非小細胞肺癌治療新靶點-
CLIP1-LTK
肺癌是侵襲最強性的惡性腫瘤之一，目前針對EGFR、ALK突變等頻率較高的驅動基因突變，分子靶向治療顯著改善了非小細胞肺癌（NSCLC）患者的治療結局。但是，仍存在25%-40%的肺腺癌（NSCLC最常見的組織學亞型）病人中未發現腫瘤驅動基因。
近期日本國立癌症研究中心團隊在《自然》發表的最新文章，研究發現NSCLC一個新的治療靶點- CLIP1-LTK，該靶點在NSCLC發生融合突變的機率為0。4%，並且和其他已知的致癌基因互相排斥，現有靶向藥Lorlatinib或有效。
CLIP1–LTK基因融合的發現主要歸功於2013年建立的“亞洲肺癌基因組監測平臺”（LC-SCRUM-Asia），該平臺一直在不斷探尋亞洲NSCLC患者中新的驅動基因突變。
為了鑑別新的致癌基因融合，日本學者利用LC-SCRUM-Asia平臺中已知驅動基因陰性的NSCLC樣本進行全轉錄組測序（WTS）。在2020年10月至2020年12月期間分析的75份樣本中（圖1）一名患者樣本中鑑定出染色體12q24上CLIP1和染色體15q15上LTK的框內融合轉錄本（圖1a）。
圖1
圖1a Spanning （top） and junction （bottom） reads for the CLIP1–LTK fusion transcript， as detected by WTS
LTK和ALK構成受體酪氨酸激酶的ALK/LTK亞家族，而CLIP1是微管正端追蹤蛋白家族的成員。預測CLIP1-LTK融合蛋白在完整LTK激酶結構域的CLIP1上游含有多個捲曲螺旋結構域（圖1b）。
圖1b Schematic representations of WT CLIP1 （top）， WT LTK （middle） and the CLIP1–LTK fusion protein （bottom）。 CAP-Gly， cytoskeleton-associated protein glycine-rich； CC， coiled-coil； TM， transmembrane region
為了證實編碼融合蛋白的轉錄本存在於該個體的腫瘤中，我們使用兩組引物進行PCR和逆轉錄（RT-PCR）去檢測鎖骨上淋巴結和肝臟這兩個轉移部位組織中的擴增子（圖1c）。
圖1c Detection by RT–PCR of CLIP1-LTK transcripts in two metastatic sites， the supraclavicular lymph node and liver from Patient 1。 Primer locations （F3， F5 and R3） are indicated at the top。 cDNA isolated from PC9 cells expressing the CLIP1-LTKfusion or mock-transduced cells （Methods） served as positive and negative controls， respectively。 GAPDH transcripts serve as internal loading control。 M， 100-bp DNA ladder marker
Sanger測序驗證了表達轉錄本中CLIP1外顯子16與LTK外顯子11的融合序列（擴充套件資料圖1）。此外，進行了分離熒光原位雜交（FISH）分析，以進一步驗證該個體的LTK重排。這些探針的雜交顯示非腫瘤細胞中的橙色（5’）與綠色（3’）的融合訊號（擴充套件資料圖2 左）。然而，82%的評分腫瘤細胞顯示至少一個純綠色（3’）訊號，包括激酶結構域，這表明存在LTK重排（擴充套件資料圖2，右）。腫瘤細胞缺乏橙色訊號（5’）可能表明該染色體區域缺失。
為了確定CLIP1–LTK融合在肺癌中的流行程度，利用RT–PCR檢測了LC-SCRUM-Asia中572個肺癌樣本，無論其驅動基因狀態如何。結果顯示：小細胞肺癌（30例）的CLIP1–LTK融合檢測結果均為陰性。非小細胞肺癌（542例）中，2例為CLIP1–LTK融合轉錄物陽性（NSCLC中為0。4%）。
總體而言，融合陽性的3個腫瘤（1-3例患者的腫瘤）對其他已知的致癌驅動基因呈陰性，表明CLIP1–LTK融合與其他確定的致癌基因相互排斥。這三個具有CLIP1-LTK融合的病例，都屬於肺腺癌。
透過病例，看CLIP1-LTK作為治療靶點的療效。
病例介紹：
患者，女性，44歲，右肺腺癌並腦轉移、肺轉移、肝轉移，T4N3M1c IVb期，已知肺癌驅動基因陰性。
一線治療：培美曲塞+卡鉑+帕博利珠單抗治療，4週期，療效評價：PR。
隨後給予培美曲塞+帕博利珠單抗維持治療。
隨後患者病情快速進展（原發病灶及轉移病灶均較前增大）。
患者腫瘤cDNA的WTS和Sanger測序顯示CLIP1-LTK融合，LTK重排透過FISH確認。患者充分知情Lorlatinib治療的潛在獲益和風險、臨床前的研究結果，同意接受LTK靶向治療。Lorlatinib開始以每天一次100mg的常規劑量服用。患者兩個月和五個月的隨訪CT影象顯示原發腫瘤和多發轉移瘤對Lorlatinib均有反應，且腫瘤均明顯縮小。上述結果表明，
攜帶CLIP1-LTK融合基因的NSCLC患者可能是Lorlatinib的潛在獲益者。
有效性分析：LTK和ALK在各自的激酶結構域中具有近80%的相似性，臨床前研究資料顯示，第三代ALK-TKI類藥物Lorlatinib對CLIP1-LTK融合的抑制效果最好，其IC50僅為1。1nM，而其它ALK-TKI的IC50都在10-20nM水平。在動物實驗和分析發現，Lorlatinib能夠有效抑制CLIP1-LTK融合腫瘤的生長，且在抑制CLIP1-LTK活性和AKT/ERK訊號通路啟用的同時，還能直接促進癌細胞的凋亡。
CLIP1-LTK融合是NSCLC中的致癌驅動基因，並表明該融合蛋白可以被Lorlatinib抑制。但是，真正的把其視為肺癌下一個精準治療的靶點，仍需要更多的資料來證實。