在第一部中寧採臣與聶小倩因為人鬼殊途，最終不得不分離。寧採臣看著小倩的畫像，不由得再次淚流滿面。上次的分離就是兩人的訣別，其實這世道人比鬼更加可怕，寧採臣被官差陷害，抓進監獄，被當成替死鬼執行死刑，幸得老前輩諸葛臥龍相救，才得以逃出生天。
寧採臣看到荒郊野外有一匹馬和若干乾糧、碎銀子，以為這是諸葛臥龍為他準備的，也不客氣，揚長而去。殊不知這些東西是驅魔道人一葉知秋的。一葉知秋透過遁地術追尋寧採臣，
夜晚，寧採臣進入一處叫做正氣山莊的廢宅避雨。一葉知秋也在這裡追上了寧財神，兩人打算在這裡過夜。然而半夜卻發生動靜，寧採臣被眼前的詭異情況嚇個半死。還好有驅魔高人一葉知秋幫忙，打了半天，才發現靈符什麼都不管用。原來這些根本不是鬼怪，而是人扮的。
寧採臣竟然再次看到讓他魂牽夢繞小倩的臉，而眼前這個女子卻不是女鬼，是遭到陷害的朝廷忠良傅天仇的女兒傅清風。原來他和妹妹傅月池以及一眾家丁在此扮鬼，目的是打算營救被押往京都處斬的父親。而他們卻將寧採臣當成了博學濟世的老前輩，諸葛臥龍。
然而正氣山莊真的不太平，就在傅家姐妹離開後，出現一隻巨屍偷襲寧採臣，驅魔道人一葉知秋法力高強，將巨屍打成兩半，不過還是讓其上半身逃走。為了永絕後患，不得不再次遁地去追尋巨屍。
半路遇到奉命押解傅天仇的左千戶。寧採臣這邊則差點又被當成通緝犯抓進監獄，還好出現一夥神秘的僧侶，他們法力高強。追捕寧採臣的人只是碰了一下，他們就被震飛了好遠。
在路上，寧採臣再次見到傅清風他們。卻沒來得及說話，發現他們前進的方向正是鬧鬼的正氣山莊。不得已，寧採臣只得跟著進入正氣山莊。巨屍果然再次出現，力大無窮，眾人都拿起沒有辦法。
而此時左千戶也趕到這裡，一邊是官一邊是賊，自然一番混戰。而左千戶武功高強，和巨屍糾纏在一起。傅清風趁亂救了自己的父親，但是非常不幸，在一葉知秋消滅巨屍的時候，傅清風感染了屍毒，隨時都有可能屍變，唯一的辦法就是給它輸入凡人的氧氣。而面對如此醜陋的怪物，試問哪個人可以下得去嘴。不過寧採臣還是做到了，他欠小倩一個吻。不會眼看著和小倩一模一樣的傅清風成為巨屍，傅清風變回了原來的模樣。
不過傅天仇畢竟是朝廷要犯，傅清風一行人劫囚可是死罪。左千戶雖然只是一介武夫，不過正義感十足，不再追究，還找來國師為傅天仇開罪。沒想到國師卻對傅天仇下了殺手，只有傅清風和寧採臣逃脫，兩人一齊逃命，陰差陽錯之下回到了蘭若寺。
國師法力高強，無能為力的寧採臣突然想到還有一個大鬍子燕赤霞可以幫忙。燕赤霞出山，發現這國師根本就不是什麼得道高僧，而是一個妖魔。這個妖魔無法無天，幻化如來佛主外相，實際上就是一條修行千年的蜈蚣精。
燕赤霞和一葉之秋聯手，經過苦戰，最後成功將這個妖魔擊敗。故事到這裡接近尾聲，聶小倩和寧採臣的愛情第一部以悲劇收場，人鬼殊途。第二部給了一個美好的結局，讓寧採臣遇到了外貌、性格都幾乎一樣的傅清風，兩人幸福地走在了一起。而這部另一個讓人驚豔的女星就是扮演傅月池的李嘉欣，這是她出演的第一部電影。