1906年冬，同盟會會員劉道一、蔡紹南在江西湖南交界的萍鄉、瀏陽、醴陵發動武裝起義。三萬餘人奮戰一個多月，劉道一等在長沙遇害。萍瀏醴起義失敗。
同年的袁世凱可謂喜憂參半，10月份還在彰德府舉行彰德秋操，自謂：“仿列邦之成規，創中國所未有”。 緊接著就被彈劾辭去各項兼差，並將北洋軍一、三、五、六各鎮交陸軍部直接管轄。
袁世凱
1907年夏，光復會會員徐錫麟在安慶發動起義，刺殺安徽巡撫恩銘。起義人員與清軍激戰四小時失敗，徐錫麟被捕行刑。幾個劊子手手執鐵錘，先把徐錫麟睪丸砸爛，後剖腹取心，恩銘的衛兵們將這顆心臟炒熟下酒。革命黨人秋瑾在浙江紹興準備策應，因歹徒告密，被捕遇難，在軒亭口有老百姓拿饅頭醮秋瑾的血吃。孫中山親赴越南河內，與黃興共同籌劃領導廣西起義，襲取鎮南關，起義軍奮戰七晝夜，因彈藥缺乏，最終失敗。
徐錫麟
袁世凱1907年時來運轉，到北京任軍機大臣兼外務部尚書，成為中樞重臣。但1908年又被攝政王解除官職，隱居安陽，甚至寫下了《自題漁舟寫真二首》，其一雲“百年心事總悠悠，壯志當時苦未酬。野老胸中負兵甲，釣翁眼底小王侯。思量天下無磐石，嘆息神州變缺甌。散發天涯從此去，煙蓑雨笠一漁舟。”但實際他是在韜光養晦，暗地裡仍關心政事，等待時機復出。
1911年4月，黃興親率一百餘名革命黨人攻入兩廣總督衙門，總督張鳴岐嚇得爬後牆逃走。革命黨人與清軍苦戰一晝夜，終因眾寡懸殊起義失敗。後將收殮到的七十二具烈土遺骸合葬於廣州黃花崗，稱作“黃花崗七十二烈士”。
此時的袁世凱還在煙蓑垂釣，但他的命運很快就要發生巨大的轉折。
1911年10月10日，震驚中外的武昌起義獲勝。清政府要鎮壓革民黨人，卻發現只有一個可以與革命軍相抗衡的力量，那就是實際由袁世凱領導的北洋軍。1911年11月1日清廷任命袁世凱為內閣總理大臣，組織新內閣。組閣後的袁世凱立即出兵鎮壓革命黨人，革命黨節節敗退，武漢三鎮已被袁世凱北洋軍攻下兩鎮。
孫中山
孫中山等人已看出，打是打不過袁世凱了，最好的辦法就是把袁世凱變成革命黨人。
於是談判就開始了。臨時大總統孫中山表示，如果袁世凱讓清帝退位，宣佈贊成共和，他即行辭職，並推舉袁世凱繼任臨時大總統。袁世凱機會來了，1912年2月12日，在袁世凱軟硬兼施的逼迫下，宣統帝下詔退位，清朝260多年的統治結束。2月13日，孫中山向臨時參議院提出辭職，並推薦袁世凱繼任臨時大總統，袁世凱通電宣告擁護共和，2月15日，袁世凱成為臨時大總統。為了限制袁世凱的權力，孫中提出臨時政府設在南京、新任大總統到南京就職，並頒佈《中華民國臨時約法》。袁世凱知道一離開北京，就會受革命黨人控制，所以他暗地裡卻指使親信部隊在北京製造“兵變”，縱火搶劫，甚至在半夜包圍蔡元培、宋教仁等為迎袁專使住的賓館，恐嚇蔡元培等人，造成混亂。接著，保定、天津等地也發生類似事件。帝國主義列強緊密配合，日、英、俄、德等國以保護使館和僑民為藉口，調兵開往北京。在這種形勢下，南京參議院只得作出讓步，同意袁世凱在北京就職。至此，辛亥革命的勝利果實被袁世凱竊取。