唐太宗於貞觀十七年（公元643年）開始圖畫凌煙閣，當時秦瓊已經去世五年。如果李世民不待見秦瓊的話，秦瓊可能連上凌煙閣的機會都沒有。可見，雖然事隔多年，但李世民一直惦念著秦瓊。要知道，大唐凌煙閣代表的是一種無上榮耀，無數人盡其一生都無法得到。所以說，只有二十四個位置的閣樓留有秦瓊的一席之地，實屬不易。
而之所以有李世民不待見秦瓊的質疑，其實是秦瓊沒有達到人們的心理預期，而產生了一種失落感罷了。遙想秦瓊當年金戈鐵馬、氣吞萬里如虎，何等的英雄威武，但是在貞觀年間卻默默無聞，與之前的狀態相比，簡直判若兩人。於是就有人覺得是受到了李世民的冷落。其實真正的原因只有兩點：
一是秦瓊有意的選擇功成身退，不想被鳥盡弓藏。舉個栗子，尉遲敬德曾居功自傲，大鬧慶功宴，拳打李道宗，最後李世民繪聲繪色的講起了劉邦的故事，嚇得尉遲敬德乖乖的去煉了丹，直到貞觀十九年李世民征討高句麗的時候，才把尉遲敬德叫出來當了一名“啦啦隊”隊長。因此，這是一種人生智慧，秦瓊不會像尉遲敬德那樣，只等到李世民厭煩自己的那一天而自討沒趣。
二是健康出了問題，正好給了秦瓊安享晚年的理由。秦瓊早在隋煬帝時期就追隨來護兒、張須陀、裴仁基等將領不斷的征戰農民起義，後來投靠李世民後，更是一馬當先、縱橫馳騁，為唐朝立下赫赫戰功。所以秦瓊一生經歷無數次廝殺，落下滿身的傷痛，健康早就亮起了紅燈，從某種程度上講，選擇平淡也是一種無奈的選擇。
有一種說法，認為凌煙閣排名順序不是按功勞大小為標準。其實這種說法並不正確，因為從古至今，只要是涉及到名次問題，其中定有一些玄機。道理很簡單，如果凌煙閣功臣排名真是隨意性產生的結果，那麼列在首位的為什麼是長孫無忌呢？很顯然，除長孫無忌功勞不容置疑外，李世民還是有意偏袒了這位大兄哥。所以，在李世民心中的份量、以及建立的功勳，才是決定了凌煙閣排名的關鍵。
李世民把入選凌煙閣的功臣分為四類：一、建國功臣，包括晉陽起兵的一類；二、學識淵博，德才兼備的一類；三、最初效力於秦王府，玄武門之變起到至關重要的一類；四、貞觀年間繼續為唐朝開疆拓土的一類。因此，只有符合其中一條或幾條標準的人，才有進入凌煙閣的資格。
那麼，為什麼尉遲敬德排第七，秦瓊排最後呢？原因有兩點：
一、慰遲敬德的功勞要大於秦瓊
尉遲敬德最早是割據勢力劉武周的部將，之後投靠李世民。秦瓊從隋將到瓦崗軍再到王世充，最終也是投靠唐朝。之後二人都在唐朝的統一戰爭中立下不世之功，因此二人的經歷、功勞相差不多。但是在玄武門之變當中，尉遲敬德要比秦瓊要出色許多，而且毫不誇張地說可以把尉遲敬德列為玄武門第一功臣。反觀秦瓊，甚至還有人質疑他到底有沒有參加玄武門之變。事實上秦瓊不可能缺席，只不過是沒有衝在最前面，也有可能只是一個把風的角色。所以，正是由於秦瓊在玄武之變中並不突出的表現，才是他排在尉遲敬德之後的一個主要原因。
二、秦瓊早於尉遲敬德去世
除玄武門之變中立下的功勞比不過尉遲敬德外，秦瓊另一個在凌煙閣排名落後於尉遲敬德的原因就是去世的早。秦瓊於貞觀十二年（公元638年）去世，而尉遲敬德活到了公元658年，整整比秦瓊晚於20年去世。李世民圖畫凌煙閣是在公元643年，所以自然會顧及生者的面子，同時已經逝去的人只能排在後面，這樣也是人之常情，合情合理。