話說明朝末年，自從楊嗣昌之後，總督、督師差不多都像肉包子打狗，打一個丟一個。只有丁啟睿還安全，可是他一次硬仗沒打過，一碰到流寇就土崩瓦解。對朝廷來說，有他沒他都一樣。
在這危急萬分的情況下，崇禎又想起孫傳庭，於是從死囚牢裡，把孫傳庭找了出來。
孫傳庭在入獄前，是同楊嗣昌爭得最厲害的大臣，崇禎最喜歡楊嗣昌，看孫傳庭自然格外不順眼。要不是稍微能打的大臣都死光了，他怎麼也拉不下面皮來啟用孫傳庭。
當年清兵入關，孫傳庭入援，楊嗣昌便舉孫為保定、河北、山東總督，以將剿賊功歸於熊文燦。孫傳庭極言不可，謂陝西寇氛未靖，自己一走，流寇會乘時而起，果然被他說中了。不過孫傳庭一直在囚牢中待著，對李自成如今勢力之大，一點都不知情。
楊嗣昌、傅宗龍、汪喬年先後敗沒，大明局勢江河日下，難以為繼。崇禎顧不得當初欲置傅宗龍、孫傳庭於死地的過結，先是把傅宗龍提了出來。傅宗龍在項城盡節而死，孫傳庭又成了崇禎的下一個目標。
皇帝在文華殿親自接見孫傳庭，詢問剿賊安民的策略。
孫傳庭遂將楊嗣昌計劃差謬，揀餉誤國的事情一樁樁細細道來，痛陳熊文燦安撫策略的不可行。
崇禎經過兩年的觀察，也看出了楊嗣昌執國時政策的重大失誤之處，想起當年孫傳庭奏疏中預言的一件件的變成現實，嗟嘆不已。不過他不是一個敢負責任的皇帝，楊嗣昌是自己違背所有廷臣的意見任用的，他不允許大臣們議論他的政策與用人之誤。
孫傳庭每每談到楊嗣昌嫉賢妒能，剛愎自用，崇禎便緘默無言，他知道孫傳庭說得都是對的，但他怕承認這些便是推翻自己以前的判斷，便有損於他英明聖主的形象。
崇禎借剿賊岔開了話題，問道：“若委派卿去剿賊，不知道需要多少人馬？”
孫傳庭在獄中關了三年，並不知曉當時流寇情形，以為李自成、張獻忠還是三年前的樣子，便奏道：“但得精兵5000，傳庭便可掃蕩群醜，平滅流寇！”
崇禎略略遲疑了一下，以前的督師要兵要糧，都是獅子大開口，多多益善，怎麼到了孫傳庭這裡，卻只要這麼一點人馬？他不放心，又訂正了一句：“5000精兵，可夠用嗎？”
孫傳庭耳聾之後，說話不自覺地大聲了許多，這時更是擲地有聲：“5000精兵足矣！”
崇禎大悅，立即命撥5000京營禁旅給他，並恢復他兵部侍郎的官銜，命令他到河南赴援。
孫傳庭走過了黃河，眼見“千里無雞鳴，白骨露於野”的敗壞景象，耳聞縉紳所云流賊百萬，往來自如的言語，這才意識到形勢的嚴峻。偶爾有一兩支李自成的編師往來，也都是部伍整肅，進退有度，遠非昔日烏合之狀可比，而且即使小股部隊，也都數以萬計，比三年前的大股義軍還要精練強盛。
孫傳庭不覺搖頭慨嘆：“不料三年之間，國事糜爛以至於此！楊嗣昌死尚誤我！”於是不等到開封，便上疏崇禎，詳述軍情，而且說：“非有兩萬精兵，糧餉百萬，不能平賊！”
崇禎接到上疏大怒，說道：“原議練兵5000即可平賊，何以忽然又要兩萬？而且百萬之餉，一時間如何能夠徵集齊備？！”於是命他趁流寇稍平，從速到陝西自行徵募。
孫傳庭赴陝，還有一個秘密使命，便是誅殺賀人龍。
賀人龍自楊嗣昌搞“平賊將軍”印的把戲，受了哄騙之後，再也沒有打過一次硬仗。
他先是入川追剿張獻忠時鼓譟而歸，致使猛如虎在開縣慘敗；後來又兩次從河南逃歸陝西，把傅宗龍、汪喬年交到李自成手裡。崇禎欲殺一儆百，威懾越來越驕橫跋扈的總兵們，左良玉、賀人龍首當其衝。
不過，左良玉偶爾抓住機會，還能打一兩個漂亮仗，而且他擅於籠絡降將。儘管參差不齊，他的手下部卒有30萬之眾，一旦處置失宜，這些人依舊變為流寇，也夠朝廷喝一壺的。
所以崇禎思量再三，決定拿賀人龍開刀；對左良玉則另行籠絡之策。
此時，賀人龍屯兵咸陽，心裡也是嘀嘀咕咕，怕皇上處分自己，小心在意，提防甚嚴。
孫傳庭也料不到當初自己得力的部將今天會變成這個樣子，還要為他討個人情。
在京之時，便對皇帝說道：“人龍乃秦中宿將，屢建大功，不免有恃功驕慢的作為。還請皇上赦其以往罪過，準其殺賊自贖。”
崇禎道：“止上流寇猖獗，官軍驕橫怠惰，若不將其驕悍之尤者明正典刑，何以儆戒將來，何以慰督師之心？”
孫傳庭見崇禎決心堅定，不敢再爭。出京之後，他又佯意上疏，懇請皇上寬恕其兩次出賣督師的過錯，以安定秦中諸將之心。
崇禎知道孫傳庭這次上疏，不過是為穩住賀人龍，勿使鼓譟生變，便疾言厲色申斥一番，又假意允其所請，所以崇禎與孫傳庭布好羅網要收拾賀人龍的事情。賀人龍毫不知曉。
孫傳庭到了西安，與陝西新任巡撫張爾忠密謀，佈置下陷阱，這才召集諸將畢會於西安，商討剿賊策略。
鄭嘉棟、畢成虎、賀人龍都領兵趕到。孫傳庭在巡撫衙門置酒，宴請諸將。酒席宴間，孫傳庭不動聲色，勉慰眾將以國難為重，戮力同心，忠君報國，安心剿賊。
眾人聽了，唯唯諾諾，說全憑孫大人指揮排程，我等莫不從命。
宴罷，眾將告退，孫傳庭送出。行至旗門，孫傳庭高聲喝令：“刀斧手，把賀人龍給我拿下！”
早有隱蔽多時的刀斧手衝出，沒等賀人龍明白是怎麼回事，就已經將他抓了起來。
賀人龍的酒醉忽然醒了，眼睛死死盯住孫傳庭，道：“孫大人，人龍隨你征戰多年，直以為你忠勇可信，才來拜會，誰知道你卻利用人龍的信任，陷害於我！”
孫傳庭也直視著賀人龍道：“賀總兵，非是傳庭無情，聖意如此，本督亦難作主。”
於是孫傳庭又命眾將回到衙中，自己升了上座，眾將在堂下兩旁侍立。又命將賀人龍帶到堂上，歷數其開縣鼓譟而歸，致使猛如虎孤軍失利，獻、曹得以猛虎出籠；遇敵先潰，連喪兩位督師等種種罪狀。說罷，孫傳庭站起來，高聲道：“聖上有旨，賀人龍接旨！”
眾人慌忙隨賀人龍一起跪在地上，只聽孫傳庭朗聲宣讀道：“查陝西援剿總兵賀人龍，兩喪督師，擁兵不救，辜負國恩，法難寬貸，著總督孫傳庭會同陝西撫按，即行傳旨正法，以昭戒。欽此！”
賀人龍謝恩已畢，抬起頭來，說道：“賀人龍為朝廷效命十幾年，卻落得這樣一個下場，還有什麼好說的！”
孫傳庭也心懷疑問，問道：“人龍隨我之時，也是一員猛將，為何三年之中，竟有如許變化？”
賀人龍心情儘管沮喪，豪橫之氣卻依然不減。
他酸澀冷悽地笑了笑，道：“大人曾為陝撫，知道陝西情形。陝西一省之中，從賊者十有其三，被徵而巢賊者十有其三，所遺皆老弱，飲食全無，死於道路者不計其數。士卒拋妻棄子，暴露於野，不過是為了早日蕩平賊寇，歸守田園。今人龍剿賊十幾年，而流賊愈剿愈強，愈殺愈眾，軍卒歸鄉無日，能不沮喪灰心？楊嗣昌治軍，方略失宜，排程不合，賀人龍尚且寒心，何況軍卒戰士。傅宗龍、汪喬年統疲怨之軍，迎數十萬虎狼之士，縱賀人龍不遇敵先潰，又安能制部下不潰亂？又安能保傅、汪二督師不敗？朝廷如此處置，又安能令賀人龍心服？”
孫傳庭聽了，想起自己沿途所見，不禁黯然。又想到這樣一員虎將，竟陰錯陽差地到了這個地步，也覺得萬分可惜。
無奈這是朝廷的特旨，實在無法迴護，只得與撫按及眾將叩首，請出上方寶劍，將賀人龍斬了了事。
殺了賀人龍之後，孫傳庭便一心一意訓練新軍。孫傳庭平生從沒有打過敗仗，原因就在於他選兵極精，練兵極嚴。他統率出征的將士，必定是既敢戰又能戰的精銳勇猛之師，無論形勢順逆，都勇猛拼殺，進退有度，這才常勝不衰，招之能戰，既戰必勝。
不過，這次崇禎可沒有給他從從容容練兵的機會。李自成第三次包圍了開封，河南戰事吃緊，崇禎降旨，加孫傳庭三邊總督銜，代汪喬年，催孫傳庭出關的檄文，像雪片一樣飛來，讓他心煩頭痛。
孫傳庭上疏，說陝西兵源枯竭，自己所募之兵都是些實在不堪作戰的隊伍，更需要長時間訓練不可。若倉促出戰，必敗無疑，士氣受挫，恢復更難。
無奈崇禎此刻正火燎眉毛，已經顧不得許多了，非讓他出戰不可。
崇禎十五年九月二十二日，孫傳庭硬著頭皮，親率主力出關。誰知道他剛剛出了潼關，就有訊息傳來，說開封已經完了。
崇禎的廷臣們議論朝廷所面臨的形勢時，總把李自成、張獻忠、羅汝才等稱為腹心之患，
而稱滿清的威脅為肩臂之疾。崇禎十五年，就在李自在接二連三地挫敗官軍的時候，大明朝的“肩臂之疾”也大發作了。