康熙皇帝是一個思想包容度極高的人，雖然他本人是堅定的儒家思想支持者，但是對於佛教、道教以及西方傳入的天主教，他並不反對。因此在有清一代，康熙朝的思想文化發展比較開放，雖然也有過冤案案件，但是和雍正、乾隆二朝相比，康熙皇帝對臣民思想的控制力度要小得多。
而且，和雍正皇帝信佛崇道、乾隆皇帝保守迷信相比，康熙皇帝更相信科學，他可以算是有史以來，個人綜合知識水平最高的一位皇帝，包括數學、天文、科技、火器、曆法、醫學等方面在內，他幾乎都有涉獵，部分領域可以達到精通的階段。
按理說，這樣一位博學多才、講科學的皇帝，應該對鬼神之術不屑一顧。但是在歷史上，康熙皇帝並不是完全不信鬼神，他甚至試圖透過這種迷信的方法來改變戰爭走向，這件事還要從一樁康熙朝疑案說起。
康熙二十一年（1682年）2月5日，康熙皇帝正在乾清門聽政，大臣們突然捧著奏摺，齊刷刷跪倒在皇帝面前，集體彈劾已經被革職在家的將軍勒爾謹。大臣們的理由是：勒爾謹戴罪在家期間不思進取，結交江湖妖道朱方旦，並且送給對方“至人裡”和“聖人堂”兩幅匾額，有違朝廷體制。
康熙皇帝聽完之後並不感到驚訝，表示他早就知道這件事，大臣們說的沒有錯。勒爾謹早年結交朱方旦的時候，康熙皇帝就曾經告誡他，如果只是覺得新奇就算了，但是遇到軍國大事，一定不能聽這種狂妄小人的擺佈。除此之外，湖北巡撫張朝珍也將朱方旦奉若神明，還送給他一塊“聖教帝師”的匾額，這些事情康熙皇帝也都清楚。
既然大臣們集體彈劾勒爾謹，康熙皇帝也只能下令調查此事，因為案情他早就清楚，所以很快就有了結果。在徵得康熙皇帝的同意後，審案官員奉命將勒爾謹打入大牢，張朝珍因為已經去世，世襲職銜被革除，朱方旦及其弟子都被斬首。
那麼，朱方旦到底是何許人？他為什麼能被朝廷重臣奉若神靈？最終引起了康熙皇帝的注意？
根據清宮檔案記載，朱方旦來自湖北漢陽，擅長巫術和占卜，在湖廣地區知名度極高。朱方旦自稱能夠預知吉凶，還懂得一些奇門遁甲之術，用今天的話來說，他就是個江湖騙子。但是在那個年代，這樣的人就是民間“活神仙”，不僅老百姓相信他，就連很多達官貴人也對他言聽計從。
據說，朱方旦每到一個地方“講學”，連當地的封疆大吏都會主動出面迎接，可見如果他只會招搖撞騙，恐怕也得不到如此高規格禮遇。事實上，朱方旦有些真本事，至少他對中醫和氣功方面的研究，達到了爐火純青的地步，他曾經出過一本叫《中說補》的書，在傳統醫學領域名氣很大，連清代名臣張伯行都稱讚朱方旦擅長“修養練氣”。
最神奇的地方還不在這裡，有一次，朱方旦觸犯法律，被湖廣巡撫抓起來送到京師。經過刑部會審，給朱方旦定了一個斬立決的罪名，結果就在即將行刑的時候，當時的孝莊太皇太后親自出面向康熙皇帝求情，就這樣救了他一命。
孝莊來自蒙古科爾沁草原，比滿洲人更迷信，她對於朱方旦這樣的江湖術士，簡直佩服得五體投地。在孝莊的特殊關照下，朱方旦一度成為北京城的紅人，每天來找他占卜問道的人絡繹不絕。後來，朱方旦實在受不了每天如此忙碌，就主動請求回鄉修道，得到了康熙皇帝的同意。
朱方旦返回湖北沒多久，就趕上了三藩之亂，吳三桂大軍已經佔領湖南，和清軍形成對峙。這時，朱方旦主動投入當時率軍駐守荊州的勒爾謹門下，從一名江湖術士搖身一變，成為可以在軍營中自由出入的將軍幕僚。
勒爾謹失寵後，朱方旦果斷離開這座靠山，跑到江浙地區繼續傳道。實際上，朱方旦頂多算是個行走江湖的術士，但是經過老百姓口口相傳，關於他的事蹟越來越玄乎，這個人最後被徹底妖魔化了，甚至連他的家人都變成了各種修煉千年的妖怪，這就為他日後成為康熙皇帝的刀下鬼埋下了隱患。
朱方旦的罪行主要有兩個，一是大肆傳播異端思想，嚴重違背儒家學說，和社會主流價值觀不符，突破了康熙皇帝能夠容忍的底線。二是自稱聖人，並且樂於受到達官貴人的追捧，地位甚至超過了孔孟二聖，這是封建統治者絕對不能容忍的事情。
除了這兩個明顯的罪行外，朱方旦這樣的人影響力太大，連勒爾謹這樣的朝廷重臣都被他徹底洗腦，更別提普通人，如果他振臂一呼，不排除造成農民起義的後果。歷史上的很多農民起義，像黃巾軍和紅巾軍以及清朝中後期的白蓮教，都是有人先透過宗教學說洗腦，然後鼓動老百姓起來造反，這是讓康熙皇帝最擔心的地方。
從這件事能夠看出，康熙皇帝雖然處置了朱方旦，但並不意味著他憎惡除了儒家思想之外的學說。反過來想，如果康熙皇帝像雍正、乾隆那樣多次強行控制社會思想發展，朱方旦也不可能擁有眾多信徒。正因如此，當遇到無法解決的困難時，康熙皇帝也會想到鬼神之術。
康熙五十六年（1717年），策妄阿拉布坦派兵攻入拉薩，清軍初戰失利，西北形勢十分危急。後來，康熙皇帝委任皇十四子胤禵為撫遠大將軍，率領兵馬前去平叛。根據清宮檔案記載，在這支軍隊中包括一些會“法術”的道士，他們是康熙皇帝特意挑選出來，派到前線去協助作戰的。
當然，康熙皇帝要求所有人嚴格保守秘密，因此在當時，這幾位道士都隱藏了身份，只是以普通幕僚的身份跟隨指揮作戰的將軍，出沒在各個戰場上，至於他們的“法術”到底有沒有發揮作用，我們就不得而知。