繼9月9日湖北中醫藥大學研究員、博士生導師劉義飛老師的“黃連基因組揭示了小檗鹼多樣性＂和9月16日深圳中國科學院仙湖植物園萬濤研究員的“百歲蘭基因組揭示其在沙漠極端乾旱環境下的長壽機制”之後，9月23日，我們邀請到武漢貝納科技有限公司專案總監牛妍博士，帶來“使用Nanopore技術從頭組裝藥用植物地黃基因組”的線上技術講座。
主講人介紹
牛妍博士，武漢貝納科技有限公司專案總監
從事生物資訊多年，擁有豐富的專案分析經驗，擅長基因組分析、轉錄組分析、細胞器基因組分析等，參與了上百個動植物基因組分析，發表SCI文章多篇，累計影響因子超過30分。
演講摘要：
地黃（Rehmannia glutinosa）是列當科地黃屬重要的藥用植物，其根部富含以環烯醚萜為主的生物活性成分，具有清熱生津，補血滋陰的功效。2021年7月，河南中醫藥大學與貝納基因合作，以“De novo genome assembly of the potent medicinal plant Rehmannia glutinosa using nanopore technology”為題，在國際知名期刊Computational and Structural Biotechnology Journal上發表了地黃高質量染色體級別基因組。該研究透過對ONT長讀長測序，結合Illumina和HiC測序，獲得基因組大小為2。49Gb的染色體級別高質量同源四倍體地黃基因組，對地黃基因組中重複序列進行分析，發現重複序列比例為67%，其中LTR，尤其是Copia元件發生顯著擴張，此外， 全基因組複製分析顯示，地黃在364萬年前發生了一次獨立的全基因組複製事件。透過基因家族分析研究發現，UDP-dependent glycosyltransferases 和 terpene synthase 基因家族的擴張促進了地黃萜類物質的生物合成及其多樣性的發生。總之，地黃基因組為地黃藥理研究提供了重要基礎，將促進重要藥理化合物的開發和應用。
王小薇
Oxford Nanopore Technologies大客戶經理，常駐上海
廈門大學生物系本科，碩士，上海交大安泰MBA在讀，10年分子生物學和高通量測序領域從業經驗。先後就職於華大基因，德國QIAGEN等行業知名企業的研發，技術支援和市場部門。
日程