說明朝的窮，第一個致命問題就是稅收。明王朝稅收裡有一個重要漏洞，就是士紳以及公爵王室可以免稅。也就是說，整個國家的稅收，都是由中下層來完成。這個政策後來越發被人鑽空子，比如土地稅，許多地主都把田地寄放在有免稅特權的地主家中，美其名日為“寄主”，以用來逃避賦稅。
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而後來明朝土地兼併嚴重，大量地主階層兼併土地，他們擁有廣闊的土地卻不用繳稅，無地的農民，反而要承擔苛刻的稅賦，因此民變也就不斷。到了明朝“弘治中興”的時候，明王朝可以用來收取農業稅的土地，已經由朱元璋時期的800多萬頃下降到此時的400多萬頃，整整縮小了一半。
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明朝經濟的重新整合，開始於張居正之前的隆慶皇帝朱載垕在位時期，當時主政的大學士高拱，已經開始在全國進行《一條鞭法》的試點，河南、江蘇、安徽，首實行《一條鞭法》，幾年之後張居正推廣全國，已經是水到渠成。在《一條鞭法》之前，中國老百姓繳納的主要是實物稅，《一條鞭法》實行後，就變成了貨幣稅，從經濟方面來說，這不僅發展了國家的商品經濟，也提高了貨幣流通效率。
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在《一條鞭法》實行的同時，張居正大刀闊斧，開始了全國的清丈土地，主要是清查那些用各種名義寄存、偷稅漏稅的土地。清丈的結果，就是明王朝可用來徵收賦稅的土地，由過去的400多萬頃，變成了此時的700多萬頃。雖然不及朱元璋時期，但是稅收效率卻遠高於那時，因此這也是明王朝稅收效率和稅收總數最高的一段時期。
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張居正改革的最高峰時代，明王朝的年稅收是800萬兩，如果結合當時白銀的購買力，不但遠高於明王朝建國時，也遠高於清王朝康乾盛世時，這可以說是中國封建王朝歷史上稅收最高的時候。但是張居正的改革，在1582年他去世後遭到了廢止。萬曆在位的後期由於大批東南商人背景的官員當職，開始了對商稅的調整，將主要的商稅，分攤到了中小商人身上，大商人們透過與勢豪大戶的合股經營，獲得了免稅的特權。
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萬曆後期商業勃興，萬曆也希望增加商業稅，但他採取的是簡單粗暴的辦法，即派太監做“稅使”收稅。這樣的做法自然收上了錢，卻讓大批中小商人破產，更開罪於商人，因此舉國反對，除了太監以及萬曆本人撈了錢外，幾乎是得罪一大片，對商品經濟的打擊也是慘重的。
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到了明朝末年，特別是崇禎時期財政之所以困難，主要是因為兩個原因。第一是土地兼併以及連續的天災，導致國家無法收上農業稅。明末極端天氣四起，陝西、山西河南、河北，瘟疫災害不斷，百姓流離失所，他們的稅收，也被轉嫁到了其他無災的地區。到了崇禎當政時，國家可以用來收取稅賦的土地，已經下降到了300多萬頃，內憂外患下要增加賦稅，自然激得民亂四起，惡性迴圈。天災，收稅範圍少；稅重，王朝的根基，自然就搖搖欲墜了。
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和土地兼併同樣重要的問題，是明王朝失去了對國家最富庶的東南地區的經濟控制。明末東南，是商品經濟最發達的地區，也是偷稅漏稅最嚴重的地區。東南海商雲集，但此時的海商們，大多選擇了與當地有免稅特權的家族合夥，，以達到免稅的目的，這樣的結果就是民富國窮，農民和中小商人成為了稅收的承擔者。
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百姓無力繳納稅賦破產後，土地被大地主兼併，國家收不上稅；中小商人破產後，產業被大商人兼併，國家的稅，是越收稅源越少，，竭澤了卻連魚都打不到。比如福建鄭芝龍，就透過結好當官員，獲得免稅特權，最後迅速壯大，甚至操控了南明的政權。其實往根上說，明朝的問題，根本上在於國家政治體系和經濟方向的脫節。
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在國民經濟向近代化轉變的時候，國家的稅收體系，卻依然保持在農業社會。明朝張居正改革，其主要目的就是讓國家跟上這個轉型，但可惜張居正改革只維持了10年，整個轉型因此戛然而止，裹足不前，最後造成了亡國的惡果。世間已無張居正，誠非虛言。