公元1645年，精銳的清八旗軍在31歲的豫郡王多鐸的率領下，打過長江去，進軍全中國。經過慘烈的戰鬥和更為慘烈的大屠殺之後，大明帝國的故都南京以及江南財賦重地，在屍山血海中相繼淪陷。
捷報傳來，剛剛定鼎北京不足一年的大清帝國自然一片歡騰。但是，帝國的領導核心、年僅33歲的攝政王多爾袞並不輕鬆。多爾袞在掌管這個正在迅速擴充套件的帝國的過程中，尤其是本以為柔弱溫順的江南人，卻意外地成為八旗軍征戰以來遇到的最為勇敢和堅定的抵抗者，令他越來越深刻地體會到：武力可以奪取政權，但光靠武力絕對維持不了政權。朱元璋曾說的“自古胡人無百年之國運”，如同一把詛咒之劍，懸掛在他和清王朝的頭上。作為這個新帝國的攝政王，他不能不想得更遠。於是，在“留髮不留頭、留頭不留髮”的血腥“剃髮運動”的同時，一場寧靜、柔和而浩大的政治改革，在新帝國中開始推行，而這將徹底改變這個帝國的國運。
清軍攻佔江南後，原為明朝副將的新任浙江總督張存仁，親身經歷了江南的慘烈戰鬥，見證了江南人“玉碎”式的抵抗，深有感慨。他給中央上書分析道：抵抗者主要是兩種，一是讀書人，二是農民，而要應對這兩種抵抗者，靠武力絕非最好的辦法。張存仁提出了兩種“不勞兵之法”，這就是“開科取士”和“薄斂勸農”。他認為：中國的讀書人只需要出路，農民只需要活路，出路和活路都有的話，他們並不在乎高高坐在金鑾殿上的人是誰。
時年48歲的內三院大學士范文程也同時上書道：“治天下在得民心，士為秀民。士心得，則民心得矣。請再行鄉、會試，廣其登進。”這一建議深刻指出，只要抓住了士人這一“精英階層”，就能穩定政權，而抓住精英階層的辦法，就是透過科舉，擴充套件其進入政權、分享政權的途徑。
兩位漢臣的建議，被多爾袞欣然採納。中央隨即下達了《科場條例》，明確宣佈：科考仍照舊例。
這是清軍入關以後，第一次舉行科舉考試。這無疑表明，執掌這個政權的政治團體，正在試圖透過擴大執政基礎而獲取執政合法性，這當然是一場涉及根本的蛻變。
其實，這場蛻變，早在關外就已經初現端倪。
皇太極在1629年沒有入關時，就已經推出了小型的科舉。在其釋出的詔書上說：“自古國家文武並用。以武功戡禍亂，以文教佐太平。朕今欲振興文治，於生員中考取其文藝明通者優獎之，以昭作人之典。諸貝勒府以下及滿漢蒙古家所有生員俱令考試。”
這次革命性的科舉，最後有200人中舉。此後，皇太極還相繼舉行了四次科舉。這表明，當時這個馬背上的民族，已經在為接管全國政權做準備。
1644年，在清八旗入關並佔領北京的這一年，實行科舉就被確定為基本國策。當時，剛剛遷入紫禁城的清帝國，在努力習慣那座奢華的宮殿群的同時，就公佈了鄉試會試的時間，併為“開科取士”設定了一個相當系統的體制。
新政權的“開科取士”開局順利，頒佈《科場條例》的第二年，也就是1646年舉行了會試，以大學士范文程、剛林、馮銓、寧完我為會試總裁官。四月，在京會試中榜的舉人，又參加了殿試，取進士四百人。
中國的讀書人終於發現，朝代的更替，並沒有斷絕他們的出路，“學得文武藝，售予帝王家”，一個恩主被消滅了，另一個恩主又出現了。
新帝國在宣佈重開科舉的同時，也在列祖列宗的旗幟之外，扛起了孔子這面更為偉大的旗幟。
建議又是出自為新政權效力的漢人。新任山東巡撫方大猷向朝廷提出：“開國之初，首宜尊崇先聖。”戶科給事中郝傑也提出：“從古帝王，無不懋修君德，首重經筵。今皇上睿資凝命，…。更宜遵舊典，遣祀闕里，示天下所宗。”他們都相信，透過明確宣告對儒學及孔子的尊重，就能表明執政者接受當時中國這個“普世價值”的決心。
攝政王多爾袞再次從善如流，小皇帝順治頒詔天下，封孔子第65代孫孔允植為襲封衍聖公。1645年，又尊奉孔子為“大成至聖文宣先師”。
其實，這種對孔子及“儒家”的主動承認和積極接受，在大多數北方少數民族建立的政權中，都是歷史的主流，深刻地驗證著元世祖忽必烈的名言：“以馬上取天下，不可以馬上治天下。”
從北魏道武帝拓跋登國元年，也就是公元386年，到清朝滅亡的1911年這1500多年中，中國總共興起了北魏、遼、金、元、清這5個少數民族的強大政權。他們的一個共同特點，就是在高舉著他們各自圖騰的同時，也高舉著孔子的大旗。這些政權的治下，無一不是多民族的國家，而能夠彌合複雜的民族矛盾、文化差異的力量，就是來自對儒教這一中國古代“普世價值”的公開接受和大力提倡。
其實，清政權的第一代首領努爾哈赤，雖然開始接受儒學的部分教義，但對於漢人中的知識分子，他基本上還是保持蔑視的態度，並認為這些窮酸文人是造成大明帝國諸多劣政的罪魁。努爾哈赤甚至下令：“察出明紳衿，盡行處死，謂種種可惡，皆在此輩，悉誅之。”
轉機開始於第二代首領皇太極。令皇太極發生極大變化的，是1631年發生的著名的大淩河之役。這場戰役中，糧盡援絕的明軍已經到了人吃人的地步，卻依然“猶以死守”，這令皇太極大為震撼。他在戰後發出的諭旨中，認為這是“讀書明理”而帶來的戰鬥力。
自此，皇太極開始系統地推行儒學，要讓臣民們“習於學問，講明義理，忠君親上”。同時，他還下令將《四書》《孝經》等翻譯成滿文，並聘請老師，為自己開辦了學習班，學習儒家文化。
如此推崇，早已超越了將儒學作為“政治工具”的權宜之計，而是真正接受儒學的價值體系，這對於基本信奉薩滿教的女真族來說，無疑是一次宗教、思想乃至政治的大解放運動。價值觀層面上的“儒學化”，促進了政權層面上的“漢化”，為今後接管全國政權奠定了基礎。
隨後，皇太極建立了文館，命儒臣分別值班，又效法明制，設立吏、禮、戶、兵、刑、工六部；隨後又將文館擴大為內三院，職掌制定軍國大政、出謀劃策和出納王命等；並推出五場科舉，進行“開科取士”的實踐嘗試……大清終於“漸就中國之制”。
到了1657年，順治皇帝將儒家理論學習制度化，聽儒學學者講解儒家經典，自此成為清代帝王的日常功課。到了康熙朝，更是為帝王祭孔樹立了典範，“開萬世之文明，樹百王之儀範”。
在關外時期皇太極就已經開始祭孔，但無論規模和規格都很小，可算作是祭孔的“實習”。入關之後，面臨著新帝國“一統江山”的征戰和建設壓力，祭孔就具有了更為現實的意義，作為“道統”具體象徵的孔廟，則成為大清領導核心最重要的獲取執政合法性資源的地方。
入關後的祭孔，由攝政王多爾袞和順治皇帝親臨祭祀，這成為此後清代帝王的首要工作之一。從1645年到1651年，短短六年內，清廷共祭孔14次，其熱情和虔誠，遠超之前的歷朝歷代。
在高舉孔子大旗宣示所謂普世價值、推行科舉擴大執政基礎的同時，入關前後的清朝一改當年頒佈“七大恨”時對明朝的敵視，開始全面塑造自己作為明帝國，乃至中原歷代“正朔”接班人的新形象。
不過，在李自成佔領北京之前，清朝還是以明朝的敵人的面孔出現的。在甲申年出兵討伐明朝前，范文程向多爾袞勸諫道：這些年中原百姓受盡了戰亂和顛沛流離之苦，已經有了改朝換代的想法，以圖安居樂業。當初清軍放棄遵化，屠殺永平，兩次深入而復返。老百姓肯定以為我們胸無大志，只圖金錢美女。如果我們嚴明紀律，對百姓秋毫無犯，告訴世人我們進取中原之意，讓當官的可以繼續當官，老百姓可以安居樂業，那麼我們至少可以割據黃河以北的半壁江山。
但是，這種勸諫在當時對已經習慣了四處劫掠的八旗軍來說，並沒起作用。
轉機很快就出現了。李自成攻破北京、崇禎皇帝吊死煤山後，正在養病的范文程被多爾袞緊急召見。范文程為多爾袞分析說：李自成塗炭中原，逼死崇禎皇帝，搞得天怒人怨，我們應該抓住這樣的機會，將自己從明朝的敵人，轉變為明朝的繼承者，透過討伐“闖寇”，爭取入主中原。
這次，他的建議得到了採納。多爾袞向八旗軍發出軍令：”此次出師所以除暴救民，滅流寇以安天下也，今入關西征，勿殺無辜，勿掠財物，勿焚廬舍，一不如約者罪之。” 這種“三勿政策”，對八旗軍來說，是一次根本性的變化。
范文程則起草了給明朝軍民的佈告：義師為爾復君父仇，非殺爾百姓，今所誅者惟闖賊。吏來歸，復其位；民來歸，復其業。師行以律，必不汝害。
這道命令和安民佈告，宣告了大清定位的徹底改變，自此，能征慣戰而冷酷殘暴的八旗軍，開始打著正義的旗號出現在世人的面前，這種“不戰而屈人之兵”的思想武器，與八旗軍的馬刀一樣，成為其進軍全中國的利器。
有了精神追求的軍隊，其戰鬥力果然更為強悍。八旗軍僅在石河與李自成的“大順軍”打了一場硬仗，隨後便兵不血刃地佔領了北京。根據朝鮮使臣的記載，在清軍的入城式上，“都民燃香拱手，至有呼萬歲者”。
攻克北京後，范文程建議多爾袞，為崇禎皇帝隆重發喪，“安撫孑遺，舉用廢官，求隱逸，甄考文獻，更定律令，廣開言路，招集諸曹胥吏，徵求冊籍”。他們還發現，明朝最新的賦稅賬簿，已被李自成毀去，只剩下萬曆年的老賬簿，如果按照老賬簿徵稅，稅收要少很多。有人建議立即要求已經控制下的各省補交新冊，范文程反對說，減稅才能爭取民心。多爾袞採納了他的建議，就用萬曆年的賬簿徵收賦稅。
在清軍南征過程中，江南之戰極為慘烈，清軍採取了大屠殺的威懾手段，如著名的“揚州十日”與“嘉定三屠”等。而在血雨腥風中，有一條紀律被死死地遵守了，那就是保護好南京城外的明孝陵。明孝陵是明代開國皇帝朱元璋和皇后馬氏的合葬陵墓，多爾袞需要它作為政治武器，以便在戰爭和屠殺之後收拾殘局、重聚人心。後來，康熙皇帝幾下江南，都到這裡祭奠明太祖，行三跪九叩的大禮，目的就是宣示，其江山並非奪自明朝，而是奪自殺君弒父的李自成，大清則是“為君父報仇”的義師。
在嚴令保護明孝陵的同時，清廷還下令，今後祭祀歷代帝王時，追加遼太祖、金太祖、金世宗、元太祖，這是一種強烈的訊號：“中國”道統的創造者和維護者中，不僅僅有漢族的君主，還有其他民族的君主。自此，以“遼—金—元”為正統譜系，成為乾隆之前清王朝的主流。
到了乾隆年間，情況又發生了根本變化。乾隆繼承了元明之際楊維楨在《宋遼金正統辨》中的觀點，以元承宋為正統而排斥遼、金，以“大一統”為標準，將大清的正統接續到了宋、元、明之後，而並非遼、金、元，以此與傳統的中華正統相銜接。但同時，又把兩晉、元魏、前後五代諸位非正統君王加入了正統譜系，以體現“治統”的多元性。自此，“道統”的一脈相承宋、元、明、清，與“治統”的多元，成為清朝貫穿始終的國策。
明孝陵
入關之後，儘管有大規模屠殺，儘管有殘酷的“剃髮易服”和文字獄，但疑慮重重的被征服者卻也看到了：這個少數民族的新政權，儘管依靠槍桿子奪得了政權，卻在積極迎合傳統，以期獲得執政合法性資源。新王朝依然信奉或者至少標榜自己信奉“聖人之制”，它所要建立的，不是一個根基於外來意識形態之上的陌生的新政權，而是一個根基於傳統價值觀之上、結合了八旗特色的舊政權。
自順治三年，也就是1646年，新政權在大中國地區首度恢復科舉之後，聖人聖教的大旗，有效地戰勝了“反清復明”的小旗，不少抵抗人士重新拿起書本，準備在新政權中謀取自己的用武之地。當年著名的復社領袖、曾為史可法起草給多爾袞的信的侯方域，也加入了新朝的官員行列，有人寫詩嘲諷他說：“聖朝特旨試賢良，一隊夷齊下首陽。家裡安排新雀帽，腹中打點舊文章。當年深自慚周粟，今日幡然吃國糧。非是一朝忽改節，西山薇蕨已精光。
當然，科舉、祭孔、祭朱這些低調、溫和且浩大的改革，在清政權內部也遭到了既得利益集團的反對。
順治皇帝14歲親政不久，將已經去世的多爾袞批倒批臭，一些滿人貴族乘機要求恢復祖制，但被順治堅決頂住。在與范文程討論歷代帝王的歷史地位時，順治透過對朱元璋的高度評價，表明自己推行所謂“漢制”的決心：“朕以為歷代賢君莫如洪武。何也？洪武所定條例章程，規劃周祥。朕所以謂歷代之君不及洪武也。”
但是，以濟爾哈朗為首的輔政四大臣極為保守，擔心“漸習漢俗”會損害大清的整體利益，推行“率復祖制，鹹復舊章”，要求回到“淳樸舊制”中去，撤銷翰林院，廢除八股科舉取士制度，並罷黜、放逐，乃至處決了一些主張改革的官員。
順治帝最後不得不做出一些讓步，比如遵守入關前約定，給八旗有功將士配備奴隸。但是也採取了一些漸進的改革，約束八旗的“淳樸舊制”，如採用“編審人丁”的辦法，對全國進行人口普查，編列戶口冊，這既為國家徵收賦稅做準備，也將平民的身份確認清楚，避免他們被逼勒為奴。
康熙繼位之後，守舊的勢力曾一度坐大，而在康熙親政之後，終於完成了多爾袞、順治推行的“漢制”工作，並且以其雄才大略，實行得更為遊刃有餘。科舉方面，康熙創造性地開設了“博學鴻儒科”，將科舉的“統戰”功能發揮到了極限，成功地瓦解了最後一批明朝遺民的對抗心理；祭孔方面，康熙是第一個親臨曲阜祭祀的清代帝王，也是第一個給孔子行三跪九叩大禮的帝王；祭朱方面，康熙也開啟了清代帝王親臨明孝陵祭奠的先河。
清初這場推行“漢制”的改革，實際上就是一場政治改革。清政權因此得以接續中華帝國的道統合法性資源，以“文化認同”來抵消“民族不認同”，並以更為完善公正、紀律森嚴的科舉制度，擴大了執政基礎，最終突破了“自古胡人無百年之國運”的宿命。