世人皆知朱棣即位，繼承的是朱棣老爹朱元璋的位子，而非侄子朱允炆的位子，朱棣登基後，下令將朱允炆的一切“清理乾淨”，朱棣在位時，經濟繁華，國力強盛，出現了“永樂盛世”，但朱棣在登基時也做了不少事情。
首當其衝的是起草登基公告，當時朱棣請明朝大臣方孝孺草擬即位詔書，但被方孝孺拒絕，在此之前朱棣還是燕王時，朱棣進京，文武百官見風使舵就投靠了朱棣，但方孝孺拒不投降，這才被朱棣抓到了牢裡。
朱棣屢屢遭到方孝孺的拒絕，就將方孝孺“株連十族”，方孝孺十族八百多人被殺害。而朱棣即位當天，秦淮河發現兩具女屍，身份被查實後，朱棣大發雷霆。
1402年7月17日，朱棣登基為帝，繼承朱元璋留下的大好江山，而人們在秦淮河發現了兩具女屍，應天府尹得知訊息後也是左右為難，一是朱棣正式為帝，這事“晦氣”，二是這兩具女屍特殊，不報，恐怕朱棣要怪罪。
應天府尹左右思量後還是上報了給朱棣，朱棣一瞧，兩具女屍正是方孝孺兩個年幼的女兒，此時方孝孺還沒有被處死，只是被關押在大牢，方孝孺寧死不屈雖讓朱棣心中氣憤，說要將方孝孺處死，但心中還是有所考量的。
朱棣率大軍從北平出發時，朱棣身邊的黑衣宰相姚廣孝告訴朱棣：“方孝孺肯定是不會投降的，但希望不要殺他，方孝孺死了，天下的讀書種子就滅絕了。”朱棣心想方孝孺不寫詔書，自然有人寫，便還是舉行登基大典。
事實上方孝孺寧死不屈，家人是最先得知的，觸犯“龍威”，能有什麼好的結果？於是在朱棣登基的前夜，方孝孺的妻子鄭氏和兩個兒子方中憲、方中愈就自縊身亡了，方孝孺的兩個女兒也就跳進了秦淮河，朱棣登基當天被打撈了上來。
朱棣勃然不怒，心想：“方孝孺，你還真是好樣的。”朱棣就判了方孝孺“株連十族”，1402年7月25日，方孝孺慷慨赴死，作絕命之詞：“上天降下戰亂憂患啊，誰知道其中的緣由，奸邪的臣子如了願啊，求取國柄耍弄計謀。忠正的臣子憤怒悲怨啊，血淚淌流；以此血淚為君殉葬啊，還有什麼企求？嗚呼哀哉的悲鳴啊，大概不是我的怨尤。”
方孝孺的弟弟方孝友願與兄長共患難，一同赴刑場，也賦詩一首而死，從此方孝孺的著作也被列為了禁書，朱棣在位時，凡藏書者皆是死罪，但依然有人冒死藏之。