的效果。
益生菌有緩解乳糖不耐症狀，促進機體營養吸收的作用：益生菌有助於營養物質在腸道內的消化。它能分解乳糖成為乳酸，減輕乳糖不耐症。雙歧桿菌和乳酸桿菌不僅可以產生各種維生素如維生素B1、B2、B6、B12、煙酸和葉酸等以供機體所需，還能透過抑制某些維生素分解菌來保障維生素的供應。另外，雙岐桿菌還可以降低血氨改善肝臟功能。
益生菌有整腸作用，調整微生態失調，防治腹瀉：益生菌活著進入人體腸道內，透過其生長及各種代謝作用促進腸內細菌群的正常化，抑制腸內腐敗物質產生，保持腸道機能的正常。對病毒和細菌性急性腸炎及痢疾，便秘等都有治療及預防作用。益生菌和很多慢性胃炎，消化道潰瘍等消化道疾病有密切的關係。一部分的益生菌能抗胃酸，粘附在胃壁上皮細胞表面，透過其代謝活動抑制幽門螺旋桿菌的生長，預防胃潰瘍的發生。
益生菌還有預防陰道感染的作用：不少益生菌有酸化泌尿生殖道的作用。它可以透過降低pH值來抑制有害細菌的生長。還可以透過與有害細菌競爭空間和資源而遏制它們。
益生菌能降低血清膽固醇：可能與其調節和利用內源性代謝產物並且加速短鏈脂肪酸代謝有關。雙歧桿菌、乳桿菌的微生態製劑，服後可使膽固醇轉化為人體不吸收的糞甾醇類物質。從而降低膽固醇水平。
益生菌能預防癌症和抑制腫瘤生長等：乳酸桿菌能提高巨噬細胞的活性，並能防止腫瘤的生長。益生菌可抑制腸道內某些酶的活性，如β-葡糖乙酸酶、β-葡糖醛酸酶、尿素、酶、硝基還原酶、偶氮還原酶等。這些酶可能參與腸道內致癌物的形成。膽鹽經腸道碰到有害菌可能發生解離，就會產生致癌物質，容易引起腸癌。但益生菌可以抑制有害菌，即使有膽鹽的存在，致癌率也大大降低。