穀物類產品 （包含飼料） 若儲存不當容易滋生黴菌併產生真菌毒素，真菌毒素是真菌感染植物體時所分泌的一種低分子量的二次代謝物，可以影響植物細胞的特定生理機能，造成植物病害加劇，如：黃麴毒素、赭曲毒素A、伏馬毒素等，這些真菌毒素已被證實會影響人體及動物的健康，嚴重時可能會導致死亡。真菌毒素不僅是食品安全的威脅之一，若沒有嚴格把關，也可能會造成食品業者或飼料業者的經濟損失，對於大宗穀物貿易業者或以大宗穀物 （米、麥、黃豆、小麥等） 為原料的食品業者而言，真菌毒素一直是必要的風險監控專案，也是抽檢部門公告的穀物類強制檢驗專案之一。
國家對於真菌毒素的限量規範
國內各類的市售食品需要符合《食品安全國家標準 食品中真菌毒素限量》標準，該標準規定了食品中黃麴黴毒素B1、黃麴黴毒素M1、脫氧雪腐鐮刀菌烯醇、展青黴素、赭麴黴毒素A及玉米赤黴烯酮的限量指標。
真菌毒素的來源及毒性
真菌類是植物的病原體之一，除了利用植物體表面的傷口或損傷入侵植物外，也會產生酵素、毒素、生長調節劑等化學物質協助真菌體寄生於植物體，其中毒素類的物質是一種低分子量的二次代謝物，可以影響植物細胞的特定生理機能，造成植物病害加劇。
黃麴毒素 (aflatoxin)
黃麴毒素是毒性最強的真菌毒素之一，由麴菌屬的 Aspergillus flavus、A。 parasiticus所產生，可以在土壤、腐爛的蔬菜、甘草及穀物上生長，可影響多種食品及原料，如穀類、食用油脂、堅果、種子、果乾、乾燥香辛植物、花生、豆類等。黃麴毒素可分為多種形式，主要為B1、B2、G1、G2型，其中以B1型的毒性最強，此外，動物若攝入含有黃麴毒素的飼料後，也會代謝產生M1和M2型的黃麴毒素，而汙染乳品或動物產品。黃麴毒素具有高度的熱穩定性，不易經由一般的烹煮過程中除去，且對人類及動物有高度的肝毒性、致癌性，被國際癌症研究中心（IARC） 列為Group 1致癌物。
赭曲毒素 A (ochratoxin A)
赭曲毒素A由麴菌屬 （Aspergillus） 及青黴菌屬 （Penicillium）產生，也是食品中較為普遍的真菌毒素，容易危害穀物、藤蔓類水果乾、葡萄汁、酒類及葡萄汁、咖啡豆、香料等。赭曲毒素A被認為具有腎毒性，雖然在動物實驗上已證實赭曲毒素 A 的暴露會導致腎臟癌，但在人體這樣的關聯性還不被確定。
棒曲毒素 (patulin)
棒曲毒素主要由麴菌屬、青黴菌屬、絲衣黴屬 （Byssochlamys）的真菌所產生，常被發現於富爛的蘋果或蘋果製品，也可能存在腐爛的水果、穀物。人體的飲食暴露大多來自使用被汙染的蘋果原料所生產的蘋果製品及蘋果汁。棒曲毒素會引起動物的毒性肝、腎及脾臟損傷，且影響免疫系統，也曾有報導會引起人類腸胃道不適及嘔吐，另外雖被認為具有基因毒性，但其致癌性尚未被研究證實。
橘黴素 (citrinin)
橘黴素可由麴菌屬、青黴菌屬、紅曲菌屬 （Monascus）產生，主要存在於受感染的穀類，但也被發現存在於豆類、水果、果蔬汁、草本植物、香料、腐臭的乳製品等。另外在紅曲發酵產品 （紅曲米） 中也會產生橘黴素。橘黴素對熱敏感，經熱處理後會形成複合性化合物 （citrinin H1 及 citrinin H2），H2的毒性較橘黴素低，但H1則具有更強的毒性。橘黴素相關的毒性研究比起其他的真菌毒素少，但被認為具有腎毒性 （nephrotoxicity），歐洲食品安全域性也制定了橘黴素腎毒性無作用劑量 （the level of no concern for nephrotoxicity） 為 20 g 每公斤體重每天，但在此濃度下不能排除基因毒性及致癌性的可能。橘黴素常被發現和其他真菌毒素同時存在於食品中，例如穀物食品中的赭曲毒素A 或水果中的棒曲毒素。
鐮孢菌毒素 (Trichothecenes)
這類的毒素由鐮孢菌屬 （Fusarium） 的黴菌所產生，包括伏馬毒素、脫氧雪腐鐮刀菌烯醇 、玉米赤黴毒素、T-2毒素及HT-2毒素，這類毒素會刺激人類和動物面板或腸粘膜並導致腹瀉。玉米赤黴毒素則可能會影響體內賀爾蒙作用，高劑量時可能影響生殖功能。扶馬毒素則可能和人類人類食道癌有關。