順治十八年正月初六，身體健康，年紀輕輕的順治皇帝突然離開了人世，年僅24歲。但是順治帝從來沒有生病的記載，清史也對順治帝的死因隻字不提，民間更有說法曾在五臺山上見過順治帝，真相到底是什麼？
首先順治帝的遺詔十分可疑。在他去世的前一天，他召來了一眾大臣到養心殿面諭遺詔。遺詔中，順治帝羅列了自己的十四條罪狀，比如無法盡孝、與親友關係冷淡等等，十分自責。這種語氣很不符合一個將要離世的人的心情。自責的內容多是太后對順治帝不滿的地方，因此有人懷疑是太后寫的遺詔。
關於順治帝出家的說法是怎麼回事呢？清朝皇帝十分推崇佛教，順治帝14歲認識了一個法師，兩人在洞中相遇，交談甚歡。順治帝還給自己選擇了“行痴”的法名，法號“痴道人”。他與高僧的談話中多次說到自己有遁入空門的想法，從小卷入宮廷鬥爭，讓順治帝十分疲憊。
順治帝的董鄂妃的去世，給了他心理上致命的一擊。順治帝每天為她守靈，大哭大鬧，尋死覓活，還破例封董鄂妃為皇后，將承乾宮的太監宮女全部賜死為貴妃殉葬。之後的順治帝無心朝政，兩個月內拜訪了38次高僧。《北遊集》《續指月錄》等書中記載：
1660年十月中旬，順治帝身披袈裟，捨棄皇位，百官進諫，高僧阻攔，才回心轉意，放棄了這一打算。雖然沒有在正史中記載，但高僧的普遍記敘也有一定的真實性。《起居注》記載，康熙繼位後，皇太后多次帶他上五臺山禮佛，實際上是去探望順治帝。
另一種說法則是順治帝死於天花。歷史學者研究調查發現，在順治時期的禮部侍郎翰林院掌院學士王熙撰寫的《年譜》對順治帝死亡的幾天有詳細的記載。“朕患痘勢將不起，爾可詳聽朕言，速撰詔書。”年譜中記載了順治帝的這樣一句話。歷史學家認為，之所以清史對順治帝死因含糊其辭，是因為當時天花肆虐，人人恐慌，為了安定民心，才秘而不宣。
即使遺詔十分可疑，但在順治帝神志模糊的情況下，由太后授意讓大臣撰寫，也是情有可原。《清聖祖實錄》裡也有記載：順治帝的棺材在1661年二月初二才被移到景山壽皇殿。四月十七日，康熙舉行了祭祀禮儀，將順治帝神位奉入乾清宮。二十一日，舉行了“奉安寶宮禮”寶宮就是骨灰盒。可見順治帝確實死於天花。
但是兩種說法都各有漏洞，各有合理之處，至今並沒有準確的定論，仍需要更多資料佐證。