現實世界中固然也有各種門派，時至今日依舊有各種流派的習武之人，不過他們也不過只是在武學理念或是信仰方面有所區別，他們所練的各種武功基本上也都只是普通的拳腳功夫或刀槍棍棒而已，而武俠的故事都是虛構的，武俠小說中的各種神奇武功
各種正派與邪派的設定也多是虛構的，所以更多懷揣武俠夢的人會則不會選擇自己習武，而是在武俠小說的世界中去圓自己的一個武俠夢，隨著主角的視角去感受各種門派的區別也是一種樂趣，不過金庸筆下卻是有兩個比較奇怪的門派，他們時而是正派，時而是邪派，看似設定上是存在著漏洞的。
對於一個武林門派來說，要立足於江湖絕不是一件簡單的事，就如前文所述，武俠小說中的門派有正邪之分，所以一個門派往往要面對不同立場的門派的挑戰，有時候甚至還要面對同道中人的切磋，繼而產生種種矛盾，引起廝殺，甚至是滅門或者走上歪路，所以那些在江湖中存在了幾十上百年的門派會經歷一些正與邪的轉變也是在情理之中的事，畢竟你無法保證每一批人都謹記他們祖師爺的組訓。
就如同《天龍八部》一書中登場的隱世門派逍遙派，此派中人幾乎沒有一個是善茬，雖然原著對於創派祖師逍遙子的描述並不多，但不論是無崖子，還是天山童姥或李秋水，都算不上是好人，甚至是草菅人命之人，在他們統領之下，逍遙派應該算是個邪派，然而當虛竹成為逍遙派掌門之後，逍遙派似乎就成了一個正道門派，這樣的設定完全是讀者可以接受的，而本文要說的“忽善忽惡”卻不是這種情況，而是純粹的設定上就有問題。
第一個要提到的門派即是丐幫，丐幫也算是金庸筆下的常青門派了，自《天龍八部》的北宋哲宗年間一直到清朝背景的作品中都依舊存在，這個設定倒是十分合理，畢竟每個年代都會有大批的乞丐，人數基礎在那兒，丐幫要滅亡都難，而丐幫在《天龍八部》以及“雙鵰”中是正道門派，到《倚天屠龍記》中卻淪為反派棋子，這個設定自然也不是漏洞，而是劇情需要，丐幫真正的漏洞不在於此，而是丐幫根本就沒有當正派的資格。
歷史上的確是存在過丐幫這一組織的，想必他們也會有一個比較合理的管理體系，至於是幫主還是長老就不懂了，不過可想而知，他們絕對不會是什麼正派，一個乞丐的訴求是什麼？絕對不是行俠仗義，而是吃口飯而已，所以真實的丐幫根本不可能講仁義道德，自然也不會出現蕭峰、洪七公這等英雄人物，反倒是會出現“採生折割”的情況，以此來製造更多的幫眾謀取利益，實屬邪派，所以金庸筆下的丐幫完全是被美化了。
除了丐幫之外，金庸筆下還有一個門派的設定也是極不合理的，它就是登場於《倚天屠龍記》中的明教，和丐幫一樣，他們在武林中經歷過正與邪的轉變，在《射鵰英雄傳》中周伯通如此描述過一段明教的往事：“那黃裳練成了一身武功，還是做他的官兒。有一年他治下忽然出現了一個稀奇古怪的教門，叫做什麼‘摩尼教’，又叫‘明教’……徽宗皇帝只通道教，他知道之後，便下了一道聖旨，要黃裳派兵去剿滅這些邪魔外道。
不料明教的教徒之中，著實有不少武功高手，眾教徒打起仗來又人人不怕死，不似官兵那麼沒用，打了幾仗，黃裳帶領的官兵大敗。他心下不忿，親自去向明教的高手挑戰，一口氣殺了幾個什麼法王、什麼使者。哪知道他所殺的人中，有幾個是武林中名門大派的弟子，於是他們的師伯、師叔、師兄、師弟、師姊、師妹、師姑、師姨、師乾爹、師乾媽，一股腦兒地出來，又約了別派的許多好手，來向他為難，罵他行事不按武林規矩。”
這裡說得很明白，在雙鵰時代之前的明教和其他門派的關係是十分不錯的，明教有難，明教弟子的親朋還會幫忙，然而此時的時代背景是什麼？明教反的是大宋，武林中人不保大宋，反倒與明教勾結？這是設定上的不合理。
到了《倚天屠龍記》中明教又成了群雄唾棄的邪派，那麼這個設定合理嗎？答案又是否定的，即便明教中人謝遜殺了不少武林正派，但此時的矛盾應該是群雄一起對抗大元，從如今的眼光來看，大元是中原正統王朝，但從當時的中原人士來看大元自然是敵人，畢竟明教是抗元的，他們應該要分清主次才是，不該圍攻明教，所以此時明教被設定為邪派又是不合理了。
金庸筆下所有的武林門派中，丐幫和明教的設定應該算是最讓人疑惑的，當然，虛擬的故事中存在一些經不起推敲的設定也實屬正常，對於整部作品來說這些也不過是瑕不掩瑜的小漏洞而已。