對於本案中籤訂勞務協議後所產生的勞動關係問題，廣東海埠（西安）律師事務所專職律師郭敏娜表示，勞務協議（勞務合同）和勞動合同並非一回事，並指出了雙方的區別：
從法律層面講，《中華人民共和國勞動合同法》第十六條規定：勞動合同是勞動者與用人單位確立勞動關係、明確雙方權利和義務的協議；而勞務合同是當事人各方在平等協商的情況下達成的，就某一項勞務以及勞動成果所達成的協議。
從主體資格來看，勞動合同的主體只能一方是企業、個體經濟組織、民辦非企業單位等組織，即用人單位，另一方則必須是勞動者個人，勞動合同的主體不能同時都是自然人；而勞務合同的主體既可以是法人、組織之間簽訂，也可以是公民個人之間、公民與法人之間。
從合同內容和任意性來看，勞動合同的主要條款及內容由勞動合同法等法律明確規定，不能由當事人協商，如用人單位要為勞動者提供符合國家規定的勞動條件等；勞務合同由合同雙方當事人在不違背法規的情況下由雙方當事人自行協商，任意性較強。
從合同的法律責任來看，勞動合同不履行、非法履行所產生的責任不僅有民事上的責任，而且還有行政上的責任，如用人單位未按規定繳納社會保險費的，由勞動保險行政部門或者稅務機關責令限期繳納。勞務合同所產生的責任只有民事責任，即違約責任與侵權責任，不存在行政責任。
由此可見，昌吉市某科技公司在和薛某忠簽訂勞務協議時，主體是公司，即用人單位；所協商內容也符合勞動法要求，雖然與務工者簽訂了勞務協議，但雙方存在事實勞動關係。故此，該公司應該履行企業責任，保障勞動者權益。