建文元年（1399年）七月，在建文帝愈演愈烈的“削藩”行動中，太祖在世諸子中年歲最長的燕王朱棣退無可退，被迫於北平燕藩舉旗“靖難”，開始了對抗建文朝廷的軍事行動。對於舉兵造反，燕藩闔府上下，均忐忑不安，不知前路如何。以燕王為首的靖難將士，被命運推著一步步向未可知的將來蹣跚而行。
而在燕王起兵時，太祖二十六子中，已先後薨逝八人，按時間順序，分別為：
洪武三年（1370年）十二月：第九子朱杞夭折。
洪武二十二年十二月（公曆已經是1390年1月）：第十子魯王朱檀去世。
洪武二十三年（1390年）三月：第八子潭王朱梓，因牽扯進謀反案，而畏懼自殺。
洪武二十五年（1392年）五月：長子、皇太子朱標，病薨於京師。
洪武二十七年（1394年）正月：第二十六子朱楠出生後逾月而夭，未封王，稱皇子楠。
洪武二十八年（1395年）三月：次子秦王朱樉薨逝。
洪武三十一年（1398年）三月：第三子晉王朱棡病薨。本年閏五月，太祖亦駕崩。
建文元年（1399年）四月：第十二子湘王朱柏，因不願在“削藩”中受辱，憤然自盡。
在燕王朱棣起兵時，已經有八位兄弟先後去世。靖難如何收場，和他們沒有關係了。
燕軍與南軍大打出手前後，已經被建文帝“削藩”，廢為庶人的太祖諸子有：
第五子周王朱橚：建文元年（1399年），建文帝展開‘“削藩”，首當其衝的就是太祖第五子、燕王同母弟、周王朱橚。
朝廷遣曹國公李景隆，突襲周藩封地開封，抓捕周王全家，廢為庶人，遠徒雲南。建文四年（1402年），又被召回京師（南京）軟禁。
直到燕王靖難成功後，才被放出，並恢復王爵，返回藩地開封。洪熙元年（公元1425年），朱橚薨於開封。
第七子齊王朱博：建文元年（1399年），被建文帝廢為庶人，召回京師軟禁。洪武三十五年（建文四年，1402年），燕軍靖難得勝，朱博被釋放，復封齊王，回藩地青州。
但是朱博在青州多行不法，又叫囂不滿成祖，所以於永樂三年（1405年）被再次召回京師，次年被廢黜、軟禁。
宣德三年（1428年），因福建妄言男子樓濂謊稱“七府小齊王”，欲謀不軌事，宣宗密令，使齊庶人朱博及其三子“暴薨”。
第十三子代王朱桂：於建文元年（1399年）被廢為庶人，軟禁於藩地大同。燕王靖難成功後，復封代王。
此後朱桂在藩地橫行霸道、多有殘民犯禁之事。成祖念及兄弟及連襟之情（代王妃與成祖皇后皆為魏國公徐達之女），沒有廢除朱桂王爵，只削去代藩護衛了事。
正統十一年（1446年），代王朱桂死，年七十三，太祖諸子中，最為長壽。
第十八子岷王朱楩：同樣在建文元年（1399年），朱楩被廢，建文帝將其遷至福建漳州，令地方官員嚴加看管。
靖難後，成祖恢復朱楩王爵，此後又將其移藩湖廣武岡州（今湖南武岡）。朱楩在武岡一住數十年，直到景泰元年（1450年），七十二歲的朱楩於武岡去世，這也是太祖諸子中，最後一位去世的皇子。
以上四人，在燕王起兵時，已經被建文帝廢藩，成為庶人，並嚴加看管，自身都難保，對於靖難之役，是毫無影響的了。
選擇臣服於建文朝廷、“勤王”京師的太祖諸子有：
第十五子遼王朱植：藩地遼東廣寧（今遼寧北鎮），燕王起兵時，響應建文帝詔令，率遼藩護衛家眷南下“勤王”（其實就是建文帝不放心，把十五叔調回來好控制）。建文四年改封湖廣荊州府。
朱植尚未到達藩地，燕軍已渡江破京師，建文帝失蹤，燕王朱棣登基，成為明太宗（成祖）。成祖怨恨朱植在靖難中不支援自己，此後藉故削去遼藩護衛及疏遠，只留下廚役侍衛三百人供朱植驅使。
遼王朱植狼狽不堪，鬱悶中度過二十多年。永樂二十二年（1424年），在成祖去世前兩個月，朱植薨於荊州藩地。
第十九子谷王朱橞：藩地宣府（今河北張家口），距離燕藩近在咫尺。靖難爆發後，朱橞生怕四哥趁機攻打自己，於是在建文帝詔令“勤王”之下，急急忙忙率谷藩護衛棄守宣府，南下京師，（南京），“勤王”而來（其實就是投奔侄子，放棄與四哥對抗）。
建文四年（1402年）七月，在燕軍已經抵達京師之外的嚴峻形勢下，駐守金川門的谷王朱橞見風使舵，開啟金川門投靠燕王，使得燕軍輕易攻破京師，為燕王登基稱帝立下大功。之後，論功行賞的成祖將朱橞改封湖廣長沙府。
而朱橞到長沙後，自恃有功，驕橫跋扈，大肆搜刮，使得成祖不滿，下詔斥責。朱橞乃至生出謀逆之心，意圖謀反。但是尚未來得及實施，即被成祖得知，並粉碎其陰謀。之後，朱橞被廢為庶人，發鳳陽高牆關押。
宣德三年（1428年），同樣因“七府小齊王”事，谷庶人朱橞及其二子，“自戕”而死。
遼王、谷王，選擇支援建文朝廷，站錯了隊，日後都被成祖打壓。遼王裝孫子，總算得保首領，家族維繫藩封。谷王先投靠建文，後又出賣侄子，自恃有功，驕橫跋扈以至犯上作亂，最終還是沒有逃脫被廢身死下場。
不公開表態，選擇中立，觀望局勢的太祖諸子有：
第六子楚王朱楨：朱楨為南方諸王之長，在藩地武昌，為太祖統掌西南各地，是太祖在西南的實際代理人，地位超然。
建文帝繼位後，並沒有對楚藩動手。而燕王發動“靖難”時，朱楨按兵不動，聲言：天子無明詔，藩王不宜妄動。沒有馳援京師朝廷。建文帝與燕軍作戰，手忙腳亂，沒有顧得上這個南方諸王之首，朱楨得以保全。
洪武三十五年（建文四年、1402年），成祖靖難成功，即皇帝位，因朱楨沒有明確對抗自己，所以未為難朱楨，還授予他宗人府宗正，名義上成為皇室族長。此後楚藩風平浪靜，維持與帝系的良好關係。永樂二十二年（1424年）二月，朱楨在武昌去世，年六十。
第十一子蜀王朱椿：朱椿在太祖諸子中，以性情溫和著名，喜好讀書，容止容雅，太祖都稱呼他為“蜀秀才”。
朱椿文學學識出色，而軍事上不免就遜色了些，所以與太祖其他諸子偏於軍功相比，蜀王在藩地成都教化地方，寬厚待人，地方安寧，四民樂業。
對於這個十一叔的作為，同樣標榜文治的建文帝也十分欣賞，讚賞他與自己的理念相同，削藩中從沒有想動朱椿的意思。燕王起兵後，私下去信詢問朱椿意見，朱椿回覆“忠孝為藩”。所以燕王也很高興，認為十一弟忠孝當頭，不偏不倚。
之後燕軍得勝，燕王登基後，也沒有難為朱椿，對其信任有加。朱椿繼續鎮守西南邊陲，為國家屏障。永樂二十一年（1423年）二月，朱椿薨逝，時年五十三。
第十四子肅王朱楧：靖難時，肅藩封地遠在甘肅甘州（今甘肅張掖），是太祖諸子中，藩地最為遙遠的皇子。
甘州地方貧瘠，供應不足，朱楧早有移藩願望，太祖在世時不敢提，等建文帝即位後，以為甘州遙遠，需要親王坐鎮以安撫，也沒有動過對肅藩“削藩”的念頭。
而朱楧急於離開甘州困苦之地，眼見朝廷對於諸王開展削藩，靈機一動，主動上書建文帝，提出“繳還肅藩護衛，還甘州藩地與朝廷，自己移藩內地”，等於是自己主動把自己“削藩”。建文帝正頭疼如何收回諸叔的權力，見肅王如此識趣，大喜過望，立即批准，收回肅藩護衛及藩封，改封肅王朱楧於蘭州。
朱楧終於得以內遷，而建文帝也收回肅藩權力，皆大歡喜。洪武三十五年（建文四年、1402年），燕王朱棣靖難成功，朱楧在蘭州立即上表祝賀，臣服新君顯示安守臣節，本分做人。成祖見與世無爭、默默無聞，所以沒有為難他。朱楧於蘭州生活近二十年，號稱太平王爺。永樂十七年（1420年）十二月，肅王朱楧去世，年四十四。
第十六子慶王朱栴：藩地寧夏鎮（今寧夏銀川），當時的寧夏鎮靠近北元，孤懸河套，位於戰爭前線。所以慶王就藩後，並未直接到寧夏鎮，而是暫駐韋州（今寧夏同心韋州鎮）。
朱栴在韋州居住長達九年。期間度過了燕王起兵與建文帝展開對抗的全部過程。因為不在藩地，沒有什麼威脅，所以無論是建文帝，還燕王，都沒有特別關注朱栴，也許是建文帝還沒有來得及考慮慶藩。
總之，慶王朱栴“靖難”、“勤王”都沒有參與，在韋州的平淡度日，直至燕軍獲勝，燕王登基。永樂五年（1407年），成祖命朱栴正式就藩寧夏，又准許他夏天可以到韋州舊地避暑，還是很關照的。
此後朱栴平靜地在寧夏及韋州兩地生活了三十年，一直到正統三年（1438年）八月，六十一歲的朱栴病逝於寧夏。
以上四人，在靖難中，保持中立，對於燕王和建文帝的戰爭，兩不相幫（其實還是偏袒燕王，畢竟誰也不想被削藩，建文帝是正統所在，沒有旗幟鮮明地支援朝廷，其實也相當於同情燕王，甚至支援了）。之後燕軍得勝後，基本上還是保持了尊貴、安寧的生活，得以善終。
支援燕王，參與靖難的太祖諸子有：
第十七子寧王朱權：朱權藩地大寧（今內蒙古赤峰），位於燕藩北平之北，地勢重要。大寧直面北元，為大明反擊防備北元的第一要地，所以寧王麾下護衛也是諸王中實力最為雄厚的，擁有“甲士八萬、兵車六千”，並可以節制歸附大明的蒙古兀良哈三衛。
建文帝見朱權不奉號令，大怒，下詔削去寧藩三護衛，削朱權爵位，廢為庶人。但是距離遙遠，寧王勢力雄厚，削寧藩不過是空話而已。
朱權深知燕王是給自己擋槍的，如果朝廷擊敗燕軍，那下一個絕對會輪到自己被廢（其實已經被廢，不過沒有執行而已）。所以與燕王多有私下來往，以圖聯手自保。但這個時候，朱權尚未有徹底投靠燕王的意思。
燕王本來就覬覦寧藩雄厚實力，又得知寧王有聯手意思，於是假意求助，率少數人直奔大寧，面見十七弟，哭訴朝廷壓迫，並開口求援。朱權不知道是計，好生撫慰燕王，並支援大批糧草，然後又親自送燕王返回北平。
不料半路上燕王突然發難，安排伏兵半請半押地簇擁著朱權就奔北平而去，而大寧也被燕軍早就預備好的伏兵拿下。朱權本來就不滿於朝廷削藩，自己也有對抗之意，雖然不是主動參與靖難，但是在燕王半是拉攏半是懇求的態度下，尤其是“事成後中分天下”的許諾下，橫下一條心，就此參與靖難，並在日後為燕軍草擬檄文，謀劃軍事，算是靖難中重要的一份子。而靖難成功後，燕王成為皇帝（成祖），對於唯一明確站在自己一邊的兄弟，當初“中分天下”的承諾絕口不提，還拒絕了寧王移藩錢塘（杭州）、蘇州的請求，最後朱權無法，只得就藩於南昌。
日後，感覺被欺騙的朱權氣憤難平，對於成祖及帝系深懷怨望，並將之暗地囑咐於後人。
正統十三年（1448年），七十歲的寧王朱權，在鬱悶了半輩子後去世，終年七十。而他的子孫，也牢記祖宗的囑咐，時時牢記討還公道。
最終，正德十四年（1519年），朱權的玄孫，第五世第四代寧王朱宸濠，於南昌起兵“清君側”，舉兵為祖宗雪恨，而這，是另一個故事了。
因年幼未就藩，一直居住於京師（南京）的太祖諸子有：
第二十子韓王朱松，建文元年（1399年），燕王靖難時，時年十九，未就藩。
第二十一子沈王朱模，同朱松同歲，靖難時，時年十九，未就藩。
第二十二子安王朱楹，建文元年（1399年），時年十七，未就藩。
第二十三子唐王朱桱，建文元年（1399年），時年十三，尚未成年，未就藩。
第二十四子郢王朱棟，建文元年（1399年），時年十一，同樣未成年，未就藩。
第二十五子伊王朱？，建文元年（1399年），與朱棟同歲，時年十一，未就藩。
對於這六位比自己還小一截的小叔叔們，建文帝自然不會懷疑他們對自己有什麼威脅，留在京師好生奉養，但是也沒有允許其外出就藩。
原本的計劃是，消滅燕逆叛亂後，或是將他們遷往外地，給予富貴同時也嚴密控制，不授予權力；或是就在京師奉養，以富貴悠閒終身。
但是沒有想到，燕王居然會獲勝，而建文帝在大勢已去前，也顧不上這些默默無聞的小叔叔們了。
之後燕王登基為帝，成為明太宗（成祖）後，將這些實際上都相當於兒子年紀的小弟弟們妥善安排，給予優厚待遇，並先後安排就藩（韓王因病去世早，所以沒有來得及就藩，但是其子在長大後，被仁宗安排就藩了）。
以上，就是燕王朱棣起兵靖難時，太祖其餘二十五子的具體情況。其中早逝八人，已被廢四人，支援建文帝二人，保持中立四人，支援燕王一人，年幼留在京師、無所作為六人。而當時還有兩位皇室親王：秦王朱尚炳（秦慜王朱樉嫡子），晉王朱濟熺（晉恭王朱棡嫡子）；一位世子：魯世子朱肇輝；一位靖江王：朱贊儀（太祖長兄朱興隆之曾孫）。因不屬於太祖諸子、成祖諸兄弟，所以這裡不再複述。