光緒皇帝駕崩時才三十八歲，雖然也不算太年輕，可是他駕崩的時間和慈禧太后崩逝的時間只差不到二十個小時，而且光緒皇帝死在慈禧太后前面，這不能不讓人懷疑，哪有這麼巧的事？
而且大家都知道慈禧太后和光緒皇帝有很大矛盾，慈禧太后在爭權時一向狠毒，娥眉不肯讓人。“清光緒帝死因”專題研究課題組發現光緒帝的遺體裡頭髮中的砷含量超標，超出常人的一萬多倍，超出他的皇后隆裕二百多倍，砷來自三氧化二砷，三氧化二砷的俗名就是砒霜。而光緒帝遺體的內衣和外衣也含有砷元素，外衣的砷元素低於內衣，看來是屍體腐爛後從內到外散發的。專家作出結論，光緒皇帝是死於砒霜中毒。是誰給光緒皇帝下了砒霜呢？據有關資料顯示，疑兇有三個，一個是慈禧太后，一個是李蓮英，一個袁世凱。
《崇陵傳信錄》裡說，光緒皇帝去給慈禧太后請安，見慈禧太后生了重病，請安歸來後，光緒皇帝面有喜色，想終於要守得雲開見月明瞭，誰知道多嘴的太監給慈禧太后打小報告，慈禧太后聽到勃然大怒，恨恨地說道：“我斷不會讓他死在我後面。”結果慈禧太后崩逝前，毒死了光緒皇帝。《崇陵傳信錄》是清朝的惲毓鼎寫的，惲毓鼎曾任光緒帝起居注官十九年，應該有一定可信性。另一說是李蓮英毒死了光緒皇帝。這一說是慈禧太后的女官德齡說的。德齡說李蓮英為人極是狡猾，他害怕慈禧太后崩逝後，光緒皇帝掌了權，就會對他清算，所以就派人毒死了光緒皇帝。
德齡說的話可信嗎？李蓮英很圓滑，他吸取了安德海的教訓，不敢狂妄自大，平時作人一向小心，對光緒皇帝很是恭敬。光緒皇帝在隨慈禧太后西逃時，夜裡沒有被褥禦寒，李蓮英哭著說：“這是奴才的過失啊！”然後連忙把自己的被褥送給光緒皇帝用。在光緒皇帝被軟禁時，李蓮英對光緒皇帝暗中很是照顧。就算光緒皇帝掌權，就算不喜歡李蓮英，也不會對李蓮英進行打擊。德齡和安德海應該是有矛盾的，一個是宮裡總管，一個是御前女官，必然有爭榮爭寵之事，而德齡母女是被趕出宮去的，據說德齡的母親愛佔小便宜，愛偷東西。德齡不守宮規，野心勃勃，到處亂跑。德齡母女被趕出宮去，一定有李蓮英的“功勞”，德齡當然不會說李蓮英的好話。末代皇帝溥儀在自傳裡說過，是袁世凱毒死了光緒皇帝。
袁世凱是維新變法裡的叛徒，是他找榮祿告密，榮祿又半夜進宮告知慈禧太后，才導致維新變法失敗，維新派戊戌六君子被抓走處死，光緒皇帝被軟禁，珍妃被打入冷宮。如果光緒皇帝掌權，一定會收拾袁世凱。袁世凱一定會只有死路一條。袁世凱當然明白這一點，他也一定希望光緒皇帝死在慈禧太后前面。但是袁世凱有機會毒死光緒皇帝嗎？恐怕是心有餘而力不足。作為一個外臣，想毒死深宮裡的皇帝，實在是難度太大。溥儀深恨袁世凱，因為是袁世凱背叛了大清國，竊取了辛亥革命的果實，不但當上大總統，還想當皇帝。所以溥儀對袁世凱的仇恨太大，所以溥儀的話並不太可信。毒死光緒皇帝嫌疑最大的當然是慈禧太后。當然光緒皇帝之死還有一個最大受益人，就是光緒皇帝的皇后隆裕。如果慈禧太后崩逝，而光緒皇帝還活著，光緒皇帝一定會廢掉隆裕的皇后之位。光緒皇帝一向不喜歡隆裕皇后，隆裕皇后是慈禧太后的親侄女，還充當著慈禧太后的密探，跟光緒皇帝不一條心。隆裕皇后還和珍妃不和，在慈禧太后面前說過珍妃的很多壞話，光緒皇帝很容易把隆裕皇后歸入害死珍妃的幫兇。但是，很少有人懷疑是隆裕皇后毒死了光緒皇帝。一般情況下，即得利益者應該是使壞的人。