五臟六腑由於各種聯絡從而達到一個互相抑制和互相激發的平衡，古人從這個關係與五行中的相生相剋相聯絡，從而和五行相對應。不瞭解中醫講的臟腑功能，就很難進行辯證施治，以及確定用藥方式方劑。深刻理會臟腑功能，並加以利用，是做好疾病防控，保持機體正氣，進行辯證治療的基礎。
五臟、具有貯藏精氣的功能：心、肝、脾、肺、腎
六腑、具有消化傳送的功能：膽、胃、大腸、小腸、膀胱、三焦
中獸醫藥調整臟腑的基本原則
調整臟腑，就是指在防治臟腑病變時，既要考慮一髒一腑的陰陽氣血調整，更要注意各臟腑之間關係的調整，使之重新恢復平衡狀態。虛則補之，實則瀉之，寒者熱之，熱者寒之。如肝膽、肝經溼熱、肝火上炎，治療原則：清熱利膽、清肝火溼熱。
順應臟腑的生理特性進行調整，脾喜燥厭溼，胃喜溼厭燥。脾氣宜升，胃氣宜降。脾運化，胃傳導。
根據五行生剋制化規律，協調臟腑之間的關係“虛則補其母”，“實則瀉其子”；如肺與大腸相表裡，五行屬金，肺金生腎水，心火克肺金，受脾運化精微輸布全身，滋養其他臟器。故有培土生金之法，脾氣的充盈對肺臟健康影響很大。 比如心為君主之官，神明出焉；心火下行而溫脾，心則刺激生髮脾的功能，脾生血，這個就是相生。“知肝之病，當知傳脾”，就是取的木克土。
髒與腑的關係，是表與裡的關係，中獸醫在防治疾病時，髒病治腑，或腑病治髒，或臟腑同治。實則瀉腑，虛則補髒。 比如心小腸系統、脾胃系統的關係，而肺和大腸系統最重要的是在體液平衡上，大腸吸收水和無機鹽，而肺部也為出水的一個系統，如果肺部宣發能力有問題，下水又尿不出，禽類又沒汗腺出汗，哪麼大腸吸收的水分無處出，就只有蓄積在身體內形成胸水、腹水；要麼就形成糞便拉水，這個情形很嚴重就應該利尿，通腎和宣肺，馬上糞便就幹了。肝膽同病，肝怕鬱結，體陰用陽，肝血為陰。與膽相表裡，五行屬木，與心為母子關係，肺金克肝木。治療總體原則是：滋養肝血之陰，疏洩以平肝氣。腎和膀胱也有由上到下的親密關係。這樣我們在診治的時候就應該解剖後認真分析到底哪裡是病的出發處，哪裡是受到傳變的，這樣就該主要的把藥物投到原發處和控制下步要傳變的器官的預防上，這個就是分析疾病主要矛盾，先解決主要矛盾的問題。
每個髒還有開竅和主某部分身體的機能的說法。如肝開竅於目，心病開竅於舌於口，肝主筋。比如母豬肝臟不好，就會出現眼瞼淚斑、血淤、發紺、眼睛發紅等臨床表現，這都與動物肝臟功能受損有很大關係，是肝火過旺的重要外在體現，多由內熱引起。