張居正絕對算得上明朝一流的改革家，但讓後世記住他的或許不是“一條鞭法”，而是那句“張居正，居正不居正，黑心宰相臥龍床”。雖然我們很難說清楚張居正與李太后的關係，但不可否認的是二人主導了萬曆前期的政局，可以說萬曆皇帝在30歲前都沒有絕對的自主權，而張居正和李太后的默契配合，推動了萬曆新政的中興局面，但也絕對是造成萬曆皇帝心裡陰影的重要因素。萬曆皇帝對張居正的“結算”，從邏輯上看，就是這種心理因素造成的。
從嘉靖中後期至萬厲初期的內閣裡，大致是一個老帶新、挨個“傳承”的格局，嚴嵩、徐階、高拱、張居正曾是一起搭班子的同僚，中間在隆慶初期有過插曲，李春芳插了一腿成了內閣首輔，之後又是“嘉靖系”的老臣高拱接任。可以說萬曆皇帝登基後，高拱就是真正意義上的三朝元老，嘉靖時期的閣員、隆慶和萬曆時期的閣老，這種身份確實會使他養成倚老賣老的毛病，歷史上大多數元老都會有這毛病，時不時的發發牢騷，對新皇帝指手畫腳的也大有人在。
隆慶六年（1572年）五月，萬曆皇帝舉行了登基大典。隨後便將司禮監掌印太監換成了大伴馮保，按理說這個舉動沒什麼毛病，因為司禮監掌印太監本來就屬於內侍，只不過是幾代皇帝把他們架上了權力的高峰。馮保是陪伴了萬曆皇帝整個童年的太監，是萬曆皇帝最離不開的人，這時候提拔為內侍首席也無可厚非。但萬曆皇帝的做法有違祖制，他是以“中旨”的形式直接通知的內閣。
為何說中旨就違背祖制了呢？因為中旨是不經內閣討論和批註意見的，由皇帝直接下達的聖諭。而明朝皇帝要下發指令，一般是先傳給內閣，由內閣討論後，批准意見抄在黃紙上（擬旨就是這個過程），然後將此“批黃”送呈司禮監，司禮監秉筆太監再根據皇帝的意見抄錄成文，這才形成聖旨。所以皇帝的聖旨中很多都是帶有內閣意見的，萬曆皇帝剛上臺，就無視內閣的意見，直接定下司禮監的一把手，內閣是很沒面子的，更重要的是馮保與高拱一直都不對付。
所以後來發生了一件事，太監宣旨時，高拱憤怒之下，將聖旨拍到了地上。太監哪見過這種場面，就支支吾吾說了句這可是聖旨啊！高拱接下來的話就註定了他的政治生娃將要結束，他說“十歲太子，如何治天下”。這句話很明顯是針對馮保的，在他看來，皇帝年齡太小，這些行為都是太監們搞的。但他忽略了一點，馮保與李太后站在統一戰線上，他們是萬曆皇帝最親近的兩個人。馮保將高拱的話傳為“十歲孩子，如何作主人”，這一傳話就成忤逆了，當時的形勢本就臣強子弱，李太后能不忌憚嗎？
“今有大學士高拱專權擅政，把朝廷威福都強奪自專，通不許皇帝主專。不知他要何為？我母子三人驚懼不寧。高拱著回籍閒住，不許停留！”——《正說明朝十六帝》
從這件事表面看，是馮保與高拱的鬥爭，其實往背後看，想搬倒首輔的人必定是次輔了，張居正上位很不光彩的一點就是陷害高拱，但這又是明朝歷史的特色，徐階對嚴嵩、高拱對徐階不也都是如此？據《明史》記載，高拱本來是擔心皇帝太小，想將司禮監的權力收歸內閣所有，以免內廷禍政。所以高拱就找內閣次輔張居正商議，畢竟他與張居正共掌外廷，但張居正出賣了高拱，透漏訊息給馮保，以至於馮保在李太后面前進讒言，罷了高拱的首輔。隨後張居正便被扶正，高拱在回憶錄《病榻遺言》中就寫過此事，稱張居正“毒害深謀”。
在此之後，萬曆朝的政治格局就成了李太后、張居正、馮保的鐵三角。從李太后選擇中可以看出，她是挑選了與兒子最親近的兩個人主掌內外廷。大伴馮保自不必說，陪著朱翊鈞長大的，張居正則是朱翊鈞的老師，二人會盡心盡責的輔助萬曆皇帝，而此時的李太后身為“監護人”，馮、張二人的政治主張透過李太后拍板，成為大明朝的政令實施下去，這種“親情式”的穩定關係，也確實推動了萬曆新政的執行。
而李太后的大智慧不僅僅在於權力架構的搭建上，他對那段歷史影響最大的可能就是對兒子嚴厲的管教，我認為這是促發萬曆皇帝后來叛逆的根本原因。
“吾不能視皇帝朝夕，先生親受先帝付託，其朝夕納誨，終先帝憑几之誼。”——李太后
在萬曆皇帝登基後的幾年，李太后仍然將兒子置於學習進步的氛圍中，她將前朝政事全權交給張居正處理，這也是新政得以順利推行的基礎。萬曆皇帝的講臣也都是張居正挑選的，萬曆皇帝上課的“監督員”則是馮保，每次上課的效果如何都由馮保向李太后彙報，隨之而來獎勵與懲罰都很及時。萬曆皇帝常因逃學、思想開小差而被罰跪，所以他是很怕母親的，這種情況一直延續到萬曆皇帝大婚。李太后搬出了乾清宮，住進了慈寧宮，這標誌著中宮之主的易位。
萬曆皇帝脫離了母親的監管，如釋重負，便開始了一些出格的行為。有一次酒醉之後，他夜遊西城，貼身太監孫海招來兩個宮女伴遊，萬曆皇帝興起時讓兩個宮女唱葷曲兒。宮女畢竟不是青樓藝妓，都是重規矩，講禮儀的，所以萬般推辭，萬曆皇帝勃然大怒，要斬了兩人，好在孫海阻攔，最終是削髮代首，將兩個宮女剃成了“尼姑”。
“翼日，太后聞，傳語居正具疏切諫，令為帝草罪己御札。又召帝長跪，數其過。帝涕泣請改乃已。”——《明史·卷一百十四·列傳第二》
李太后知道後，跑到奉先殿祭告先帝，懺悔自己教子無方，然後決定廢帝，令立潞王。萬曆皇帝得知母親的決定後嚇攤在地，後又跑到李太后面前認錯，態度相當誠懇。李太后最終表示，能不能繼續保留帝位，要看“張先生”的態度。後來的事情大概大家都很熟悉了，張居正領會了李太后的意思，寫了一道勸誡皇帝“慎起居”的奏疏，然後替萬曆皇帝寫下“罪己詔”，算是平了這件事。
在我們看來，這無非就是李太后與張居正演的雙簧，目的在於教育孩子，但這件事卻可以看做萬曆皇帝與張居正君臣關係轉變的起點。在此之前，萬曆皇帝對老師張居正依賴之中帶些敬畏，而在此之後，君臣開始產生嫌隙，並最終走向對立。
首先萬曆皇帝雖然年輕，但此時已經不是小孩子了，李太后與張居正的曖昧關係絕不是後來才傳開的，別有用心的政客早就將此事傳至萬曆皇帝的耳朵裡。那麼帝位保與不保，還要看張先生的態度，到底是張先生控制了母后，還是大明朝成了張先生的呢？再者說來，李太后並不是政治家，在明朝的祖制中，她也不可能參與朝政，她對對張居正的欣賞主要源於保護兒子的需求，所以國朝之事、皇帝的教育，李太后對張居正都是言聽計從。這些舉動對於一個心智尚不成熟的皇帝來說，很有可能就是想歪了。
朱翊鉤18歲後，張居正也提出過皇帝親政，但李太后並不願意打破現狀，或者認為兒子無法勝任親政後的角色，所以都拒絕了。後來萬曆皇帝自己也向母親提出想要親政，但李太后給了一個年限，說是30歲前都繼續讓張先生幫著打理一切。萬曆皇帝不可能將心中的疑惑和怨憤記在母親頭上，所以只能遷怒於張居正，可能這個時候萬曆皇帝就已經有了想法，等到親政後一定要找張居正清算。
萬曆十年（1582年），張居正去世，權力架構瞬間改變，萬曆皇帝真正體會到什麼才是皇權的至高無上。相比較張居正時代辦一次宴席、修一個宮殿都會被駁回的情況，萬曆皇帝才明白了張居正曾經偷走了他的“皇權”。所以當御史彈劾張居正推薦的潘晟時，萬曆皇帝藉機進行責任倒查，將張居正抄家，削奪其生前一切賜贈，張居正還差點被開棺鞭屍，其家屬多數被流放。
綜上而言，萬曆皇帝對張居正的清算，主流觀點認為是他的改革動了太多人的蛋糕，彈劾之聲對萬曆皇帝形成了執政壓力。這一點確實不可否認，歷史上遭遇清算的改革家很多都是這個原因。而另一個重要原因，就是李太后過於嚴厲的教育方式引起了萬曆皇帝的逆反心理，這種逆反心不可能報復給母親，而李太后處理問題時對張居正太過依賴，加之緋聞四起，所以逆反心就轉移到了張居正的頭上。