三元”一詞，其源於古，《晉書·符堅載記下》“上元從人皇起，至中元，窮於下元，天地一變，盡三元而止。”《唐方典·卷四》“道教有三元，正月十五日為上元，七月十五日為中元，十月十五日為下元。”道土也有三元齋，正月十五為上元天官齋，七月十五為中元地官齋，十月十五為下元水官齋。”
術數家的三元，以三個六十甲子為三元，第一個六十子為上元，第二個六十甲子為中元，第三個六十甲子為下元。第四個六十甲子又為上元，週而復始，以一百八十甲子為三元。
五代徐子平所創《四柱算命術》，其中有“三元合婚”。《宋史·藝文志》載有許多的術數書圖，其中也有《五音三元宅經》一卷，原書無法找到，顧名思義是以姓音配三元六十甲子論吉凶。
明末蔣大鴻（1620—？），名珂，字平階，號宗陽子，雲陽子，杜陵（今西安東南杜縣）狂客。創“三元九運大玄空”地理術。清·沈竹礽（1898—？）繼之。至民國二十一年，沈氏之嗣瓞民先生，述餘姚（今浙江紹興）王則先棠編成今日之《沈氏玄空學》。
所謂三元九運，是把上中下的三元甲子，分為九個運程，上元甲子為一二三運，中元甲子為四五六運，下元甲子為七八九運，每個運程二十年，三元九運共為一百八十年。第一個上元甲子從明·弘治十七年，即公元1504甲子年起逄：
第一個上元，自明弘治十七年至明嘉慶四十三年
（1504—1563）
中元，自嘉慶四十四年至天啟三年
（1564—1623）
下元，自天啟四年至清·庚熙二十二年
（1624—1683）
第二個上元，自清康熙二十三年至乾隆八年
（1684—1743）
中元，自乾隆九年至嘉慶八年
（1744—1803）
下元，自乾隆九年至同治二年
（1804—1863）
第三個上元，自同治三年至民國二十二年
（1864—1923）
中元，自民國二十三年至共和1983年）
（1924—1983）
下元，自1984年—2043年。
九運：
上元一運，自甲子年至癸未
二運，自甲申年至癸卯
三運，自甲辰年至癸亥
中元四運，自甲子年至癸未
五運，自甲申年至癸卯
六運，自甲辰年至癸亥
下元七運，自甲子年至癸未
八運，自甲申年至癸卯
九運，自甲辰年至癸亥
簡化為，一四七運，自甲子至癸未，
二五八運，自甲申至癸卯，
三六九運，自甲辰至癸亥。
三元創立時期是土圭時期，故其甲子應起於天盤壬中
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