中土的史書大體分三種，一是當代時的起居錄、以及當朝官修的實錄；二是今朝修舊朝的正史；三是民間私人所撰寫的史記，也就是俗稱的野史。
中土古代的史學歷來就有“左史記言，右史記事”的說法。因此明朝還未建國之初，即朱元璋還是稱吳王之時，朱元璋就仿唐宋，設立了起居錄——“甲辰年三月丁卯置起居注，以宋濂、魏觀為之，日侍左右，記言動”，並負有規諫君主的職責：“要在訓忠納誨，改主於無過之地，而後為盡職”（《明史本紀》
但是起居郎（起居注官）這一職位在明初亦是幾經波折的，至正二十六年（1366年）時，朱元璋設起居注官這一官職，可到了洪武九年（1377年）時將起居注官這一官職撤銷了。之後又在洪武十四年（1381年）時又重新設定回來。
可是起居注官這一官職，在隨後的明代皇帝也出現了多次“尋罷”，直至到明萬曆皇帝時才得以復立。所以講明史時，很少提及明初的《起居錄》，多是提及當朝官修的長篇“編年體”《明實錄》。
錢謙益
但是《明太祖高皇帝實錄》在明朝時期就受到三次修改過，後來清代入關時，明末清初的史學家錢謙益曾在修《明史》時提出過《明太祖實錄》已經被篡改得有點面目全非了。
明代《明太祖實錄》的記載：
一、建文帝朱允炆初修《太祖高皇帝實錄》
根據說法是洪武三十一年七月（1398年），建文帝貶周王為庶人後，就徵調江西處士楊士奇充實錄纂修官，於建文元年正月開始建局初修《明太祖實錄》。
據說此時的《明太祖實錄》因建文帝削藩、及燕王朱棣靖難等諸事，該書中多對藩王有貶低之嫌疑。當三年後，《明太祖實錄》修成之時，已經是朱棣形成南下之勢，故而明成祖朱棣即位後，對當初修此書的一些文官進行了迫害（也就是現在說的明代“文字獄”）。
二、明成祖朱棣重修《太祖高皇帝實錄》
朱棣
朱棣靖難即位後，看到《太祖高皇帝實錄》，非常惱火，特別是書中對諸藩王的“汙衊”，因此在即位三個月後，命人重修《太祖高皇帝實錄》。
根據近當代白壽彝先生等人的考究，認為此次修改，並非有太多的動作，只是將書中一些“藩王忤逆”的詞語進行修繕而已，因為時間上過於匆忙，且八個月後就完成了修繕工作。
三、朱棣再修《太祖高皇帝實錄》
永樂九年（1411年）時，第三次修繕。這次修繕，就有美化朱元璋的意味在內了。三修的版本流傳迄今，從內容來看，已經刪除了朱元璋在起事期間很多事情。同時為了顯示出朱棣靖難的法統，對於朱棣的生母的問題上應該也進行了篡改，因為《太祖實錄》說朱棣是馬皇后所生，可後世的考究發現這個事情一直都是存疑的。
另外此次還篡改了部分史實，以驗證朱棣靖難的正統。
最為關鍵的是有將朱元璋神格化的意義在內，稱讚他是五帝之後，帶有聖人基因。可是在明皇陵神道碑上，朱元璋早年的命人刻的就明確表示只是淮西布衣。所以《實錄》上就將祖上推算到五帝之後。另外還有羅列了朱元璋禮賢下士、勤奮好學、徐懷納言等優秀品質。還有記錄了大量有關朱元璋的神異事件。
朱元璋
其實這一切都是朱棣企圖利用“天命所歸”，來暗示朱元璋的個人形象的神格化，這樣作為他的親生兒子，同樣也是受命於天。
根據後世清代的說法，第三次修繕的《明太祖實錄》刪除了對於朱元璋許多不利的言語、以及對朱棣等藩王不利的。
也是根據清代的說法，當時朱棣修繕《明太祖實錄》時，在第二次修正之後，就將建文帝的初版給毀了，但是第三次修正時，並沒有毀掉第二次修正的版本。而且還流傳到明末清初，直至到清代就沒了……因為明末清初顧炎武、錢謙益都曾說過。特別是顧炎武明確指出了三修中，建文第一修已經被毀，可二修和三修一直保持到明末。而顧炎武后來又說了句很有意味的話語——“洪水滔天之後，遂不可問”。
清代是否“修正”過《明太祖實錄》？
關於清朝是否修改過朱元璋的實錄，目前還未發現證據，只有些坊間傳聞而已。若是說全面篡改也說不過去。清編《明史》時，將女真族的字眼基本修了一遍，基本上能刪除的都刪了，難於刪除的，也將“女真臣服”改為“撫”等。
另外清代，特別是乾隆帝編輯《四庫全書》時將大量的史書都焚燬了，特別是涉及到遼東女真的書籍。但《明太祖實錄》中依舊還保留著明初對於遼地女真諸部臣服於明的記載。所以現在很難下定論認為清代就篡改了《明太祖實錄》。
另外有一點就是，不僅僅國內保留有《明實錄》，李朝也對《明實錄》儲存較為完善，後世史學家將兩地儲存的書籍一對比，也沒有發現有明確篡改的痕跡在內。