皇與門閥共天下，只是在東晉出現的一個皇權專制的“變態”，也只有東晉是皇權與門閥共治的門閥政治，但是士族的影響卻不止於此。
官僚的正式權力來源於皇帝，皇帝透過升黜獎懲來控制官僚，但當皇權弱化的時候，其對於官僚的控制力就會明顯弱化，然後形成官僚士族化、門閥化，進而法紀鬆弛、官位冗濫、考課渙散。
士族政治的最主要體現就是其對於選官的特權，憑藉門第而世居高位，依靠九品官人法壟斷了晉升之階，官位由自皇帝出，完全變為了自門第出。由此導致的還有魏晉南北朝時士族的職業精神十分淡漠，他們不認為自己是尸位素餐，而認為這樣是合乎“自然”“無為”的。
一 門閥的選官與品位特權
秦漢吏人參加吏道，本身晉升是沒有阻礙的，但是隨著士人參政，其政治影響力不斷擴大，郡國各地察舉人才越來越偏重士人，單純文法吏的仕途日益狹窄。
漢末魏晉以來，士人階層主體逐漸變為士族，發生了“士人計程車族化”，選官的物件也漸漸轉向士人，官僚人員管理上，也出現了“貴賤”“文武”“士吏”的對立。
曹丕代漢前夕，創制了九品中正制，在各州郡設中正官，定期依照德行與才能的標準品評士人，品評形式則是“品”與“狀”，狀就是評語，而品就是眾人熟知的九品。
察舉是推薦制度，科舉是考試製度，而九品中正制則是評議制度，源於漢末名士的月旦評，使王朝選官決於士林名士，“位成乎私門，名定乎橫巷” 造成了對官僚政治的扭曲。
“德才”的評價標準，是以士人的形式進行的，以儒家禮法甚至玄學名士風尚，而非職業吏員的要求作標準。在實際的操作中，真正的標準還在於家族全是和士族門第。
中正官不是正職而是兼官，被認為是社會輿論的代表而非皇帝的代表，大都由士族名士擔任，大大削弱了皇權任官的能力。西晉士族初興，中正往往以父祖權勢定子孫品第，“上品無寒門，下品無勢族”，東晉以下，更是直接以門第定品，士族大都二品，三品之下皆為寒人。“凡厥衣冠，莫非二品，自此以還，遂成卑庶”，天然符合了士族“平流進取”、坐享天祿的政治需求。
與中正制相配的則有“情途”制度。秦漢官制，有別職類，無分清濁。魏晉以來，一些特定的起家官被認為是“清官”，成為士族偏好的進身之階，寒族不得染指，“皆是帝室茂親，或貴遊子弟”。
什麼官是“清官”呢，一曰“清要”，即近侍或要職；二曰“清閒”，很少或幾乎沒有職事；三曰“清華”，即文翰之職。
南朝最終起家官，以此反映門第高下。梁陳選官“唯論清濁”。南北朝又出現“流外”制度，中正二品為流官，屬“士流，三品之下為“吏門”，北魏孝文帝設流外七品，即三之九品為流外官，視為小人之官。南朝梁武帝又創十八班制，以“班”定高下，唯中正二品及以上可入“班”。
西晉重啟五等爵制，“五等封爵，皆錄舊勳”，實則是一場政治大分贓。世入魏晉，流品氾濫，身份被制度化。同時也導致了文教制度貴族化。
二 官僚政治的變態
魏晉以下，官僚政治極為變態，皇權不穩，權臣屢出，常常擅其主上，甚至自開一府，自建一制，另立朝政。曹操設魏官，桓玄建“楚臺”，劉裕建“宋臺”，此外還有都督中外軍事、中外大都督等職，把持朝綱。西晉的錄尚書事本非要職，到了東晉，各大門閥為了操縱朝政，極力發揮錄尚書事的作用，而且近乎“職無不總”，此後百餘年，此官少有缺位哦。
魏晉以來形成了都督區制度，都督區本為軍區，逐漸兼管民政。都督區自成一套班子，地方由此形成了兩套班長，一套是軍府僚佐，一套是州府掾屬。皇權強大時，中央直接統轄地方，但當皇權衰落後，中央對地方的控制就會下降，大軍區經常為朝臣把持，成為對抗皇權的因素，成為個人勢力的溫床。魏晉以來的州漸漸發展為一級行政單位，形成了州、郡、縣三級，再加上都督區則有四級行政單位。
自魏晉以來，貴遊大抵樂為京官，“競內薄外，遂成風俗”。東晉之後，出任求財成了正途，地方官員剝削搜刮成了常態，也近於合法，甚至皇帝也親自要取地方官的“索資”。
秦漢的官俸都是錢幣穀物，魏晉以下則為力役和祿田為主要俸祿。此時的官府還透過直接控制勞動力、直接經營來保證財政。讓官員直接佔有人手經營職田，硬生生地將行政組織異化為生活組織，造成行政法理化下降。
魏晉以來，出現了門生故吏、部曲私兵，他們數量龐大，而且都屬於私人勢力。西晉還有不為東宮官則不得任尚書郎的制度，其意明顯在於強化士人與太子的關係。當法制無法保證專制之時，轉而乞求於個人化、私屬性忠誠的靈驗，不得不說是官僚組織的扭曲。
三 魏晉玄風
何謂玄學，“玄之又玄，眾妙之門”，“玄，謂之深者也”，魏晉時期，學術交流多以清談為形式，而清談的內容又以三玄為主，故而稱作魏晉玄學。
魏晉是人性覺醒，哲學再解放的時期，而魏晉玄學，則是中國思想史上的一朵奇葩，是對於理性的再發現，在這個時期內，我國的哲學思想才真正走向了“人的主題”與“文的自覺”。董仲舒將儒學神化，“推明孔氏，抑黜百家”，使儒學變成了強化等級觀念和維護社會等級秩序的工具，並依託經學體系建立了天人感應神學理論，形成了經學大一統的體系，奠定了儒學獨尊的地位。
儒家是披著宗教外衣的政治學，天人感應神學幫助政治的鞏固，但它的生存又依賴於政治，它是建立在安康平順的大一統社會基礎上的學說，而以東漢和帝為分水嶺，中國社會進入了宇宙期，災難頻仍，皇帝久祀無功，天人感應神學難以自圓其說，上層統治者對它的信仰產生了動搖，又適逢佛教傳入，道教產生，統治者便轉向佛道尋求新的精神庇護。災害的同時又加以政治昏暗，叛亂四起，社會動盪，分裂割據層出不絕，自經漢末戰亂，人口十不存七，可謂“白骨露於野，千里無雞鳴”，在死亡的重壓下，經學大一統體系徹底崩潰，為魏晉玄學的產生提供了必要的土壤。
經學大一統體系崩潰，儒經被踐踏，經學家們需要尋求對儒學的重新解釋，於是便引道入儒，試圖以道解儒。天人感應神學太過於強調群體，而忽視了個體的存在，人性被壓抑，在它崩潰之後人性獲得瞭解放，思想家們開始了自我的覺醒。在這個過程中，他們經歷了長期的戰亂，高壓的政治，以及自東漢中後期至三國時代，持續了近一百五十年的大瘟疫，人們敏感的心靈感受到了生命的脆弱與無常，開始重新思考人生的意義，他們不再埋頭於連篇累牘的經卷中，不再以家國天下為畢生追求，而是抬起頭來，看向了人間，看向了這清虛玄遠之學。
所謂“有晉中興，玄風獨振”，其實真正算來，魏晉玄學的發展從東漢便開始了。王充提出天自然無為的唯物主義學說，反對天人感應神學，引起了對天人感應神學的批判思潮，為魏晉玄學的產生作了理論的準備。揚雄草著《太玄經》，融合了《易經》、《老子》的思想，首開以玄釋經的風氣。
董卓之亂，大批知識分子湧入荊州地帶，時任荊州牧的劉表“開立學官，博求儒士，使宋忠等撰五經章句，謂之後定”，宋忠精於《太玄經》，在荊州傳播了這種風氣。曹操攻克荊州後，大批名士隨軍歸北，又將此風帶到了北方黃河流域。
漢朝以察舉制選拔人才，重德行風評，士人越來越看重交遊的形式，希冀在由聲名卓著的名士主持的交會場合獲得好的風評名聲，此類的交遊、交會往往看重形式化的言談舉止，大多是相互標榜，頗有浮華之氣，因此常常被斥為“浮華交會”。隨著東漢末期社會危機的加劇，“浮華交會”漸漸演變為臧否人物、抨擊時政的重要舞臺。魏明帝太和年間，作為魏晉玄學的開創人物，夏侯太初舉行“浮華交會”，聚攏了大批心向玄學的青年士人，這可以被視作“魏晉玄學思潮即將到來的前兆，正始之音的序曲”。
曹丕時施行的九品中正制，只發揮了很短一段時間的效果，就發生了變質，官員的升遷為世家大族所壟斷，而這些世家大族皆以學術傳家，在這個玄風盛行的時代，人才的品評皆以言論之高下而定，玄學成為官方正統學說。
作為儒家的新形態，魏晉玄學正式的發展可以分為四個階段。 第一個階段是以何晏、王弼等正始名士為代表的正始玄學，提出“貴無論”，試圖以道解儒，提倡道本儒末，高呼崇本息末，將玄學的探討推進到了本體論的範圍內，主張名教出於自然，史稱“正始之音”。
第二個階段是以嵇康、阮籍等竹林名士為代表的竹林玄學，他們將此前的“貴無論”推向了極致，提出“越名教而任自然”，公開否定儒家禮制，宣揚“非湯武而薄周武”。
第三個階段是以裴頠、郭象為代表的元康玄學，他們對驕奢淫逸﹑放蕩無恥的時風進行批判，不滿輕視事功的放達風氣，力圖論證封建等級制的合理性，提出“獨化”和“崇有”，推崇名教，試圖儒道合一，建立了內聖外王理論體系。
最後則是以張湛為代表的江左玄學，由於南遷和社會矛盾的複雜，導致思想上進一步空虛，其主要內容為“超生死、得解脫”，主張採取“肆情任性”的縱慾主義人生觀，將玄學引入了絕境。魏晉是中國古代思想最為活躍的時期之一，魏晉玄學在中國哲學史上，佔據著舉足輕重的地位，它的影響深遠而持久。南北朝時，玄學與佛教的般若學結合，最後逐漸被佛學所取代，至此走向落寞。
從歷史的眼光看來，魏晉南北朝無疑是一個黑暗而又混亂的時代，但在思想上，這卻是一個偉大的時代，魏晉士人經歷了自我的覺醒，發生了思想上的大解放，打破了名教禮制對於人們思想行為的束縛，使得人們脫離了經學的桎梏，進入了深邃的，放達的，“人的主題”與“文的自覺”的時代。魏晉玄學的思辨性，深遠而持久的影響著後世的哲學。