獲取自然環境中的某些部分，再將它們重新組裝成溼地或者草原，只是建立生態區的辦法之一，生態學家們把這種辦法叫做“比對”法。這種辦法的效果似乎還不錯，但是，正如託尼·博格斯所指出的，“這個辦法其實有兩種途徑。你可以模擬在自然界中發現的某個特定的環境，或者參照多個環境創造一個合成的環境。”生物圈二號最終成了一個合成的生態系統，其中有很多比對的部分，比如阿迪的沼澤。
“生物圈二號是一種合成的生態系統，而現在的加利福尼亞也是一種合成的生態系統。”博格斯說。沃肖爾也同意這種觀點：“你在加利福尼亞所看到的，其實是未來的一個徵兆。一種程度很深的合成生態。它有數百種非本地的物種。澳大利亞的很多地方也在朝著這條路走。而且紅杉樹/桉樹林其實也是一種新的合成生態。”在這個飛機傳播的世界，很多物種有意無意地搭上飛機，從它們的原生地傳播到它們原本根本不能到達的遠方，造就了許多不同的生態系統。沃肖爾說：“第一個使用合成生態［註釋］這個詞的人是瓦爾特·阿迪。之後我意識到其實在生物圈一號裡已經有了大量的合成生態。而我並沒有在生物圈二號中發明一個合成的生態，我只是把早已經存在的東西進行了複製而已。”康奈爾大學的愛德華·密爾斯已經在北美五大湖中識別出了一百三十六種來自歐洲、太平洋和其他地方的魚，它們已經在五大湖地區興旺發達了。“也許五大湖地區絕大多數的生物量其實都是外來的”，密爾斯宣稱，“它現在已經是一個十足的人造系統了”。
我們不妨開發一門關於合成生態的科學，反正我們已經在不經意間創造了合成生態。很多古生態學家認為，人類早期的整個活動譜系——打獵、放牧、放火燒荒以及對草藥的選擇和收集——已經在荒野打造出了一種“人工的”生態，確切地說，就是依靠人類的技能大大改變了的生態。所有那些我們覺得是自然的、未受侵犯的野生環境，其實都充滿了人為和人類活動的痕跡。“很多雨林實際在很大程度上處於印第安土著的管理之下，”博格斯說，“可是等到我們進去的時候，我們做的第一件事就是清除印第安人，於是管理技能就消失了。我們之所以認為這片老樹是原始雨林，是因為我們自己所知道的唯一的管理樹木的方式就是把樹砍掉，而這裡沒有明顯的砍伐痕跡。”博格斯相信，人類活動的痕跡留得很深，根本不會被輕易抹除。“一旦你改變了生態系統，並找到適合播種的種子，以及必不可少的氣候視窗，改變就開始了，而且這是不可逆轉的。這個合成的生態系統持續運轉下去並不需要人的存在，它不受干擾地運轉。加利福尼亞的人即使都死了，現在這個合成的動植物群落仍會保持下去。這是一種新的亞穩定狀態［註釋］，只要現有的自我強化的條件不變化，它就會一直如此。”
博格斯認為：“加利福尼亞、智利以及澳大利亞正在非常迅速地會聚合流，成為同樣的合成生態。同樣的人，同樣的目的：弄走那些古老的食草動物，換上生產牛肉的牛。”作為一個合成的生態，生物圈二號實際上正預示著未來的生態學。顯然，我們對自然界的影響並沒有消失。而也許生物圈二號這個大玻璃瓶能夠教會我們如何人工地演化出一種有用的、破壞性更小的合成生態。
當這些生態學家存心裝配第一個合成生態的時候，他們嘗試著設計了幾條他們覺得對於創造任何活的封閉生物系統都非常重要的指導原則。生物圈二號的製造者們把這些原則稱為“生物圈原則”。創造生物圈的時候要記住：
◆ 微生物做絕大部分的工作。
◆ 土壤是有機體。它是活的。它會呼吸。
◆ 創造【冗餘】（多餘）的食物網路。
◆ 逐步地增加多樣性。
◆ 如果不能提供一種物理功能，就需要模擬一個類似的功能。
◆ 大氣會傳達整個系統的狀態。
◆ 聆聽系統：看看它要去哪裡。
雨林、凍土帶、沼澤本身並不是自然的封閉系統：它們相互之間是開放的。我們所知道的唯一的自然封閉系統：整體來看是地球，或者說，蓋亞。說到底，我們對創造新的封閉系統的興趣，其實還是在於調配出擁有自己生命的生態系統的例項，這樣我們就能概括它們的表現，從而去理解地球系統，我們的家園。
在封閉系統中，共同進化的多樣性得到了集中體現。把蝦倒進一個燒瓶裡然後卡死瓶頸，就好象是把一條變色龍仍進了一個映象瓶，然後堵上入口。這條變色龍會對它自己生成的形象做出反應，就好像蝦會對它自己形成的氛圍做出反應一樣。封了口的瓶子——當內部的迴路編織成形然後又變得緊湊之後——就會加速其內部的變化及進化。這種隔絕，就跟陸棲進化的隔絕一樣，培育著多樣性和顯著的差異性。
不過，最終，所有的封閉系統都是會被開啟的，至少會出現洩露。我們可以肯定的是，無論哪一個人工製造的封閉系統，都或早或晚地會被開啟。生物圈二號大約會每年封閉、開啟一次。而在宇宙中，在星系時間的尺度內，星球的這種封閉體系也會被穿透，以交叉的方式相互提供生命種子——彼此交換一下物種。宇宙的生態型別是：
封閉系統（各星球）中的某個星系，像被鎖在映象瓶裡的變色龍那樣瘋狂地發明著各種東西。而時不時地，從一個封閉系統中產生出來的奇蹟， 就會給另外的一個封閉系統帶來震撼。
在蓋亞，我們所建造的那些在短暫的時間內處於封閉狀態的小蓋亞，絕大多數其實都只是有指導意義的輔助物。它們是為了回答一個基本問題建造出來的模型：
我們對地球上這個大一統的生命體系到底能產生什麼樣的影響，發揮什麼樣的作用？有沒有我們可以達到的控制層面，要麼，蓋亞根本就不受我們控制？