1、提高中藥中有效成分的含量
微生物在發酵過程中能夠產生豐富的酶類物質，如纖維素酶、澱粉酶、果膠酶、蛋白酶、木質素酶等，這些酶類有利於壁內有效成分的提取，從而提高藥效分子的含量。單細胞蛋白是一種優質的蛋白質，透過發酵中藥不僅可以降低對環境的汙染，而且可以提高單細胞蛋白的含量，為飼料生產提供優質的蛋白來源。中草藥與微生物協同發酵，微生物發酵促進了中草藥提取物中有效成分的釋放，提高了發酵產物中總酚類物質含量和抗氧化活性，從而增強了中草藥的藥效，提高了中草藥的利用率。
與傳統中草藥相比，除了工藝上的差別，發酵中草藥有更加明顯的優勢。
經發酵後的中草藥療效提高，30min左右吸收到達動物血液，比未發酵黃芪吸收速度提高了50%。
2、增強中草藥的藥效
益生菌的發酵作用，使得中草藥的某些成分在體外提前被分解消化，轉化成小分子物質，從而提高了有效成分的消化吸收，增強了中草藥的作用效果。
發酵中草藥提高了有效成分的吸收率：經過發酵之後，中草藥有效成分從胞內被分解到胞外。更加容易被吸收，也省去了溫水或者白酒泡的環節，使用更方便。
有研究表明發酵黃芪多糖藥效比未發酵黃芪提高4-28倍，促免疫效果更好，用量更少。
3、降低中草藥的毒副作用
有的中草藥含有毒性成分，限制了其在生產中的應用，透過發酵處理能夠降低毒性物質的含量或使其轉化成其他成分來達到解毒的功效。發酵中草藥適口性更好，顯著降低藥物的不良反應，達到脫毒增效的作用。
4、產生新的活性成分
微生物發酵能夠以中草藥中的某些活性成分作為前體物，或者發酵過程中產生的代謝產物，透過一系列複雜的化學變化與中草藥有效成分結合產生新的活性成分，從而產生新的藥理作用。
5、提高了中草藥資源的利用率，保護環境
中草藥中的有效成分經過提純後，其中還含有大量不易降解的成分，如果不加以利用，將會對生態環境的汙染造成一定的影響。中草藥作為動物飼料新增劑，發酵處理後，不僅更有利於存放，還可以改善飼料的適口性。因此，中草藥透過合理有效的利用，不僅可以提高資源利用率，節約資源，減少浪費，還可以減少對生態環境造成的汙染，中藥與益生菌相結合，可以為解決環境汙染問題和資源再利用提供一種新的方法。