在明朝歷史上，萬曆是一位遭到後人詬病的皇帝。雖然前期在張居正輔佐之下，取得了“萬曆中興”的局面，還進行了萬曆三大徵，鞏固了疆土，維護了國家的領土。然而，在他的後期，卻消極怠政，二十多年不上朝。因此，很多史學家認為，萬曆是帶領明朝走向衰落的皇帝。乾隆也曾評價，明朝之所以滅亡，不賴崇禎，而是因為萬曆、天啟皇帝不理朝政。
萬曆之所以躲在宮中不上朝，從定陵考古的結果看，固然有其身體健康的原因，另一方面也是因為被所謂的“國本之爭”傷透了腦筋。
所謂國本之爭，實際上就是誰來當太子的爭論，焦點人物是皇長子朱常洛和皇三子朱常洵。
按理來說，依據“有嫡立嫡，無嫡立長”的原則，因為皇后無子，那麼庶長子朱常洛就是理所應當的太子，這也是明朝士大夫所認定的。但是，萬曆卻非要讓小四歲的朱常洵當太子，這就引發了雙方的矛盾。
萬曆為什麼要厚此薄彼呢，原因也很簡單，太子是萬曆一時興起，臨幸了一位宮女所生，並沒有什麼感情，而朱常洵則是他最寵愛的鄭貴妃所生，視若掌上明珠。
一般的人家，對兒子們有偏心，分家產多一些，別人也不會說什麼閒話。這也是萬曆的算盤，認為這是他自己的家事私事。然而，在明朝士大夫看來，天子無私事，尤其是儲君人選，是關係到千秋萬代的大事。如果不按規矩來，那以後所有的藩王，都覺得自己有機會，天下遲早大亂，正如靖難之役，寧王造反一樣。
但是，關於立儲的重大意義，還有萬曆說不出來的苦衷。原來，他與鄭貴妃感情深厚，一見鍾情，賜予了她無限榮耀。短短几年，鄭氏就由一個新入宮的嬪，一躍成為僅次於皇后的皇貴妃。而且，王皇后失寵，可以說，後宮遍佈鄭貴妃的耳目，一切都由鄭貴妃說了算。
人心不足蛇吞象，鄭貴妃對於這一些仍然不滿足，她就希望自己能當上皇后，真正母儀天下。明神宗也認為這個要求並不過分，皇后就應該是自己最愛的女人。因此，在一次溫存之後，為了討鄭貴妃歡心，萬曆寫下手諭，將立朱常洵為太子，並密封在錦盒之中。
當時的王皇后萬分小心，找不到把柄廢黜，而且非常健康，因此，萬曆和鄭貴妃只能希望將朱常洵立為太子後，再仿效明宣宗胡皇后無子被廢，立孫貴妃為皇后的舊例，將鄭貴妃推到夢寐以求的位置。因此，鄭貴妃對於這份手諭非常看重，特意將它放在寢宮的房梁之上。
可是，事態的發展出乎所有人的意料。明神宗立朱常洵的態度強硬，而朝臣反對的聲音更強烈。朱常洵採取拖延戰術，期待出現變數，而朝臣們步步緊逼，聲勢一浪高過一浪。朱常洵對於敢於提出異議的大臣採用廷杖、罷官的方式，這竟然更激起了朝臣的興趣，他們前赴後繼提出主張，甚至以捱打免官為榮，以此可以青史留名。
更為重要的是，萬曆的生母李太后也干預了此事。她質問萬曆為什麼不盡早將儲君人選定下來，明神宗只好解釋說朱常洛是宮女所生，李太后氣憤地表示我當年也是宮女，你也是宮女所生！
大明朝為了這次“國本之爭”，先後有四位首輔離職，牽涉三百多名高官，一百多人被罷官、廷杖、流放。最終，花費了十五年時間，還是由群臣和李太后取得了勝利，朱常洛被封為太子，而朱常洵被封為福王。
在決定作出之前，鄭貴妃知道大勢已去，無可挽回。但是，她還想做最後一搏。鄭貴妃當著皇帝的面，將錦盒取出，可當她開啟錦盒的時候，卻發現那道諭旨已經被蛀蟲咬壞。尤其是“朱常洵”三個字，已經成為了蛀蟲的盤中餐。看到此情此景，萬曆也不由苦笑：天意如此！隨後他轉身離開了淚眼婆娑的鄭貴妃，宣佈自己的決定。但是從此之後，萬曆對於朝政就心生倦意，並以逃避的方式對抗自己的臣子。