明太祖朱元璋去世時，因長子朱標已先他亡故，而由皇太孫朱允炆繼位，這就是建文帝。其時，建文帝才二十一歲，其叔父朱棣為了得到王位，悍然發動戰爭，攻入南京，奪取帝位，成為永樂帝。
1402年6月，當朱棣所率之燕軍攻入南京的時候，皇宮中大火沖天，富麗的宮殿頃刻化為灰燼。燕軍衝入後宮，到處尋找建文帝，結果就是找不到，後來找出一具屍體，經檢驗卻是一具女屍，那麼建文是生是死呢？下落如何？便成為綿延幾百年的一樁歷史懸案。
燕王朱棣在奪得政權後，公佈了建文帝的下落，說他已自焚而死。《永樂實錄》也有如下記載：
“南京城陷，闔館自焚。上（指朱棣）座見宮中煙起、急遣中使往救，至已不久。中使出其屍於火中”，“壬申，禮葬建文君，遣官至祭”，“輟朝三日”。
“南京城陷，闔館自焚。上（指朱棣）座見宮中煙起、急遣中使往救，至已不久。中使出其屍於火中”，“壬申，禮葬建文君，遣官至祭”，“輟朝三日”。
不過，此處記載疑點頗多。朱棣即位實屬名不正言不順。
但他大肆屠殺建文諸臣，焚燬史書，在這種恐怖氣氛下誰敢秉筆直書靖難之役？從史料看，中使也不可能在焦屍中一下子就認出建文帝來，更無驗明其正身的記載。而且至今未發現由明政府建造的建文帝陵墓，禮葬從何說起？
另據《神宗實錄》載，明神宗在文華殿講讀時，曾問他的輔臣
“聞建文帝逃免，果否？”
“聞建文帝逃免，果否？”
可見， 明朝統治者對此也是存疑的。看來，自焚說只不過是朱棣為自己篡權弒君開脫罷了。
與《永樂實錄》的記載不同，許多野史如《明朝小史》、《今言》等均說建文帝在東京被圍時裝扮成僧人逃走了。傳說京城被圍，建文帝心急如焚，想要自殺，這時一少監呈上一鐵匣，說太祖朱元璋臨終前留下讓建文帝遇難時藉以避難，開啟一看，裡面是剃刀，鞋帽、袈裟和一張度牒（出家人的憑據），另有一字條：
“應文（允炊〉從鬼門出，餘從水關御溝而行，會於神樂觀之西房。”
“應文（允炊〉從鬼門出，餘從水關御溝而行，會於神樂觀之西房。”
建文帝趕緊化裝打扮，從鬼門逃走了。
不少人進一步據此此認為，1405年明成祖派鄭和下西洋的一個重要目的就足尋找建文帝，明成祖派人尋訪仙人張三丰，實際上也是為尋找建文帝，並認為建文帝的主錄僧溥洽被關押十餘年是因為他知道建文帝的出亡情況。
不過，也有不少史家不同意上述看法。
明人萬斯同就？認為“紫禁城無水關，無可出之理”。當時，燕軍把京城包圍得水洩不通，建文帝多次派人秘密出圍求救，均未成功，建文帝即使逃出了京城，也不可能逃出燕軍的重圍。
另外，朱棣佔領南京，只擁有全國三分之一的土地，大部分國土還在建文帝統治下，如果他真能逃出，為何不召集人馬平叛呢？何況他並非平庸之輩，怎會甘心自己的失敗，退出政治舞臺而削髮為僧呢？可嘆！朱元璋如果在天有靈，會不會後悔把皇位傳給朱允炆呢？