崇禎帝
1630年的三月十六日的下午，崇禎在乾清宮暖閣召見內閣輔臣等大臣，商議處理袁崇煥問題，然後又在平臺召見內閣、五府六部以及大明的所有調查機構，共同商議對袁崇煥的處決事宜。
以此可知，在處決袁崇煥時，崇禎頂著巨大壓力，甚至他想將殺掉袁崇煥這一責任推給所有大臣。崇禎對臣下們說：“袁崇煥託付不效，專恃欺隱，以市米則資盜，以謀款則斬帥，縱敵長驅，頓兵不戰，援兵四集盡行遣散，等兵臨城下時，又偷偷帶著喇嘛堅請入城，種種罪惡。”
被酷刑慘死的袁崇煥
崇禎氣勢洶洶歷數袁崇煥幾大罪狀後，以商量的口吻問道：“卿等已知之，今法司罪案云何？”在幾百名大臣都低頭不語後，崇禎正式宣佈對袁崇煥的最終處理決定：“依律磔之！”就是最酷的剮刑，將身上的肉一片片割下來，最終受刑者在極大痛苦下漸漸死去。至於袁崇煥家人，崇禎說：“依律，家屬十六歲以上處斬，十五歲以下給功臣家為奴。”末了，崇禎又環視一週問：“諸臣有沒有想說話的？”內閣輔臣趕忙說“其罪不宥”。於是崇禎下發刑部侍郎前往監刑的旨意後，又警告群說：“諸臣欺罔矇蔽，從沒收到你們任何舉報，從今後要洗心滌慮，從君國起見”，大小臣下連忙扣頭引罪《崇禎長編》，至此，大明王朝的最後長城被徹底推倒。其實此前，禎已經全面清掃反對誅殺袁崇煥的各種意見，這次開會無非是走一個程式。
袁崇煥早在明熹宗時，就因寧遠之戰後“十年積弱，一旦挫其狂鋒”。《明熹宗七年督察院實錄》後金努爾哈赤更是坦言，自出兵以來，除了袁崇煥之外，還沒人打得過他。
遼東邊圖
崇禎繼位後，非常渴望立時扭轉遼東戰局，在任命他為兵部尚書，右都御史督師薊遼兼督登萊天津軍務，把遼東軍事全權委託給他。並在七月的一天召見袁崇煥進一步討論遼東整體戰略方向。
崇禎急切問袁崇煥說：“女真跳梁，已有十年，封疆淪陷，遼民塗炭。卿萬里赴召，忠勇可嘉，所有平遼方略，可具實奏來！”袁崇煥直截了當的回答說：“
臣受皇上知遇之恩，召臣於萬里之外，倘皇上能給臣便宜行事之權，五年而遼東外患可平，整個遼東可收復。”
崇禎聽了非常高興說：“五年收復整個遼東，朕不會吝嗇一個封侯之賞，望卿努力。”當內閣輔臣們聽了“五年全遼可復”後無不對袁崇煥交口稱讚：崇煥肝膽識力實在不凡，真是一位奇男子！
兵科給事許譽卿當面向袁崇煥請教如何五年平定遼東時，沒想到袁崇煥竟然以“聊慰上意”迴應。在許譽卿提醒“到時如果按期責功，怎麼辦？”時，袁崇煥才意識到自己的海口誇大了，此後向崇禎提出各種要求，如武器裝備和物資糧草，崇禎一概予以支援。
袁崇煥畫像
深知袁崇煥在崇禎面前的“浪對”的兵科給事中許譽卿，在袁崇煥不斷新增多種要求後，對崇禎上疏說：“近來用人過濫，封疆大臣已不知法律，請皇上重申法律，明示邊臣，今後如敵軍入境不能截堵，攻城不能入保，應按律逮捕。”崇禎帝看後表示同意，為袁崇煥此後的悲劇埋下伏筆。
在此後的“乙巳之變”後，袁崇煥趕到河西務，與手下商量前往北京進行彈壓。副總兵周文鬱反對說：“大兵宜迎擊敵軍，不宜入都。”接著說出了許多切合實際的理由，由於佈防失措，袁崇煥一時打亂了先前佈局，什麼話也都聽不進去了，“君父有難，顧不了這些，倘能濟事雖死無憾。”《國榷》結果本來應該擋住後金人馬於蘄州到通州一線，展開決戰，卻最終弄成了“縱敵深入”，把戰火引導了北京城下，造成輿論一致譴責，當時還有民謠諷刺說“投了袁崇煥，東人跑一半”，並且最嚴重的是皇太極散佈謠言施行離間計，說袁崇煥與後金密約，故意引建州兵引入內地《國榷》。
袁崇煥並不知道自己已經走進皇太極的反間計中，但對於此前的“五年復遼”深感壓力，在接到崇禎召見的命令後，他已經做好被處理的準備，穿著青衣戴著小帽進宮。見到朝臣，他極力形容敵軍勢不可擋，希望由朝臣提出城下之盟，促使後金撤退。甚至說：“東人此來要做皇帝，已卜某日登極矣！”嚇得戶部尚書舌頭伸出久久不能縮回《烈皇小識》。
皇太極
崇禎深信其已投靠皇太極，故意做出殷勤的慰問樣子，還將自己的貂裘大衣脫下來給袁崇煥披上，並簡單閒聊幾句。但當袁崇煥提出將部隊引進德勝門修整時，崇禎毫不猶豫地拒絕了他的請求《國榷》。緊接著崇禎對京城安全進行布放，防止意外發生，在全部做好準備後，再次宣召袁崇煥。見到袁崇煥，崇禎突然變臉：“著錦衣拿擲殿下！”錦衣衛蜂擁而上，將袁崇煥朝服脫去，押解到西長安門外的錦衣衛大堂，著手進行審訊《明季北略》。
袁崇煥的心腹愛將祖大壽在旁目睹自己最敬仰的督帥被抓，大為驚愕，以至於嚇得渾身發抖《明史》。一旁的大學士成基命看到祖大壽的狀況，立即磕頭請崇禎慎重，並說：“敵在城下，非他時可比”。有的輔臣勸諫，對崇禎曉之以理：“臨敵換將，兵家所忌”，崇禎卻下了鐵心說“勢已至此，不得不然”《烈皇小識》。
此後，性格暴烈的崇禎朱由檢的弱點在關鍵時刻表露無疑，在得報城外防禦工事潦草時，把負責工程的工部尚書逮捕入獄，同時牽連數十名官員。崇禎的理由是：“目下與敵止隔一牆，宗廟社稷全靠這堵牆，這牆一倒，宗廟社稷都沒靠了，豈不可重要處。”《剖肝錄》光死在杖下的就有三位高官。
雖然袁崇煥給前方祖大壽寫信叫他要顧全大局為朝廷賣命，崇禎也一度說出“守遼非蠻子（袁崇煥）不可”的話後，可是在山東道御史等人的極力慫恿下，最終將其定性為“
大言五年成功，賣國欺君，秦檜莫過”。
終於又激怒了崇禎，於是下令將袁崇煥處死，從本質上來講，袁崇煥如不在崇禎面前誇下海口，以及不誅殺毛文龍，從瞭解崇禎性格多疑弱點上證明自己的忠心，或許歷史將不會被改寫。袁崇煥死後，他的兄弟妻妾被流放到福建，家財沒收，“崇煥無子，家亦無餘資，天下冤之。”並感嘆：“當初，袁崇煥妄殺毛文龍，最後崇禎又誤殺袁崇煥，自此邊事更無人可用，明亡的徵兆已經決定下來。”《明史》