前因
建文削藩：公元1398年8月，建文帝在親信大臣齊泰、黃子澄的協助下，開始謀劃廢黜各地藩王的行動。這直接引起燕王朱棣的起兵謀反，發起靖難之役。
公元1399年8月6日到1402年7月13日，燕王朱棣從北平（今北京）起兵，花費了將近三年時間，攻克了南京城，實現了歷史上唯一一次藩王造反成功的案例，史稱“靖難之役”。
靖難之役的導火索，是因為建文帝即位後採取削藩行動引起的。這個政策讓朱棣感到不安，此時的朱棣，因為鎮守在北平——明朝與蒙古的邊境線上，所以坐擁十萬精兵。
他知道，建文帝下一個削藩目標就是自己。
果然，建文帝密詔北平的幾位軍隊將領，偷偷包圍燕王府，逮捕燕王本人。但不料執行者中有一個叫張信的人，偷偷將訊息洩露給了朱棣。朱棣在謀士姚廣孝的支援下，決定舉兵謀反。
朱棣決定，先拿下燕王府外的這些殺手。朱棣將八百死士埋伏在府中，然後開門迎入皇帝派來的使臣。可一進門，使臣即被就地按住處決了。當晚，燕王軍隊攻下北平九門，算是控制住了北平城。
這時，身為燕王的朱棣還需要一個冠冕堂皇的理由，那就是朱元璋分封藩王時候定下的一條成文法：“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側
所以，“清君側，靖國難”就成為燕王軍的口號，同時也在輿論上佔了上風，隨即得到了代王以及臨城守將的起兵呼應。燕軍兵力幾日內就增加到了數萬人眾。
靖難初，建文帝派出老將耿炳文，率13萬中央軍出擊。耿炳文沒有料到，兵力佔弱勢的朱棣劍走偏鋒，率先夜襲雄縣。
雄縣失守之後，朱棣猜測鄚［mào］州軍隊會來馳援，便再次奇襲兵力虛空的鄚州。
攻下鄚州時，朱棣獲悉了中央軍主營西側薄弱的情報。這次，燕軍的輕騎徹底打亂了大軍陣腳，耿炳文敗走。
建文帝聽到耿炳文軍敗的訊息後，只好採納大臣黃子澄的建議，任曹國公之子李景隆為大將軍，臨時調換了主帥。
這個李景隆本來就是一個紈絝子弟，並沒有什麼領兵經驗，更何況還性格驕橫。李景隆到達山東德州之後，整合了耿炳文的潰散兵將，又調動全國各路軍馬，共計50萬，開始向河間的燕軍發起第二次北伐。
李景隆哪裡是常年征戰的朱棣的對手。朱棣為了引誘中央軍深入，命長子朱高熾留守北平，只守不戰，而自己則親率大軍出征。李景隆果然中了這招調虎離山之計。李景隆見朱棣不在老巢，就想趁機攻入北方腹地。可天寒地凍的北方環境困住了南方來計程車兵，李景隆又遇到了糧草不足的問題。
這時，為了擴充兵力，朱棣將眼光轉向了“帶甲八萬，革車六千”的寧王朱權。於是朱棣抄小路直趨寧王的封地大寧（今內蒙古寧城）城下，謊稱自己是來求救的。
起初寧王還有所懷疑，只放朱棣一人進了城。見面之後，朱棣哭訴自己起兵叛亂是逼不得已。同樣身為有實力的藩王，寧王非常理解建文帝削藩帶來的壓力，於是被四哥的誠懇所騙，放鬆了警惕。
可朱棣卻暗地裡派人賄賂寧城的守門軍官。於是，當寧王到郊外給四哥送行的時候，突然城外朱棣的伏兵四起，綁架了寧王；這時叛變的守軍開啟城門相迎。
就這樣，朱棣不費吹灰之力突襲了大寧城，更是收編了大寧的全部軍隊，包括寧王的精銳騎兵——朵顏三衛。經此之後，朱棣擴充兵力達12萬，具備了與中央軍抗衡的實力。
於是，兩軍先後在白溝河、濟南、東昌等地展開正面激戰。雖然過程中，朱棣也曾經歷東昌之戰的敗仗，身陷重圍，帥旗都被射爛了。但好在朱棣有一名高瞻遠矚的軍師姚廣孝。他建議朱棣，此時不應在意失敗，而是一鼓作氣突襲南京。
1401年冬，朱棣下定決心率兵直接南下，進逼南京。而守衛南京城金川門的李景隆望見來勢洶洶的燕軍，深知敗局已定，竟然直接開啟城門投降了。就這樣，燕軍攻入金陵，江山易主。
情急之下，建文帝在皇宮放了一把火，而本人也不知所蹤，此後建文帝的下落成為一大謎團。
建文帝的失敗很大一部分原因在於他對武將的疑心過重。建文朝唯一留下的老將耿炳文，雖然初次作戰失敗，但他後期採取堅壁清野的戰略是正確的。而建文帝卻臨陣換將，這才讓紙上談兵的李景隆白白斷送了50萬大軍。
後果
朱棣殺前朝大臣：靖難之役後，朱棣成功奪取帝位。就在他即位八天之後，向京師（今南京）百姓釋出公告，稱前朝奸臣“有罪者不敢赦免”，開始大肆誅殺建文帝的心腹大臣。
結論
靖難之役讓朱棣成功篡權稱帝，也從此改變了明朝開國以來分封藩王的政治格局，不僅改封邊塞王為內地，更逐漸解除了諸王的兵權，強化了集權統治。