選擇鑑定機構進行鑑定是一件非常重要的事。不同地區之間的司法鑑定機構在評殘級別上相差較大，相同地區不同的司法鑑定機構的評殘程式與標準也不一致。一般情況而言，當事人只能在受傷地或住院地死法鑑定機構進行傷殘鑑定，因此，當事人在選擇司法鑑定機構時要十分謹慎。
1、選擇有合法資質的鑑定機構
有合法資質的鑑定機構做出的鑑定結論才合法有效，合法鑑定機構超出登記的業務範圍做出的鑑定結論無效。因此應選擇有資質的鑑定機構進行鑑定，其鑑定結論才合法。據報道，北京某法院在審理亢某某被農用車撞傷賠償案中，由於原告提供的傷殘評定書是由一家不具有鑑定資質的鑑定中心所做，因此認為原告提供的法醫鑑定中心的傷殘鑑定無效，法院不予以採信。
2、選擇信譽卓著、辦事公正的司法鑑定機構
如果選定一家鑑定機構，雖然做出的鑑定很高，但是不被法院採信，需要重新鑑定，那將不得不嘗試。為了避免案件被重新鑑定，選擇鑑定機構時，一定要選擇信譽卓著、辦事公正的司法鑑定機構。
3、不要選擇對自己不利的鑑定機構
傷殘級別對傷者的賠償專案和賠償數額有直接的影響，評上級別和評不上級別，受害人所能獲得的賠償專案和金額差距很大，同樣的傷情，不同的級別，賠償金額差距很大。
一般情況下，各鑑定機構所做的鑑定結論是一致的，但是，當傷情屬於“可評可不評，可高評可低評”的情況時，各鑑定機構的做法卻不完全一致，有的鑑定機構就高不就低，有的卻就低不就高。所以，在選擇鑑定機構時要慎重，最好事前諮詢交通事故專業律師的意見，因為，專業的律師對各地鑑定機構的情況比較瞭解。
4、選擇在受訴法院所在地有辦公場所的鑑定機構
有的鑑定機構子在當地沒有辦事機構，選擇這種鑑定機構做鑑定會存在以下問題：一是需要補充或重新鑑定時不及時；二是需要解釋鑑定機構，特別是不要選擇在受訴法院所在地沒有固定辦公場所的，否則，一旦重新鑑定，對當事人很不利。