初平二年（191年），孫堅因奉袁術之命征討荊州刺史劉表，不幸戰死。喪事畢後全家遷往廣陵郡江都縣。孫權九歲喪父，受到其母吳夫人的教育。初平四年（193年），孫策投奔袁術後，命呂範將孫權等人接到住在曲阿的吳景（孫權的舅舅）處。次年，孫策為袁術攻打廬江郡。揚州刺史劉繇深怕被吞併，欲對孫權及其母等不利，於是朱治派人到曲阿迎接孫策母親及孫權等幼弟，提供養護。後來，孫權跟著吳夫人遷往歷陽縣（今安徽和縣），又遷往阜陵縣（今安徽全椒附近）。興平二年（195年），孫策起兵渡過長江，在擊破劉繇後，派陳寶到阜陵接家人回曲阿。
孫權為人性度弘朗，仁而多斷，崇尚俠義，喜歡蓄養賢才，因此漸與父兄齊名。他常跟隨在孫策左右並參與內部事務的決策，其才能令孫策都自嘆不如。每當宴請賓客時，孫策常常回頭看著孫權說：“這些人以後都會是你的手下。”此時，孫權與胡綜、朱然在吳郡讀書。建安元年（196年），孫策收得丹陽，吳，會稽三郡後，為了讓弟弟早日成材，十五歲的孫權被任命為為陽羨（今江蘇宜興）縣長，吳郡太守朱治察舉他為孝廉，揚州刺史嚴象舉其為茂才。後又代理奉義校尉。
建安四年（199年）至建安五年（200年）初，孫權隨孫策討伐廬江太守劉勳。劉勳敗逃後，又進軍沙羨，討伐江夏太守黃祖，收得了廬江、豫章二郡。
建安五年（200年），孫策被許貢門客行刺而去世，臨終前命孫權接替其位。孫權當年虛歲十九歲，被東漢朝廷冊拜為討虜將軍，兼領會稽太守，駐守吳郡。孫策剛剛統一江東沒有多久，地方士民及賓旅寄寓之士仍存異心，因此孫權最初掌管江東時，局勢動盪不安。廬江太守李術更是公開反叛，宗室內部廬陵太守孫輔通敵曹操、孫暠企圖奪權，丹陽太守孫翊和宗室重臣孫河遭到殺害，豫章、會稽等地數萬山越也伺機作亂。
孫權以張昭為師傅，以周瑜、程普等舊臣，統御諸將。先率軍消滅李術，得其部眾三萬餘人；阻止宗室動亂；又滅山越六千，收編萬餘，孫權又廣招賢才，聘求名士，諸葛瑾、魯肅、嚴畯、步騭、陸遜、徐盛、顧雍、顧邵等人被招至麾下，安定了地方大族及賓旅寄寓之士之心，穩定了江南局勢。建安八年至建安十三年（203年—208年），孫權三伐黃祖，最終將其擊殺，吞併江夏郡大部，並於其間收得大將甘寧。
東漢建安十三年（公元208年），曹操戰敗劉表，取得荊州，企圖一舉滅吳。他對孫權聲稱：‘’今治水軍80萬方與將軍會獵於吳。‘’孫權沒有被曹操的氣勢洶洶所嚇倒。他果斷地採納魯肅的建議，與劉備結成同盟，在著名的赤壁之戰中，用火攻戰術大破曹軍，奠定了三國鼎立的局面。
孫權審時度勢，考慮重新選擇一個合適的政治中心。建安十六年（公元211年），他在聽取各方面的意見後，毅然決定自京口（今鎮江）徙治秣陵（今南京），又在石頭山建石頭城。次年改秣陵為建業。黃初二年（公元221年），因與劉備爭奪荊州，為便於指揮對蜀作戰，又以荊州的鄂城為政治中心，改稱武昌。黃龍元年（公元229）四月，孫權在武昌稱帝。同年九月，又將都城自武昌遷回“舟車便利，無限險之虞：田野活饒，有轉輸之籍；進可以戰，退可以守”的建業。這樣，孫權開創了南京的建都歷史。
孫權規劃並建造了建業都城，城週二十里十九步。建業城中建有壯麗的宮城和衙署、民居中、寺院，城外有石頭城、丹陽郡城，還有人口集中和商業繁榮的市場。孫權建立的建業成為古代一座真正的城市，為日後南京的發展奠定了基礎。
孫權對開發建業和整個江南地區做出重大貢獻。他採取了不少措施，鼓勵發展生產。他‘’親自受田‘’，將駕車用的八頭牛改作耕牛，以表示提倡農業生產。並下令禁止官史在家忙時徵調農民服徭役，以保證生產期間，又興修水利，疏浚和擴大秦淮河水道，開破崗瀆、運瀆、東渠、潮溝等。當時建業城有數千名技術熟練的手工業工人，從事絲織、冶鑄生產。孫權還發展了航海事業，派將軍衛溫和諸葛直領兵萬人航行到夷州（今臺灣省），又派人出使遼東半島及海南諸國，有的使者到高句麗、扶南（今柬埔寨）、林邑（今越南中部）和南洋群島等地。公元247年，還為西域僧人康僧會建造了建初寺，這是金陵的第一座佛寺。
孫權英武果斷，膽略過人。他曾在濡須口一帶，乘大船偵探魏軍陣容，異常鎮定自若。魏軍弓箭齊發，箭鏃集中在船的一側。孫權下令掉轉船頭，再以另一側受箭，待箭勻船平後再安全駛回。他‘’博覽書傳歷史‘’頗有才華。他曾寫信給曹操說：‘’春水方生，公宜速去足下不死，孤不得安。‘’短短16字，寓意很深。曹操曾稱讚道：生子當如孫仲謀。