太子朱標無論是能力還是威望都得到了當時滿朝文武的認可，他成為朱元璋的繼承人，可以說是水到渠成，可惜在這個時候出現了意外，朱標英年早逝。朱元璋打好的算盤一下子落了空，經歷了白髮人送黑髮人的悲痛之後，朱元璋需要在四兒子朱棣和孫子朱允炆之間做出選擇，本來朱棣的能力很強，做皇帝也不是不可以，但是朱元璋卻偏愛自己的嫡長孫朱允炆，因為他是朱標的兒子。
胡濙在永樂五年開始出京尋找，直到永樂二十一年才回朝，這中間過去了十六年，《明史》裡還有一段內容沒有記載，就是在永樂十七年的時候胡濙的母親去世了，胡濙上奏朱棣想要回來為母親守孝，守完孝之後再繼續尋找朱允炆，可是朱棣堅決不同意，並給胡濙升職以此來安撫他，讓他繼續尋找。古代以孝治天下，朱棣寧願違背孝道讓天下人罵他都不允許胡濙回來，可見尋找朱允炆對於朱棣來講是最首要的事情。
有一種說法，當時朱棣攻破金陵，建文帝把宮殿點燃了，燒死皇后和他兒子，他找到當時的錦衣衛指揮使，之後有說出海去了國外，有的說是跑到山上當和尚去了，當時朱棣應該是知道建文沒死，但是他想經快稱帝才說建文自盡了，還有就是鄭和數次下西洋，是為了找建文也是有點關係的。
民間流言中，在許多地方都有建文帝的蹤跡與傳說。有的說建文帝逃到雲貴地區，而且輾轉到了南洋地區，直到現在，雲南大理仍有人以惠帝（建文帝）為鼻祖。也有學者認為，當年建文帝潛逃後，曾藏於江蘇吳縣黿山普濟寺內，接著隱匿於穹隆山皇駕庵，於永樂21年在此病亡，埋於庵後小山坡上。