公元1399年（建文元年）
，朱棣起兵靖難，歷時四年，終於攻破南京城，從侄兒朱允炆的手中奪走了皇帝之位。靖難之役最大的疑案，就是朱允炆的下落之謎，明朝的官方說法，說朱允炆是自焚而死。
《明太宗實錄》記載：建文遂闔宮自已焚燃。上望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及，中使出其屍於火中，還白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶！《明史》也有同樣的記載：燕王遣中使出，帝后屍於火中，越八日壬申葬之。
無論明史記載的是否可信，朱允炆都不能活著，因為只要他活著，建文朝的舊臣就不會輕易的投降朱棣，甚至那些死忠還會藉此反抗朱棣。長期的內耗對大明王朝絕無益處，出於對政治方面的考慮，朱棣必須讓他死。
民間流傳的說法就更多了，有說朱允炆是自刎的；還有說他逃出了京城，跑到了南洋；甚至還有更離奇的說法，說朱元璋早料到朱棣會反，於是早就給孫子挖好了逃跑的地道，讓他出家為僧。不過客觀的來分析，朱允炆活命的機率非常小。
朱允炆畫像
朱棣大軍到達南京以後，破城不過是時間的問題，但朱棣為什麼圍而不攻呢？其實他就是在等朱允炆自殺。因為朱允炆自殺是兩人最合適的解決方式，朱棣不但不用背上弒殺侄子的罵名，朱允炆也可以保全自己的氣節和名節。
即便朱允炆是被朱棣殺死的，史書上也只會記載他是自殺而死。前些年在南京，偶然看到一些關於這方面的野史。實際上早在朱允炆未登基之前，他和朱棣的矛盾就已經很深了，除了朱棣的實力讓朱允炆頗為忌憚，而且在感情方面還存在著芥蒂。
眾所周知，朱棣的妻子是徐達的女兒
徐妙雲
，史書記載徐妙雲知書達理、善解人意，是一位不可多得的賢妻良母。不過她的妹妹
徐妙錦
則更為出色，也更漂亮，朱棣對徐妙錦早已生出了情意，一直在想方設法地將她納為己有。
然而遺憾的是，徐妙錦喜歡的人竟是朱允炆，他們兩個人年齡相仿，情投意合，據說早已經私定了終身。有一次朱棣回京，特意帶了很多貴重的禮物送給徐妙錦，卻在徐府後花園看到她和朱允炆在一起，很明顯他們的關係不一般。
朱棣看到眼前的場景，勃然大怒道：“
我一定要親手殺了他！
”猛地一甩袍袖，憤然離去。朱允炆也沒閒著，登基以後立即實施削藩，主要針對的就是燕王朱棣，只不過他的方法用錯了，若用法得當，朱棣根本不可能有機會反抗。
朱棣被朱允炆逼得無路可退，最終發動了靖難之役。可想而知，朱棣得有多恨自己的侄兒朱允炆，搶走了我喜歡的人也還罷了，如今還想削掉燕藩，要了我的命！擱誰誰也忍不下這口惡氣。
朱棣率領燕軍包圍了南京，且不說已經水洩不通，據說朱棣早已買通了宮裡的太監，朱允炆的行蹤和下落，朱棣豈有不知的道理？但是令朱棣大失所望，朱允炆非但沒有自殺，而且也沒有逃跑。
也許朱允炆就等著朱棣來見自己，看你怎麼敢動手殺我，怎麼面對朱元璋的在天之靈！甚至還要當面狠狠的羞辱朱棣一番。不過朱允炆太高估朱棣的底線了，說的好聽點兒朱棣是心胸寬廣，說難聽點兒那就是臉皮厚。
勝者為王敗者為寇，朱棣要是經不起這點兒打擊，他也坐不了江山。你儘管罵吧，羞辱吧！出完了氣，就該送你上路了。朱允炆必死的理由有兩個，第一個前面已經說了，是政治的原因；第二個原因就是徐妙錦，因為他不會死，徐妙錦的心就不會死。
朱允炆雖然敗了，但畢竟是皇帝之身，除了自殺誰也不敢對他動手，所以也只能是朱棣親自來了結。五年之後，皇后徐妙雲去世，朱棣欲冊封徐妙錦為後，他認為朱允炆已死，你除了我還能嫁給誰呢？
但令朱棣沒想到的是，徐妙錦竟出了家當了尼姑，這就是她的聰明之處，我不願嫁給你，但是也不和你對著幹。無論朱棣再怎麼霸道，總不能搶個尼姑藏進後宮吧？雖然對徐妙錦心心念念，但至死也沒有如了意。朱棣死後，徐妙錦又堂而皇之地還了俗。