《半條命》初代劇情在弗里曼博士被G-Man投入靜滯空間沉睡後就突兀的拉下了帷幕，雖然我們能夠透過另外三個資料片來得知那些成功從黑山基地中逃離的人，與黑山基地最後的命運。但沒有人知道Xen這個已然被“點亮”的燈塔會不會給人類帶來更大的磨難，也沒有人知道Nihilanth的死能否終結外星生物對地球的侵略。
然而，答案很明顯是否定的；Nihilanth的死亡不僅沒能關閉Xen世界與地球的聯絡，反而因如此大的脈衝能量爆炸讓聯合帝國瞬間就找到了Xen這個中轉站，最終來到了地球。
這些高聳入雲的城堡就是那個恐怖的“聯合帝國”正式大舉入侵地球的表現。這回，對地球的入侵就不是那些個奇形怪狀的生物所進行的小打小鬧了。聯合帝國將會無情地以抹除整個地球的存在為目的，徹底的將地球變為他們手中的一個畜牧場，一塊開採地。
聯合帝國，毫無疑問被稱作帝國的原因就是因為這是一個實力強大到能夠跨越並侵略多個維度的大型組織，在常年的侵略過程中，聯合帝國將各個來自不同維度、不同世界的物種，改造成最符合聯合帝國需求的形式，吸收並壯大了自己的種族。
聯合帝國拓疆擴土的方式很新奇，他們在侵略其他星球時一直秉承著他們自己獨有的理念-聯合。
對他們而言，去入侵一個星球/種族的最好辦法，就是去吸收並同化當地的物種。聯合帝國每到達一個星球都會將當地的物種加以改造，讓這些物種成為一種完全喪失自我、以最高效率服務於聯合帝國的“新物種”。而正因為如此，聯合帝國的軍隊可以說完全是在構建一場“不可能打贏的戰爭”，因為他們派去摧毀這個星球文明的道具，正是出產自這個星球本身，聯合帝國所需要做的僅僅是為這些“物件”上加裝一些簡單的零件，讓他們無腦的服從於帝國高層的指揮，再去摧毀屬於他們自己的母星。
聯合帝國究竟有多厲害？
你醒啦？
在地球還在為黑山基地的麻煩掃尾時，這個龐大的帝國就這樣悄無聲息的降臨在了地球之上，那些高聳入雲的城堡中走出計程車兵拿著從未在地球上出現過的武器、與其同行的還有各種千奇百怪模樣的生物武器。這時那些經歷了黑山基地爆炸所帶來的嚴重結果的人們，才正式開始“享受”他們親手埋下的苦果。
在聯合帝國數量眾多且全副武裝的軍隊前，地球上所有的武裝力量在僅僅七個小時的抵抗後就被徹徹底底的推平，所有政府都陷入了癱瘓狀態，整個地球徹底進入了被奴役的時代。
在這場註定失敗的戰爭中有著不少嚮往著自由且無懼死亡的抵抗軍戰士，也有著低頭向著新主子卑躬屈膝的叛徒；而這些個叛徒的首領就是曾經黑山基地的主管-布林博士（Dr。 Wallace Breen），在全世界的武裝力量被瓦解殆盡之後，這位“人奸”就“代表全人類”向聯合帝國表示了投降，而此舉也讓他成為了聯合帝國在地球的“臨時行政長官”。
為了更好的管理這些被侵略的“牲畜”，聯合帝國強制性的將這些殘存的人們搬到了每一座城堡的周圍，並以簡單的數字來命名了這些城市，我們在進入2代後所到達的“City 17”（17號城市）就是所有這些聚集點中最大的一個附屬都市了，17號城市中心矗立的城堡也是聯合帝國設立於地球的司令部，其塔頂就是這位“人奸”總管-布林博士的辦公室，他在這裡接收聯合帝國高層的指示，再將這些指示傳送到各個管理區域中。
在構建好了統治階級的最上層之後，聯合帝國以各種各樣洗腦的方式奉勸所剩的人類放棄任何抵抗的念頭，選擇無條件地服從他們；而在這些人中必然就會出現反抗的聲音與賣國的想法，聯合帝國充分的利用了這些投敵的懦夫構建成了一支“人奸”部隊，名為“守望者”。
這些士兵分別為：
國民護衛隊：
完完全全的“人奸”，無任何生理改造，僅作為都市中欺軟怕硬的管理人員。
改造人部隊：
接受了部分改造成為聯合帝國的傀儡計程車兵。
生物合成部隊：
來自聯合帝國最高階生物科技對地球生物的改造後植入洗腦程式的軍事/一般用工具。
除此之外，聯合帝國還在全球覆蓋了一種被稱作“Suppression Field”的抑制立場裝置，這種裝置能夠大幅度降低人類的生殖能力，使的地球上大部分的哺乳動物都無法進行自然生育。
背地裡聯合帝國則在地球上的各個角落設立了無數個進行人體試驗的機構，從而研究讓人類能夠“更有效率”的加入到聯合帝國體制中的辦法，這些被改造後的幽靈/合成人都已經徹底的失去了自我意識、生殖能力，甚至是進食慾望。這些“工具人”們只需要最基礎的鹽水補給，就可以無條件的完成聯合帝國派給他們的指令，而這些“工具人”就是人類這個種群在聯合帝國體制內的“最終結局”。
在奴役這些“人類”的期間，聯合帝國還在快速的掠奪著整個地球的自然資源；其中最明顯的一個例子就是玩家們在遊戲時經常能看到的那些已經乾枯見底的河流。聯合帝國無時不刻的在利用自己先進的跨次元運輸裝置來抽取整個地球上的水資源；這也導致了先前制衡來自Xen上面生物的生態體系被嚴重的破壞，最終導致地球徹底變成了一個雜亂無章且隨時都會迎來毀滅的星球。
永不放棄的希望-反抗軍
雖然在這場戰爭中人類反抗軍獲勝的希望微乎其微，但不願放棄希望的他們也不想違背自己良心去苟延殘喘的活著，那些從黑山基地生存下來的部分人組織起了一支“地球反抗軍”，其中就有我們在第一篇提到的，弗里曼的導師-克萊納博士、與他一同進行研究的伊萊博士與我們熟悉的警衛巴尼，其中還有在弗里曼被冷凍20年間逐漸成長起來的，伊萊博士的女兒-艾麗克斯。
這些反抗軍用當初研究整個Xen的隱秘部門的符號-“λ”，作為了專屬的反抗軍標識，並且將當初“拯救黑山基地”的英雄弗里曼當做了反抗軍的象徵。的確在這個信仰缺失的年代，每個人都需要一股無名的力量去支援自己為了人類而抗爭。這些曾經的科學家們、警衛們、平民們各司其職，分別用自己最擅長的方式去對抗整個聯合軍的殖民統治。
但這樣的鬥爭很明顯是無法與聯合帝國相比擬的，反抗軍迫切的需要一個奇蹟，一個叫做“戈登·弗里曼”的奇蹟。
戈登·弗里曼的新任務
在一片塵埃中，在G-Man的呼喚下，曾經的英雄弗里曼終於回到了這個屬於他的世界中；已然經歷了二十年空缺的弗里曼在列車到站後一臉懵逼的聽從著聯合軍的檢查安排，但早已潛入其中的巴尼發現了這位老朋友並且將其救了出來，在前往克萊納博士研究所的路上，弗里曼還遇上了曾經上司伊萊博士的女兒-艾麗克斯；在順利到達實驗室後弗里曼才得知在他沉睡的這二十年裡，整個世界發生了怎樣的變化。
在短暫的交流後，克萊納博士給與了弗里曼他們新開發升級的HEV Mark V型防護服，並打算將他與艾麗克斯兩人傳送至戰後新組建的黑山東區，然而傳送中卻出現了一些問題導致弗里曼只能獨自前往，但此舉反而一路鼓舞了所有還在反抗著的人們，在這些反抗軍的幫助下，弗里曼有驚無險的到達了黑山東區，並拿上了《半條命2》系列中最為著名的武器-“零位能量場牽引器”（重力槍），並認識了反抗軍唯一的機甲武器-艾麗克斯的玩伴阿狗。
然而歡樂的時光總是短暫的，之前傳送所發生的失誤讓全世界都知道了弗里曼的歸來，由布林博士主導的聯合軍馬上就突襲了黑山東區並抓走了伊萊博士，在爆炸中被阻斷退路的弗里曼只得透過喪屍成群的萊茵霍姆去與其他反抗軍匯合。。
萊茵霍姆本是在聯合軍入侵後，反抗軍用於安置一般市民的偏僻城鎮，然而不幸的是這些難民的存在馬上就被聯合軍的偵查機所發現，並被投擲了無數的獵頭蟹生物炮彈，導致原本在這裡生活的難民們幾乎全部都被獵頭蟹寄生從而感染成了喪屍。
最終弗里曼在整個萊茵霍姆僅剩的活人-格里高利神父的幫助下，成功的通過了這個人間地獄；在離開小鎮與反抗軍回合後，弗里曼得知伊萊博士已經被抓到了聯合軍最大的監獄/改造基地-新星道監獄，而這個新的人間地獄將成為弗里曼的下一站。
在弗里曼快馬加鞭趕往新星道監獄的路上，玩家們迎來了2代中另一個極具特色（嘔）的敵人-蟻獅，這個在Xen星球上地位比伏地岡人還要低的物種已經在地球上徹底的撒開了花，繁殖能力極強的他們迅速的在地下的各個洞窟中建立了屬於他們自己的巢穴，並且無差別的攻擊所有路過的目標。
所幸的是，早已與弗里曼結為盟友的伏地岡人有著熟練的蟻獅養殖、操縱技術，在伏地岡人的幫助下弗里曼成功的擊敗了蟻獅守衛並且拿到了用於控制蟻獅群的資訊素腺體，這讓弗里曼瞬間擁有了一支能夠正面進攻新星道監獄的“大軍”。
然而在與艾麗克斯匯合後並在新星道監獄探索中的他們發現，黑山東區的淪陷與伊萊博士被抓走並不完全是因為弗里曼的原因，其實基地中早就出現了一位與布林博士聯絡的內鬼-茱蒂絲·莫思曼博士；莫思曼博士出於對伊萊博士的憧憬與對弗里曼博士的怨恨，將黑山東區的情報透露給了“人奸”布林博士。
雖然茱蒂絲博士將黑山東區出賣給了聯合軍，但她實際上的是因為對伊萊博士的敬仰轉化成了對他安全的擔憂，所以他嘗試透過布林博士來保障伊萊博士的安全，讓他們能夠安全的繼續他們的研究；但這一切都無法抵消她已經背叛了的事實，兩人隨即抓住了她並打算將其帶回實驗室。然而茱蒂絲博士趁兩人在迎敵期間的一個不注意，透過傳送裝置逃回了聯合軍的城堡。留下的艾麗克斯與弗里曼兩人只能重新與克萊納博士匯合。
匯合後對拯救計劃無計可施的弗里曼與艾麗克斯兩人最終決定正面直接突破，帶領一直以來憋屈已久的反抗軍大舉進軍，直突17號城市的腹地-聯合軍城堡；雖然成功的突入了城堡，但明顯對地形不熟悉的弗里曼只得透過“工具人”幽靈的吊艙來進行“碰運氣”式的移動，而這一點在被布林博士發現後直接將其綁起來送到了城堡的頂端，並打算將他、艾麗克斯與伊萊三人統統交給聯合軍處置。
而這個時候，茱蒂絲博士發現了布林並不打算遵守他與她之間的約定來保證伊萊博士的安全，於是毅然決然的再次選擇了背叛；她拿起了原本屬於艾麗克斯的EMP裝置開啟了三人的枷鎖，導致布林博士倉皇落逃。
最終，弗里曼使用經過城堡進化後的重力槍擾亂了暗能反應堆所產生的傳送門，徹底斷絕了布林博士的逃跑路線。
然而傳送門所產生的爆炸也導致他與艾麗克斯兩人的生命危在旦夕，但這一刻……。。。
一直以來在背後觀察、操縱的G-Man再次出現在了弗里曼的面前，並在一如既往令人難以理解的一通長篇大論後打算再次將弗里曼丟入靜滯空間。。。
然而這一次，早已與人類結盟的伏地岡人卻擋在了G-Man的面前，阻止了他並且將兩人傳送到了城堡外面，還在城堡中的莫思曼與伊萊兩人透過逃生艙安全的撤離到了新的“白森林”據點，而因為頂部暗能反應堆的損壞，17號城市的城堡的核心將隨時有爆炸的危險，而該暗能反應堆若是爆炸，整個17號城市都將化為灰燼。
同時，若是這次17號城堡爆炸的話，將會再次開啟新的傳送從而讓聯合帝國的高層往地球增派更多的兵力，這對地球反抗軍而言任何意義上都不是一件好事，所以弗里曼與艾麗克斯必須重新回到城堡，穩定城堡核心並拖延時間讓17號城市中的反抗軍撤離。
在撤離了17號城市的所有居民與反抗軍後，聯合軍在地球上的指揮部-17號城市城堡也迎來了結局，然而這次爆炸對於殘存在地球上的聯合軍卻不是一件壞事，那些形如蠕蟲的“探員”們依靠17號城堡的爆炸正在向宇宙中的其他聯合帝國軍隊發出求援訊號。若是讓那些無窮無盡的聯合軍增援到達地球，那麼毀滅就成為既定事實了，所以此時弗里曼與艾麗克斯又迅速的忙了起來，他們需要依靠基地內科學家的幫助去關閉這個暗能傳送門。
然而兩人在前往白森林據點的路上遭到了一支來自聯合帝國機械合成部隊的“獵人”的襲擊，艾麗克斯身受重傷；幸好巡邏的伏地岡人路過此處救起了兩人，並就近找了一處抵抗軍陣地為艾麗克斯治療，而正當伏地岡人積蓄力量正在治療艾麗克斯之時，那個神秘的令人厭煩的G-Man再次的侵入到弗里曼的腦海中來。。
這回G-Man並沒有嘗試帶走弗里曼，而是說了一大段令人難以理解的話題後，要求弗里曼將艾麗克斯安全的送達白森林據點，並且讓艾麗克斯向她的父親傳達一句。。似乎有點深意的話：“準備好迎接出乎意料的結果吧。。。”
在到達白森林基地後，克萊納博士與伊萊博士馬上就解析了由艾麗克斯從聯合軍城堡裡帶出來的資訊，從中他們得知莫思曼博士成功的在北極找到了失蹤已久的“北極光號”（北極光號正是來自V社另一款遊戲《傳送門》世界觀中，價值等同於黑山基地的公司-光圈科技“Aperture Science”）。
似乎在相同世界觀裡的《傳送門》科技能夠在人類與聯合軍的戰鬥中起到極大的作用，這也成為了所有人類唯一的希望。。
然而此時兩位博士卻出現了不同的見解，克萊納博士認為應該前往北極，搶先拿走這項科技並用於與聯合軍的戰爭；而伊萊博士則認為應該儘快的摧毀這些東西，他不想再重蹈覆轍20年前黑山的事故了。
然而就在此時，艾麗克斯鬼使神差的對父親伊萊說出了這句話：“準備好迎接出乎意料的結果吧。”這讓伊萊博士眼前一黑險些跌倒，卻又含糊其辭並未解釋緣由。。。
但無論如何，弗里曼與所有反抗軍現在首當其衝的任務就是關閉由城堡爆炸所產生的傳送門，而最終在弗里曼與抗生物機械部隊武器的共同協作下，成功的發射了火箭並關閉了那道該死的傳送門。
傳送門的關閉就意味著短時間內，地球上的聯合軍都將處於孤立無援的狀態，這就給與了反抗軍充足的時間去北極尋找光圈科技遺留的科學產物。
然而，一直隱藏在背後的聯合軍探員們終於忍不住了，兩隻巨大而醜陋的蠕蟲直接飛向了三人，殺死並汲取了伊萊博士腦海中的所有記憶與知識，雖然在阿狗遲來的幫助下救下了弗里曼與艾麗克斯兩人，但。。。
至此，貫穿遊戲世界20年的歷史就在伊萊博士的死亡與艾麗克斯的哭聲中迎來了結尾，至此Valve都沒有任何有關第三章/3的任何訊息，不過由民間製作的《Xen》完整版將在Steam正式發售，先體驗一下這款“同人力作”來過一下這麼多年來沒有“復吸”的“半條命癮”吧。