1、 天氣狀況
大多數微生物製劑在20～3O℃ 內有比較好的活性，水溫10℃以下時活性明顯降低，在使用微生物製劑時要注意水溫對產品效果的影響。最好在晴天上午使用微生物製劑。尤其是芽孢桿菌等好氧菌製劑，亞硝酸細菌對近紫外波段很敏感，強烈的光照對於亞硝酸細菌影響較大，因此在使用硝化細菌類產品時養殖水體的透明度不能太大，或者選擇合適的時間使用會有更好的效果。
2、 溶解氧
體溶解氧的高低，會影響到好氧菌生長速率和氧化分解汙染物的效率。目前微生物製劑中芽孢桿菌為好氧菌（或兼性），硝化細菌為嚴格好氧菌，使用含有這類活菌的產品，一定要保持水體足夠的溶氧，才能維持有益菌快速繁殖和對汙染物的有效分解。
3，鹼度-pH值
水體ph7～9最有益於菌類的生長，繁殖。乳酸菌可以在弱酸環境中繁殖，
4，營養缺乏或過多
微生物進入水體後繁殖速度與水體的營養水平有很大的關係。一般認為微生物生長對水體C、N、P的利用率100：5：1。如果水體太瘦，或營養成分單一或失衡，有些以養菌為主的活菌製劑不會大量繁殖，使用活菌幾乎無效，此時應向水體中適當補充缺乏的營養才能達到更好的效果。
5，其他環境因素
若水體中吞噬細菌的輪蟲，枝角類等浮游動物大量存在時使用會影響使用效果。另外水中重金屬或農藥，氯製劑殘留等化學物質含量過高都會對微生物製劑使用效果產生影響。
注意事項
1， 不能與消毒劑，強氧化劑，重金屬，抗菌藥和具有抗菌作用的中草藥製劑一起使用。
2， 購買最近生產日期的產品，即買即用保證菌種存活率。自己發酵的要儘快用完。發酵用曝曬過的自來水。儘量減少雜菌的進入。
3， 使用時注意天氣情況，芽孢桿菌在晴天上午使用。使用時可以加入碳源活化，活化能讓微生物迅速“復活”，活菌數量成倍增加，也能使菌迅速適應池塘水質條件，
4， 長期使用。微生態製劑的預防效果好於治療效果，其作用發揮較慢，長期使用方能達到預期的效果。微生態製劑不是藥物，一旦發生病害一定要用相關藥物治療。
養殖不易，魚耀伴君行！