自從盤古開天闢地以來，三界初定，大地遼闊，大地分四大神洲，在東勝神洲的花果山有一塊遺留下來的仙石，不久過了多久，一日，天崩地裂產了一石猴，驚動了天庭的玉帝，玉帝卻不以為然。石猴是三界的四大靈猴之首，四處尋師訪道，來到了西牛賀洲的三星洞，經一個樵夫的介紹，拜在菩提祖師名下，菩提給他取名孫悟空。
菩提祖師是一位界外的大仙，住在靈山的三星洞內，公開授徒，弟子眾多，在原著裡只簡單的介紹了菩提，從字面的意思上來看，菩提祖師是一位大覺金仙，與天地同壽，三教合一的大神。
菩提祖師法力通天，卻不與外界有過多的聯絡，從不參加三界的任何活動，也不與三界任何人來住，完全把自己隱藏得非常神秘。這一切得從菩提祖師的遭遇學起（西遊記前傳裡有詳細的說明）。孫悟空雖然已拜在菩提祖師門下，每天打打雜，聽聽課，三星洞裡的桃子被他偷吃了足足七次，菩提祖師說道：7年啦，悟空你想學些什麼呢？
孫悟空哪知道有些什麼東西可以學，只知道此次的目地就是學長生之術。於是，菩提祖師給他介紹了好幾種，但不合孫悟空的胃口，不學。菩提祖師明白孫悟空要學什麼，但也不能當著眾師兄弟的面說，不然，會洩漏菩提祖師的真實意圖，打了孫悟空三下，看孫悟空的悟性到底如何，沒想到，悟空的悟空真的不差，是天生本領。這才下菩提祖師下決心教點真本領給他。
孫悟空來到菩提祖師的睡前，一直等了好幾個小時，菩提祖師當作沒聽到，看看悟空的耐心如何，當悟空剛要走時，菩提留住了孫悟空，孫悟空這時才明白過來，菩提祖師的用意，於是，孫悟空抱著菩提祖師的腿說，祖師，你就教我些真本事吧？
菩提祖師大笑道：看你誠心好學，就教點道術給你，就傳了七十二般變化和筋斗雲給孫悟空。最後菩提祖師還是要趕走孫悟空，因為，孫悟空已經出師了，足以逃避生死，但500年的一劫要躲過，方可長生。這也是菩提祖師教給他的長生之法，臨走前，菩提祖師唯一的目的就是不要說是我的徒弟，我也不再見你，日後多行善事，不然我不放過你。
孫悟空離開三星洞後，做了1件事，讓菩提祖師不得不離開三星洞。是哪一件事呢？孫悟空偷吃蟠桃、搗亂蟠桃會、盜玉酒、盜仙丹、大鬧地府、龍宮。孫悟空的事蹟很快傳遍了三界。唯一讓菩提祖師擔心的就是，孫悟空要做玉帝的尊位，就是這1件事發生後，菩提祖師不得不離三星洞，為何。因為菩提祖師就是為了這玉帝尊位才離開天庭的（西遊記前傳裡有說明）。但是最後猴子被如來鎮壓了！
自從孫悟空做了這1件事後，菩提祖師果然離開了三星洞，消失在三界之外，無人知曉。當孫悟空推倒人參果樹時去找他，果然不在了，離開了三星洞，不再見孫悟空，但菩提祖師還是告訴了他方法，也沒多加罪於他，畢竟孫悟空是菩提祖師最得意的弟子，一日為師，終身為父嗎？