慈禧死後，李蓮英又活了三年，在這三年裡沒了主子的他處境特別艱難，但李蓮英不是蠢人，他早料到會有這麼一天，所以幾十年前就給自己留了後手。為老佛爺守靈一百天回宮後，李蓮英就把過去歷年慈禧賞給自己的珍寶交給了隆裕太后。上交時他說：這是皇家的東西，不應該流入到民間，奴才我小心謹慎地替皇家儲存了幾十年。現在年老體衰，乞求離開宮廷，所有這些寶物，奉還給主子。
另外，據《老太監回憶錄》中記載，李蓮英還把他收藏在宮裡的80萬金條，按親疏關係分給了親信和親屬，這就是典型的“舍財保命”。然後，李蓮英離開了他生活了52年的皇宮，回家養老去了。
《李氏族譜》中記載：“百日孝滿，出宮養老。”李蓮英離宮後就不再出頭露面了，他不再和社會上的任何人有任何來往，連最親近的徒弟們也不知道他的下落，他就這樣悄無聲息地“失蹤了”。
根據後來的學者考證，李蓮英出宮後只換過兩處住所：一處是在中南海西苑門外的北夾道，還有一處就是西城棉花衚衕83號。由於沒有詳細記載，我們無法得知這位在大清朝末年呼風喚雨的老人，在最後的三年裡過著什麼樣的日子。
但是相比於前任安德海，李蓮英的晚年真的已經很完美了。宣統三年，也就是李蓮英離宮的第三年，他在一個連續陰天的正月裡突然離世，終年63歲。關於李蓮英的死因一直是眾說紛紜。他的家人對此更是閉口不談，諱莫如深。
1966年，李蓮英的墓被開啟，裡面只有頭骨沒有身體，更加驗證了他不是正常死亡的猜測，但時至今日，專家們也沒有找到李蓮英的真正死因。只能說，嘔心瀝血經營多年的李蓮英，依舊沒有逃脫死於非命的命運，可悲可嘆！