在唐朝以前，中原王朝的主要外敵威脅來自西北，故而對強盛王朝而言，首都偏於西北有利於抗敵自保，西漢、隋、唐都是如此。而宋以後的外患來自正北或東北。所以，首都的定位也受到影響而變遷。長安衰落後，北京繼之興起了。
北京從一個華北平原的北方門戶，逐步發展，在中國封建社會的最後數百年間，逐漸形成了全國最大的一個行政中心。
明朝，來自北方的遊牧民族依然是其統治的最大威脅。明成祖朱棣做燕王時即與蒙古周旋多次，稱帝后又五徵漠北，深知蒙古此後仍是國家邊防大患。事實上，蒙元對明王朝的威脅一直沒有解除。坐鎮北方，利於征伐和安撫並用。北京的地緣位置又屬交通要衝，佔據北京就挾制了西北到東北、北方到南方的四條關口，確保軍事上的主動地位，也有利於就近指揮作戰和保障後勤支援。
明太祖朱元璋定都南京，主要基於四個原因：
其一，南京是朱元璋的根據地，具有深厚基礎；
其二，南京“鍾阜龍蟠，石城虎踞，真帝王之宅也”；
其三，南京周圍經濟發達，糧源比較充足，便於供養明朝龐大的軍隊和國家機構，南京是保障充足物質供應的理想之所；
其四，在心理上，按當時的五行學說，南方屬火、屬陽，顏色為赤，北方屬水、屬陰，顏色為黑，朱元璋國號為明，攻克大都滅掉元朝，是以火制水，以陽銷陰，以南克北，實屬天意。
另外，朱元璋生性節儉，不願輕易捨棄坐鎮南京時修建的宮室官署，另建新都是“損耗民力，於國無補”。
不過，朱元璋也意識到定都南京有不利之處，既不易成為有力的軍事基地，以部署對元朝作戰的北方軍隊，又屬於在防守上無險可恃，歷史上多個短命王朝的覆亡歷歷在目。為了揚長避短，朱元璋在離南京數百公里之外的鳳陽建中都，作為南京的戰略屏障。同時將24個兒子、1個孫子分封在各地，讓他們“夾輔王室，盡君臣之義”。其中第四子朱棣於1370年被封為燕王，封地即在北平，由於明軍不斷對北逃的蒙古軍隊用兵，燕王勢力越來越大，不僅擁有自己的軍隊，轄制北京及其周邊地區，還被賜予調遣當地軍隊與官員的權力。
朱元璋死後皇太孫建文帝朱允炆繼位，建文帝與親信大臣齊泰、黃子澄等採取一系列削藩措施。朱棣於建文元年（1399年）起兵反抗，隨後揮師南下，史稱“靖難之役”。戰爭歷時四年，朱棣奪得皇位。朱棣以國家大計為本，不拘成規，破除阻力，決然遷都於當時邊塞之地的北平，改名“北京”。
朱棣置與全國首位經濟區（長江下游）的遙遠距離於不顧，這是一個勇敢的創舉。北京人與蒙古人、滿族人只隔了一條近在咫尺的長城，軍事上具有極大的冒險性，因此近代政治地理學家多譽之為“有進取性的首都”。
二百二十餘年後，明朝到了末年由盛轉衰，來自西北的農民起義軍和東北的女真族威脅劇增，據守北京就成了不利因素。
1644年初，儘管崇禎對李建泰的出京督師和抽調吳三桂部抵禦農民軍還有幻想，但山西前線傳來的越來越不利的訊息，使他感到前途渺茫。在內外交困時，他何嘗不想效法晉元帝、宋高宗，趕在大順軍兵臨城下以前脫身南逃，依託半壁江山苟延殘喘。
這年正月，崇禎多次秘密召見主張“南遷圖存”的左中允李明睿，對他說：“朕有此志久矣，無人贊勷，故遲至今。汝意與朕合。朕志決矣。諸臣不從，奈何？爾且密之。”接著，他同李明睿具體商量了南遷路線、護衛、餉銀和留守事宜。二月間，形勢急轉直下，代帝親征的李建泰束手無策，派人飛章上奏說：“賊勢大，不可敵矣。願奉皇太子南去。”
南遷的問題逐漸由竊竊私議而公開形之於奏章。
崇禎的本意，是自己逃亡南方，但一要大臣勷贊，二要顧面子。可大學士們唯恐皇帝南遷時留下自己輔佐太子據守；即便隨駕南遷，一旦京師失守，也說不定由於自己曾主張南遷而替人受過。於是一個個唯唯諾諾，不置可否。還有一部分廷臣，如左都御史李邦華，竟主張皇上自然守社稷，而讓太子朱慈烺到南京去監國，同時分封定王和永王。如果實行這個辦法，崇禎自己仍然逃不了命；即便有如天之福，勤王兵及時趕到，守住了京師，也難保太子監國南京，不會重演唐肅宗靈武登基的舊戲。所以崇禎憤憤不平地說：“朕經營天下十幾年尚不能濟，哥兒們孩子家做得甚事？先生早講戰守之策，此外不必再言。”
一片混亂中，給事中光時亨又跑出來參了一本，指責“李明睿南遷為邪說”。崇禎氣急敗壞地當面斥道：“一樣邪說，卻只參李明睿何也？顯是朋黨，姑且不究。”
南遷之議在一片紛爭中拖延下來。
等到起義軍逼近北京時，崇禎得到情報說，大順軍除了由大同、宣化方面來的主力外，還有劉芳亮等統率的部隊沿黃河北岸進軍從南面包抄北京，這時再往南逃也晚了。
內心追悔之餘，崇禎只好發出“朕不能守社稷，可殉社稷”的哀鳴，與他的明王朝一道葬身於農民起義的火海了。