清廷力量強盛，南明節節敗退，鄭成功後來也只能退居廈門和金門。後來他率軍橫渡臺灣海峽，擊潰荷蘭東印度公司在臺灣的駐軍，鄭氏家族入主臺灣。
鄭成功去世之後，兒子鄭經繼續抗清。但因為家族內部的爭鬥，康熙三年在清軍和荷蘭軍隊的聯合進攻下，廈門、金門失守，於是臺灣成為最後的倚仗。
康熙二十二年，在施琅等人的進攻下，鄭克塽最終降清。鄭氏家族在臺灣的主人翁地位，結束在鄭克塽手中。為什麼臺灣會在鄭克塽手中被清廷攻陷呢？原因有很多。
鄭克塽並不是鄭經的指定繼承人，他將王位傳給的是長子鄭克臧。鄭克塽的上位，在於鄭氏集團內部的權利爭鬥。
鄭經為兩個兒子尋找了堅實的姻親，鄭克臧娶了陳永華的女兒，鄭克塽娶了馮錫範之女。而馮錫範不滿陳永華權利比自己大，一直想找機會拉下陳永華。
三藩之亂鄭經曾出兵進入福建與清軍作戰，失敗之後歸來，原本留守的陳永華被馮錫範迷惑請求解除職位與君權。當時馮錫範告訴陳永華王爺回來之後自己不應該佔據國家大位，所以想要辭職。陳永華一想是這樣，於是提出了請求。而馮錫範卻並未如他所說辭職，所以最後陳永華傻兮兮的交出兵權，鬱鬱而終。
馮錫範推倒陳永華之後，權勢愈大。後來鄭經去世，鄭克臧應繼位為新的延平王。馮錫範卻聯合眾人以鄭克臧不是嫡子的理由將其廢除殺害，扶持鄭克塽上位。
當時鄭克塽只有12歲，不能馭下，權利掌握在馮錫範等人手中。而鄭克臧的離世，進一步促使鄭氏政權內部的爭鬥，內耗嚴重。施琅請求康熙帝出兵臺灣，正是看準了機會。
除此之外，當時的臺灣除了一道臺灣海峽有地理優勢，在經濟上、軍事上甚至民心上都處於下風。
經濟上臺灣連續三年的自然災害，使得糧食歉收，物價上升。多年的征戰，也使得庫存空虛。軍事上連續多年出兵，加之鄭經西征，損耗嚴重。民心上，為了抵禦清朝的進攻，多次徵收賦稅，引發民心動盪，有幾次小的起義發生。
清廷入主中原多年，站穩腳跟，有整個國家支撐，小小的臺灣鄭氏自然不是清廷的對手。
鄭克塽在軍事上失利之後，終於在馮錫範的勸說下投降清朝。降清之後，鄭克塽的全家遷入北京居住，隸屬漢軍正紅旗，鄭克塽受封為海澄公。
鄭克塽降清之後的日子並不好過，雖然受封公爵，但與囚犯無異。清廷為了防止鄭氏反清勢力死灰復燃，對鄭克塽及其家人進行了嚴密的監控，鄭克塽被軟禁在北京朝陽門的小衚衕裡，難以離京。
康熙四十六年，鄭克塽去世，爵位無承襲，享年37歲，這就是鄭克塽的一生。