康熙三十九年二月下旬，時任陝西巡撫的吳秉謙千里迢迢跑到京城來告御狀，說陝西總督吳赫這人心太黑，利用職務之便在軍用草料上動手腳，虛開草料的價值，自己在中間賺差價，賺德盆滿缽滿。不僅如此，吳赫這人還為了擺脫嫌疑誣告陷害他來背鍋。
康熙一看這還得了，於是就讓三法司審理此案，並要求做報告。根據詳細調查之後，刑部尚書傅臘塔給皇帝做了以下陳述：
根據我們的調查，關於吳秉謙說的陝西總督吳赫利用職務之便剋扣軍需、勒索稅規糧規是子虛烏有的事情，我們沒有找到任何證據。至於虧空庫銀的事情，完全是因為軍需的特殊性而挪用的，這是因公挪用，不存在為了一己私利而貪汙。
按理說，因公挪用軍需銀兩，應該由陝甘二巡撫分配給全省的文武官員均攤賠償。我們還調查到吳秉謙收受賄賂是事實，雖然有的人是完全自願賄賂的。另外還有一千零十七兩銀子的虧空不知去向。但是根據吳秉謙本人的交代說是用來修理文廟和倉庫、水渠、水壩等地方，但是這幾個地方的開支並沒有從國庫稅收的正項內開支的先例，所以三法司會審後判處吳秉謙斬監候，並追回挪用的一千零一十七兩銀子用來填補虧空。
關於吳赫以公謀私，誣陷吳秉謙的事實是存在的，所以請求撤銷其總督職務，依法按照誣告的法律和判例處枷刑。不過康熙覺得此人直接撤銷職務就好了，枷刑就免了。
因丁憂請假的布政使能泰、按察使鄂海等人在本案審理中不用心導致案件波折，應各降一級調任其他崗位。