一、芹菜斑枯病
芹菜斑枯病也稱為葉枯病，主要發生在冬春季大棚芹菜，從老葉開始發病，慢慢危害到葉柄和葉莖。
發病部位會變成淺褐色的病斑，慢慢變成灰白色病斑，邊緣會出現很多小黑點，病斑的周圍會出現黃色暈環。最為嚴重的時候會出現枯葉或者葉子腐爛，芹菜會降低產量，甚至絕收。
1.1防治方法
選用無病種子或種子消毒：在沒有病的芹菜上採種，或者使用存放的陳種，這樣都可以避免種子有細菌。
對於新的種子，一定要進行完全的消毒。加強栽培管理。要實行兩年的輪作，在栽培的過程中，要有足夠的有機肥，同時增加一些磷肥和鉀肥，來保證植株的營養需求，這樣可以提高植株的抗病能，改善大棚內的通風及採光條件，控制好溼度。
清潔田園：在種植過程中，把病株清除銷燬，把土地消毒處理。
在最初的發病時候，把一些病的葉子進行摘除銷燬，來減少病原菌的傳播。調節溫溼度：要及時根據實際的情況進行調節，來保證大棚內的溫度和溼度，給芹菜的生長提供一個優良的環境，保證芹菜的正常生長。
1.2藥劑防治
如果出現疾病，使用琥乙磷鋁可溼性粉劑或者白菌清等等，可以有效地防治病蟲害，一般在一個星期噴一次，連續噴兩次左右即可。
如果在芹菜苗長高後出現病害，使用白菌清煙劑進行煙燻，或者使用白菌清粉塵劑進行噴灑，這樣可以很好的防治病害，用藥量按照一定的配比進行。
二、芹菜黑腐病
黑腐病主要是在芹菜莖部感染黴真菌，逐漸向上侵入，植株莖出現腐爛，呈黑褐色。
因為種子帶有細菌而產生的病害，在苗期可能引發死亡，有很多的鹹菜，是在移栽的過程中而產生的，會造成大片的植株死亡。對於該病的防治要使用綜合性的防治措施。
2.1防治方法
種子處理：在高溫中把種子浸泡，大約30分鐘後，一入冷水中進行降溫，然後把種子撈出洗淨，進行晾曬。
農業防治：選擇抗病效能高的品種。實行輪作，合理的種植密度，做好灌溉和排水，這些都可以有效的防治病蟲害的發生。在栽培的過程中，要把患病的植株及時的清理銷燬，在收割以後，可以把病株進行清理銷燬。
藥劑防治：出現發病後，使用甲基硫酸靈或者是氫氧化銅可溼性粉劑，配合好藥液進行噴灑。
還可以使用苯菌靈可溼性粉劑或者鹼式硫酸銅懸浮劑等等藥液做好配置，然後進行噴灑，都可以有效地防治此病。在七天左右進行一次噴灑，噴灑到芹菜的根部，根據情況，一般噴灑2到3次即可。
三、芹菜軟腐病
芹菜軟腐病是由於細菌侵害的病害，在芹菜的生長後期，由於進行封壟遮陰、地面潮溼這樣的條件下，非常容易發病。
主要危害的是葉柄和莖上，葉柄基部出現淡褐色並凹陷的病斑，慢慢變成溼腐狀，變黑髮臭。細菌多數由傷口進入，透過水來傳播。
3.1防治方法
農業防治：實行輪作，在栽培的過程中，儘量減少植株的損傷。做好及時的排水，清除銷燬病株，土壤消毒。
在發病的時候一定要停止灌溉，避免由於大水使疾病傳播。藥劑防治：發病後使用硫酸鏈黴素，或者使用絡氨銅，等等藥劑進行防治工作。配合好的藥劑，在七天噴灑一次，根據實際情況來確定噴灑的次數，最少也要噴灑三次。
四、芹菜菌核病
芹菜菌核病啃食的是芹菜的莖和葉，被啃食的地方會變成褐色，慢慢的溼度增加，感染病菌的部位就會變軟腐爛，
一層白色菌絲就會在表面生成，慢慢形成黑色菌核。菌核病發生的條件是15度以上的溫度，溼度超過85%，這種環境下易於發病。
4.1防治方法
採用輪作方式；可在沒有發病的芹菜植株上留種，也可以用鹽水泡種來選擇優質的種子，菌核去除後，放入水中清洗乾淨再晾曬，然後再播種。
前茬作物收穫完，深翻細耙土壤，也可以灌水浸泡，或是密封大棚十天，透過高溫來將土壤表層的菌核消滅。芹菜發生菌核病初期，可使用速克靈、撲海因、農利靈可溼性粉劑，
按照比例進行稀釋來噴灑；大棚內種植芹菜，可使用有速克靈煙劑或滅克粉塵劑，每次燻蒸需要在夜晚進行，十天燻一次，大約連續熏製三次就可達到防治的效果，也可以與其它防治方法交換著使用。
五、芹菜葉斑病
種植芹菜的使用者稱這種病叫早疫病，它主要感染芹菜葉。染病葉片部位會變成黃綠色，慢慢的變成不規則的灰褐色病斑，嚴重時病斑擴散整個植株的葉片，最後葉片死亡。病菌感染到莖和葉柄時，感染部位變褐色並凹陷。整個植株感染後會出現倒伏現象。
在溼度較高的環境，發病的位置會有一層白色黴層生成，這層黴就是病菌的孢子。葉斑病通常在肥水不充足或是灌水過多的情況下容易嚴重。
5.1防治方法
選擇抗病效能的品種；輪作要超過兩年。密植要具有合理性，灌溉要採用科學的手段，控制好田間的溼度。
芹菜發病初期可噴灑多菌靈可溼性粉劑、甲基硫菌靈可溼性粉劑，可以使用煙塵燻蒸的方法來防治，可使用百菌清煙劑，每天使用一次，連續使用三次即可。
六、病毒病
病毒病發生後會感染整棵芹菜植株，發病初期，葉片會褶皺，會變成淡綠色的斑塊。嚴重的整棵芹菜葉會停止生長、變黃。這種病毒主要的傳播途徑來自蚜蟲，一般人工操作接觸也可以傳播病毒。發病嚴重的條件是栽培管理不當、蚜蟲沒有得到有效的防治。
6.1防治方法
品種選擇：選擇像金棚西芹二號具備抗病、耐病的品種。清潔田園：種植芹菜前，田間消毒，病株要深埋，病毒源能夠有效的減少。培育壯苗。
播種的時間要選擇好，儘可能的不要在病毒高發期播種；種子要經過60度的水中燙十分五分鐘，然後再浸種，晾曬後播種；苗床需要在日光照射下深翻消毒，也可以在土壤中加入藥劑來消毒；利用夏季高溫的天氣悶棚15天；
確保水肥的充足，溫度以及光照都要進行合理的控制，提升苗株的抗病能力。及時防治蚜蟲：可以在大棚的通風口用紗網遮擋蚜蟲；也可以在棚內掛上黃油板來誘殺蚜蟲；還可以用吡蟲啉或啶蟲脒兩種藥劑交換著噴灑田間來防治蚜蟲。
6.2藥劑防治病毒病
發生病毒病初期，可以用高錳酸鉀或是鹽酸嗎啉胍每隔15天噴施一次，可以輪換使用連續噴灑五次。
初期發病還可使用植病靈乳油，按照比例稀釋好藥液，輪流使用連續噴四次，每隔七天噴一次。