村頭，老馬和孫子輪流賣力地挖著坑，不一會平地變成了深坑，老馬坐到坑底招呼孫子：來，把爺爺埋了。兩個孩子並不瞭解這個行為的後果，外孫女苗苗說：爺爺我們回家吃飯吧。老馬拿出冰糖給了孫子和外孫女，然後自己嘴裡含了一顆，平靜的等待著塵土將自己掩埋。
老馬70歲了，是村裡有名的木匠，和搭檔老曹開了個棺材鋪，老人一手絕活是在棺材上面畫仙鶴，在他看來，仙鶴能承載離去人的靈魂，軀體入土為安，靈魂駕鶴仙去。
老曹料到自己將要離去，兩位老人精心為自己準備好了官材，誰曾想國家下了火葬的規定，各村逐漸執行，來打棺材得越來越少，老馬憂心忡忡，生怕自己要走的時候沒有辦法入土為安，化成一縷輕煙，隨風飄散。
這個執念讓他夜不能寐，看到寥寥升起的炊煙，老馬指使孫子爬上屋頂用草將煙筒堵住。中秋節，女兒翠花來接老馬去過節，來到村頭在一群聊天的老人中看到自己抽菸的老爸，一開口就是：咋還在抽菸呢。
來到女兒家，看到外孫女苗苗很是高興，他陪苗苗玩耍，教苗苗畫仙鶴，苗苗說自己看過這種鳥，帶著老馬來到了水塘前，原來那不是仙鶴而是一種水鳥。
老馬和苗苗聊到了S亡這個話題，問苗苗你們村裡的人S了都怎麼辦的，苗苗說還是土葬，並帶老馬到野外，看著一個個土包，老馬心裡的擔心放下了，他拿起樹枝畫了一個大大的圓，彷彿預訂了一般，打算在女兒家住下。
女兒覺察到了老父親的異常，跟哥哥通了電話就把老馬送回家了，在農村，父親在女兒家過世，兒子是要受到非議的，老馬的希望又落空了。
回到家老馬就得到一個讓他沉重的訊息：他的老搭檔老曹走了，家裡人悄悄地將老曹埋在了自己的玉米地裡，老馬來到老曹的分頭，傷痛之餘又有點羨慕，老曹終於入土可以安心走了。
好景不長，老曹的事被人傳了出去，村長帶著人來挖墳，老曹的家人百般阻攔，村裡人也跟著說情，也許是為了殺雞駭猴，最終也沒能阻攔住，老馬遠遠的看著老曹被挖出來拉走了，心裡更加添堵，回去看著煙囪的寥寥輕煙，自己爬上屋頂堵住了煙囪。
從那以後老馬神情恍惚，常常坐在村頭的大樹下發呆，跟女兒說自己看到了仙鶴，子女們都不相信，覺得老馬老眼昏花將水鳥看成了仙鶴，但老馬對仙鶴的執念越來越深，堅信水塘有仙鶴，村民割蘆葦他要阻止，村民抓鴨子他也呵斥，蘆葦還是被割了，變成了魚塘，大家都說他畫了一輩子仙鶴走火入魔了。
老馬沒有人可以傾訴，想到自己百年以後不能入土為安，不禁老淚縱橫，孫子和外孫女見狀，上來陪爺爺說話，老馬說自己以後會變成一縷輕煙，孫子為老馬擦著眼淚安慰：乖，人死是不會變成煙的。
孫子還給老馬出了一個餿主意：你可以躲起來呀，讓他們找不到你。無心的話卻讓老馬眼前一亮，萌生了那個想法。爺孫倆立刻實施，輪流開始挖坑，最終實現了自己入土為安的想法。只是這讓自己的孫子和孫女，長大以後該如何面對自己當年的行為呢？
影片改編於蘇童的同名短篇小說《告訴他們，我乘黃鶴去了》，改編沒有失去原味反而更加出彩，以仙鶴貫穿始終，描繪了老思想和新觀念的衝突，土葬和火葬的真實博弈，然而影片色調明麗，藍藍的天、綠色的水田、大片綠色的水田，伴隨著甘肅的方言，全素人演員的本色演出，老人和孩子詼諧而純真的對話，沖淡了全片哀傷的基調。
結局到地如何，影片的開放式留給觀眾去想象，象徵美好吉祥的仙鶴到底有沒有來，對我們也許並不重要，但對於老馬卻是代表了對傳統的堅持，對土地無限的眷戀。
生前，人不能照自己的心願活著，已經是一種悲哀，離開這個世界，卻依然不能隨心所欲地選擇走的方式，這是一種更大的悲哀。