臨床上，完全性肺靜脈異位迴流主要是需與房間隔缺損（ASD）進行鑑別診斷。從房間隔缺損的發生學方面可將其分為原發孔房間隔缺損和繼發孔房間隔缺損兩大類。由於原發孔房間隔缺損常伴有二尖瓣和三尖瓣的畸形。繼發孔房間隔缺損根據缺損出現的部位分為中央型缺損（卵圓窩型缺損）、上腔型缺損（靜脈竇型缺損）、下腔型缺損和混合型缺損等四種類型。
多數繼發孔房間隔缺損的兒童除易患感冒等呼吸道感染外可無症狀，活動亦不受限制，一般到青年時期才表現有氣急、心悸、乏力等。40歲以後絕大多數病人症狀加重，並常出現心房顫動、心房撲動等心律失常和充血性心衰表現，也是死亡的重要原因。
體格檢查發現多數兒童體形瘦弱，並常表現左側前胸壁稍有隆起，心臟搏動增強，並可觸及右心室抬舉感等。其典型表現為胸骨左緣第2、3肋間聞及Ⅱ～Ⅲ級收縮期吹風樣雜音，伴有第二心音亢進和固定分裂，收縮期雜音為肺動脈瓣血流速度增快所致，少數病人還可捫及收縮期震顫。
分流量大者三尖瓣區可聽到三尖瓣相對狹窄產生的舒張期隆隆樣雜音。如右心室抬舉感增強，肺動脈瓣區收縮期雜音減弱，但第二心音更加亢進、分裂，提示存在肺動脈高壓。病變晚期將發展為充血性心力衰竭，頸靜脈怒張、肝臟增大。
完全性肺靜脈畸形引流又稱“完全性肺靜脈異位引流”。指全部肺靜脈不進入左心房，而直接進入右心房或體迴圈的靜脈系統。常與房間隔缺損並存。本病全部肺靜脈血液均進入右心房，經房間隔缺損流入左心房，再由左心室排送入體迴圈。肺迴圈血流量大、壓力高，導致右心衰竭。患兒有發紺、進行性呼吸困難、發育不良、右心衰竭。
體檢可無特異性雜音或胸骨左緣第2肋間有收縮期吹風樣噴射性雜音。若畸形引流入左上腔靜脈者X線胸片可有“8”字徵。選擇性肺動脈造影、超聲心動圖檢查可顯示畸形引流情況。治療主要是施行手術將畸形引流的肺靜脈改道，迴流到左心房，手術宜及早在嬰幼兒期施行，手術死亡率高。