明廷師團在王府對朱厚熜行人臣之禮，隨後同使團一起前往北京正式繼位。
朱厚熜後來在中國歷史上被稱為“英斷之主”，是一個極其有心計的權謀家，此時還未成年的朱厚熜便已經開始用自己的有利條件為自己爭取權益。在朱厚熜及使團到達北京城外的良鄉時，雙方發生了第一輪衝突。
根據楊廷和的安排，要禮部用太子的禮儀迎接朱厚熜，即由東華門入，居文華殿。但朱厚熜並不接受這種方案，他對其右長史袁宗皋說：“遺詔以我嗣皇帝位，非皇子也。” 意思是我是來做皇帝的，不是來當皇子的，言下之意，就是自己必須要以皇帝禮儀進入京城。
雙方各有說法，互不妥協，但是國不可一日無君，拖下去也不是辦法。最後由皇太后令群臣上箋勸進，朱厚熜在郊外受箋，從大明門入，隨即在奉天殿即位。
他拒絕了內閣為其擬定的“弘治”等年號，次年改元為“嘉靖”。但朱厚熜為整個明代政局帶來的動盪還遠沒有結束，之後朱厚熜出於許多目的圍繞皇統問題與朝臣展開了若干回合的鬥爭
前後持續了近二十年，這一系列的事件與世宗繼統問題並稱為“大禮議”，這在明代政治史上產生了深遠的影響。
由於朱厚熜一心修道，內閣首輔嚴嵩得以肆意妄為。在嚴嵩專權的二十年間，國家日益腐敗，逐漸衰落。二十年勵精圖治打造的中興盛世，幾乎毀於一旦。
嘉靖四十一年，嚴嵩失寵，徐階繼任內閣首輔。徐階上任後，致力於革除弊政，提拔了一大批人才。在徐階的苦心經營下，國家才又開始走上正軌。
由於長期服用含有砒霜、水銀、雄黃、硃砂的丹藥，朱厚熜身體每況愈下，終於在嘉靖四十五年（公元1567年）病逝，享年60歲。
朱厚熜在位45年，前二十年勵精圖治，再造盛世。後期卻迷通道教，任由嚴嵩專權敗國。因此，不少人對他的評價不是很好。
但不可否認的是，儘管朱厚熜專心修煉，卻依然親自批閱奏摺，牢牢掌控國家大權。尤其在對抗外敵等大事上，從不含糊。
倘若朱厚熜能夠從一而終，延續前二十年的勵精圖治，銳意進取，大明帝國或許能夠重新走上巔峰。