西班牙殖民者在美洲的征服活動，特別是對印第安人的超經濟剝削和強制基督教化，讓許多教會內的有識之士痛心疾首，他們多方上書，要求糾正這種不公正的現象，引發了一場西班牙宗教學術界關於歐洲殖民者與新世界土著人之間關係的道德和神學大辯論。
薩拉曼卡大學出身的多明我會修士巴託洛梅·德·拉斯-卡薩斯（《西印度毀滅述略》的作者）多年來一直致力於反對強制皈依，並揭露殖民者委任監護下的土著人悲慘境遇。在他的影響下，1537年教宗保羅三世頒佈《崇高的神（Sublimis Deus）》通諭，確立了印第安人作為理性人的地位，宣佈他們有自由和財產權，也有接受基督教的權利，應以和平方式向他們宣講。拉斯-卡薩斯還對1542年查理五世皇帝頒佈《新法和條例發揮了重要作用，該法旨在結束美洲殖民者們對印第安人進行殘酷經濟剝削的委任監護制度。
在拉斯-卡薩斯和其他人的推動下，1550年，查理五世下令停止西班牙人在美洲的進一步軍事擴張，直到對上述問題做出最終裁決。皇帝召集了一個由知名學者和神學家組成的顧問團，聽取雙方意見。這場辯論在巴利亞多利德大學的聖格雷戈里奧學院舉行，是歐洲歷史上第一次關於歐洲殖民者對土著人民的權利和待遇的道德辯論，辯論的焦點主要圍繞在新大陸居民的自然權利、對印第安人發動戰爭的正當性以及征服的合法性。辯證的主要參與者是拉斯-卡薩斯和胡安·吉內斯·德·塞普爾韋達，教宗代表薩爾瓦多·隆切裡樞機主教主持了辯論。其他與會者還包括多明戈·德·索托、巴託洛梅·德·卡蘭薩（費利佩二世的老師）和梅爾喬·卡諾，佩德羅·德拉·加斯卡（中途退出，去義大利參加特倫託大公會議）。他們都是多明我會修士，這並不是巧合，在耶穌會興起以前，西班牙大學的教席和學院主要就掌握在多明我會手中。
拉斯-卡薩斯認為，儘管有人祭和其他野蠻習俗，但美洲印第安人是自然秩序中的自由人，法律地位不應比歐洲殖民者低下，沒有理由受到他們的征服和嚴酷管制。他的立場得到了君主集權派的支援，因為這符合君主想約束美洲殖民領主權力的意圖。反對的聲音主要來自以塞普爾維達為首的人文主義學者，他們認為，以無辜者為祭品、吃人習俗以及其他此類 “反自然的罪行 ”是不可接受的，應該透過包括戰爭在內的任何可能的手段加以制止，他的觀點獲得了從該制度中受益的殖民者和地主們的支援。
塞普爾維達的觀點主要基於亞里士多德和人文主義傳統，聲稱某些印第安人的野蠻傳統是對他們發動戰爭的理由。塞普爾維達認為，文明人有義務懲罰偶像崇拜、雞-奸和食人等惡習。必須發動戰爭，“以根除冒犯自然的罪行”。塞普爾維達為對印第安人發動戰爭的正義性提出了四個主要理由。首先，印第安人的自然、歷史條件導致他們分崩離析，無法統治自己，西班牙人有責任充當主人，第二，西班牙人有權防止人吃人，因為這是一種違反自然的罪行。第三，人祭的情況也是如此。第四，讓印第安人皈依基督教對他們自己對西班牙人都很重要。他承認印第安人在本質上並不邪惡，但使他們變態的是他們的文化、環境，因此他說，文明徵服 “野蠻 ”，促使他們進化，從根本上具有道德內涵。需要注意的是，塞普爾維達為政治統治辯護，但反對奴隸制和剝奪財產。他說：“我不是說這些野蠻人應該被剝奪他們的財產和物品，也不是說他們應該被降為奴隸，而是說他們應該接受基督徒的統治。”但是，由於不可避免的庸俗理解，兩者被混淆，使他在輿論上成為奴隸制的支持者。
拉斯-卡薩斯在亞里士多德學說的造詣毫不遜色，他透過展示印第安人的文明證明了他們的理性：阿茲特克人的高超建築足以證明塞普爾維達把他們與蜜蜂相提並論是不對的。美洲印第安人的習俗也並不比舊世界的其他文明或西班牙的歷史中發現的更殘酷。不能因為彼此身處不同的文明階段，就讓西班牙人的征服獲得天然正義性。傳播基督教福音也不是西班牙人的義務，而是印第安人的權利。拉斯-卡薩斯指出，根據國際法，每個人都有義務防止無辜者受到不公正的對待。他還引用了聖奧古斯丁和金口約翰，他們都反對使用武力來使他人信奉基督教。
雖然雙方都聲稱贏得了辯論，但沒有明確的記錄支援任何一種結論。拉斯-卡薩斯所期待的西班牙人殖民步伐的停止並沒有發生，征服者如佩德羅·德·巴爾迪維亞等，在1550年代前半期繼續在智利發動戰爭。1556年，西班牙人再次被允許擴大在新世界的領土，十年後，西班牙開始征服亞洲的菲律賓。相對的，塞普爾維達也沒有看到《新法》中對殖民領主權力的限制被推翻。
儘管沒有完全扭轉局面，但拉斯-卡薩斯等人的努力在改善印第安人境遇方面取得了相當大的進展，並鞏固了早期法律賦予他們的權利。用教會主導的傳教區制度取代原來的委任監護制也是一項很大的突破：征服的速度被放慢了，並以這樣一種方式加以規範，即在理論上，只有宗教人士才被允許向處女地進軍。一旦他們與原住民就定居的基礎達成一致，軍隊才能隨後進駐，然後再是平民。菲利佩二世1573年頒佈的條例甚至禁止進一步的征服。在一個殖民帝國的概念中，這種顧慮在從歷史上看，是多麼的不同尋常。
“唐·菲利佩，etc。致我們大洋彼岸的印度總督和各級官員，以及以任何方式涉及他們的所有其他人……在（西）印度，人們對土地和財產的認識越來越深刻，他們對上帝和我們的服務以及自然人的福祉的認識也越來越深刻，因此，我們有義務制定以下命令……海上或陸地的發現者不得以任何方式參與戰爭或征服，或幫助一個印第安人對付另一個印第安人，也不得以任何理由或原因與陸地上的人爭執或戰鬥，不得對他們造成任何傷害或損害，也不得違揹他們的意願拿走自己的任何東西，除非是為了贖買或出於自願……”
由於英語世界在現代的強勢，以及“黑色傳奇”廣泛而惡劣的影響，西班牙被深刻的妖魔化，對世界歷史的貢獻被嚴重低估了，巴利亞多利德大辯論就是其中一例。國際法的鼻祖是薩拉曼卡學派的中流砥柱，西班牙多明我會士，弗朗西斯科·德·維多利亞，教科書上的荷蘭的格勞秀斯，是繼承和發展了維多利亞的學說。而參與巴利亞多利德大辯論的拉斯·卡薩斯、索托、卡蘭薩等人也都是維多利亞的同門和學生，以正義為最高原則的他們甚至不承認亞歷山大六世的劃界通諭，認為羅馬教宗無權幫西班牙瓜分世界，所以在國內引起很大爭議。可以毫不誇張的說，這場辯論背後的學術脈絡，孕育了現代國際法。更重要的是，大辯論反映了16世紀的西班牙對道德和正義的關注，這種關注在幾個世紀後才會在其他歐洲殖民國家出現。