仙人掌這個術語包含了大量不同的仙人掌種類，因此存在著大量的真菌疾病和細菌問題，這些問題會導致仙人掌的果肉變黑。氣候也是一個因素，當凍傷傷害仙人掌時，仙人掌的組織很難再生。
變黑的仙人掌可能受到了凍傷，由於許多仙人掌原產於無霜區氣候，現在種植在舒適度大的氣候區，所以仙人掌對寒冷的溫度很敏感。然而，寒冷通常要持續幾個小時，損傷才會發生。當這種情況發生時，受傷，變黑的部位會在幾周內變幹，呈現出某種脆性。在許多情況下，這種損傷只是美學上的，而且仙人掌會隨著時間的推移再生組織。
葉狀頭絛蟲病斑是一種真菌病，可導致黑色病變出現在整個仙人掌。這些黑斑是該疾病大量繁殖和子實體的集合，仙人掌的整個墊層表面可能會因葉狀莖墊層斑點而變黑。在溼度較高的植物下部感染可能更嚴重，但一旦墊層乾燥，真菌就變得不活躍，病灶消失。嚴重感染的菌墊或植物應清除，以防止真菌的傳播。
黑色，凹陷，柔軟，浸水的地方是一種真菌冠腐病感染的症狀，這種病除了軟墊仙人掌外，還折磨著幾種刺仙人掌。這種冠狀腐病是由寄生菌引起的，通常發生在仙人掌的上部，除了仙人掌的葉子腐爛外，還會產生一種內部腐病。殺菌劑可以幫助預防這種疾病，但是被感染的植物應該被移除並銷燬。
仙人掌可能面臨細菌壞死的衝擊，這個問題首先表現為仙人掌上的小的，淺顏色的溼斑，然後惡化為感染部位下組織的強烈的，深褐色或黑色的腐爛。隨著病情惡化，組織破裂，一種深褐色液體從植物中滲出。感染透過樹幹或樹枝上的傷口潛入，能夠在周圍土壤中長期存在，昆蟲也會傳播細菌。